• Forum - Migration, Amplification, Produit

[Biologie Moléculaire] PCR : migration après amplification (sans digestion enzymatique)

On me demande de schématiser le résultat de la migration éléctrophorétique obtenue après amplification par PCR ainsi que la taille du produit d'amplification.  [...] OU BIEN. est-ce que pour la colo bleue a un produit d'amplification de 3900 pb et la blanche un produit d'amplification de 4140.  [...]

[Biologie Moléculaire] éléctrophorèse et PCR

..). Ne pas oublier de faire co-migrer un marqueur de taille. A la fin de la migration il te suffit de vérifier que ton produit est présent et unique (spécificité d'amplification) et a la taille attendue (par rapport au marqueur de taille).  [...] Un gel à 3%, ca me parait excessif pour séparer un produit de 200pb, je suppose que le temps migration doit être assez grand Personnellement pour 200pb, 1,5% suffit largement à 100V 25min. Enfin c'est mon avis.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amplification PCR

En dehors de ça, ce n'est pas la peine de se prendre autant la tête pour un témoin négatif (sauf s'il t'est demandé). Pour être sûr de la validité de ton amplification, tu peux réaliser une PCR emboîtée avec des amorces spécifiques de ton gène. Ainsi si c'est du non spé, tu n'auras aucune amplification sur le produit de la réaction de PCR précédente.  [...] La PCR emboîtée utilise comme matrice le produit d'une première PCR et des amorces hybridant en 3' des amorces utilisées pour la première PCR. Ainsi tu augmente la spécificité de l'amplification puisque tu forces le système d'amplification a être spécifique de ton gène.  [...]

[Biologie Moléculaire] QPCR, courbe Tm?

Pourrais tu mettre l'appercu d'écran des courbes de fusions, car en fait, un dimere de primer a souvent une température de fusion plus basse que le produit spécifique, ce qui se traduit par 2 pics distincts si les Tm sont différents (au fait, quelle est la taille attendue du produit d'amplification spécifique).  [...] la courbe donne quoi pour la gamme standard, est ce qu'en dessous d'une certaine concentration la courbe de fusion donne des produits aspécifiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] Profil PCR/RAPD

Avant toute chose, je m'adresse à ceux qui ont l'habitude de me répondre sur le forum en les remerciant profondément pour m'avoir orientée et guidée durant mes manipulations, eh oui mon étude arrive à sa fin et j'aurais encore besoins de vos avis avisés.   [...] je viens de procéder à une amplification PCR avec deux amorces différentes, pour chaque amorce j'ai utilisé un tampon de réaction différent juste pour voir ce que ça donnait lors de la migration (l'un coloré l'autre transparent).  [...]

SYBR green et BET (ou la non compréhension de la PCR en temps réel)

Dans la PCR classique, le BET n'est ajouté que lors du gel (directement dans le gel ou via un bain contenant du BET), il s'intercale dans les molecules d'ADN et fluoresce sous UV. Il permet une semi quantification car en général on revele en fin de reaction donc il s'agit d'une quantité finale.   [...] La différence est que la PCR en soi n'est qu'une technique amplifiant une section d'ADN, il faut ensuite pouvoir l'identifier le plus souvent en faisant une migration sur gel d'agarose coloré au BET (et encore, on peut très bien se servir du Sybr Green). A la fin de la PCR Temps Réel, on a les courbes d'amplification et de fusion Melt Curve, qui permet de vérifier que l'amplification est bien du bon fragment, donc on gagne du temps et du matériel.  [...]

[Biologie Moléculaire] Gene-ARN-Proteine

Alors à partir d'un gène il y a un ARNm en plein d'exemplaire. Cela permet un premier niveau d'amplification du gène. Et un de ces ARNm donne aussi plein d'exemplaire de la même protéine, c'est un deuxième niveau d'amplification. C'est pour ça que pour la plupart des gènes, pas besoin de l'avoir en plein d'exemplaires pour avoir beaucoup de produit, suffit d'un.  [...] Si il est transcrit plusieurs fois oui. Si non, les enzymes de la transcription feront un seul ARN lors de leur passage, s'il s'avère qu'il y a un seul passage.   [...]

[Biologie Moléculaire] le séquençage??? une petite question

On répète la même opération avec un milieu contenant du ddATP, un milieu contenant du ddCTP, et un milieu contenant du ddTTP.   [...] Tu pars d'un produit d'amplification par PCR du fragment que tu veux séquençer et tu ajoutes une amorce (dans le bon sens STP) pour demarrer la reaction.  [...]

PCR, template et riz anti-alzheimer

2) Lors de la PCR, compte tenu des amorces, est-ce qu'on amplifie l'intégralité du gène APP ou juste ce qu'il y a entre les amorces, à savoir AB Pour moi, comme il y a dissociation des brin d'ADN, rien ne s'oppose à la réplication complète des deux brins... je me trompe.   [...] tu verras qu'il y a plusieurs sortes de produit d'amplification. il y a effectivement des produits très longs mais en raison de la taille des cycles et du fait qu'ils ne sont pas majoritaires, on considère que le produit d'une PCR est un brin qui fait la taille de ce qu'il y a entre les deux amorces.  [...]

[Biologie Moléculaire] vérifier pureté d'un produit de qPCR : agarose ou acrylamide ?

après une qPCR, peut-on indifféremment utiliser un gel d'agarose ou un gel d'acrylamide pour vérifier qu'on n'obtient qu'un seul produit d'amplification.  [...] - et je l'avoue, + grande habitude de l'acrylamide. pas si pénible que ça je trouve. Juste la migration qui est un peu plus longue mais ça ne me dérange pas, il suffit de faire autre chose en attendant (c'est pas ça qui manque...).  [...]