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[Biochimie] Qu'est ce qu'un pull down?

Voilà je voudrais savoir ce qu'est un pull down en biochimie quand on parle d'interaction Proteines/Liagand.  [...] c'es une méthode qui permet d'étudier les intéractions protéine/protéine (éventuellement protéine/ligand). Le but est d' attrapper les molécules qui intéragissent avec ta protéine que tu immobilise en utilisant un anticorps ou un tag.  [...]

gel natif

vous parlez des ARN, et pour les protéines est ce que cette technique nous permit de mettre en évidence des intercations prot-prot.  [...] Bon, autant que je sache, doit y avoir des méthodes plus fines pour mettre en évidence de telles interactions protéine-protéine (la méthode double hybride), mais c'a doit pouvoir mettre sur une piste en tout cas.  [...]

Petite énigme à vous soumettre...

Bon je détaille un peu plus mon idée de départ Je pense en effet donc à un criblage haut débit, avec par exemple un criblage in-silicio suivie d'une étude plus poussée des molécules retenues par RMN. En effet, la RMN est une très bonne méthode pour mettre en évidence des intéractions protéines-ligand, et pourrait donc permettre d'obtenir des données fort intéressantes.  [...] C'est là que l'expérimentation RMN peut être intéressante. Prenons la méthode RMN par différence de transfert de saturation (STD-NMR). Cette méthode présente l'avantage de caractériser les intéractions protéine - ligand en transférant la résonnance des protons de la protéine sur les ligands capables de s'y lier.  [...]

[Biologie Moléculaire] Immunoprécipitation

Alors ma question c'est, pourquoi on fait l'immunoprécipitation qui est une méthode beaucoup plus longue et où on peut avoir des interférences avec des chaînes légères (peut être parce que seule protéines est présente sur la membrane) et peut être aussi parce que avec une électrophorèse sur les protéines totales il peut y avoir des interactions aspécifiques protéine-anticorps.  [...] Oui d'accord, j'ai compris c'est très utile pour identifier un co-immunoprecipitat (interaction protéine-protéine) et c'est pourquoi le WB est très utile.  [...]

[Biotechnologie] Global Analysis of Protein Activities using proteome chips

Ce papier a pu faire un Science car les autres puces protéomiques n'avait pas ce nombre de protéines testées, ni cette sensibilité en 2001. De plus, cette puce permet d'observer les interactions protéine-protéine, mais également protéine-lipide (pour le transport des lysosomes, par ex), ce qui est complètement nouveau à cette échelle.  [...] Et est ce que ils utilisent des techniques généralement utilisé en protéomique, quels sont leur noms (pour la création de la puce, pour l'interactions protéines-protéines, et pour l'interaction protéine lipides ).  [...]

[Biologie Moléculaire] Petit point sur les interactions protéine-protéine

Je sais qu'une protéine X interagit avec une autre protéine Y... et en gros je dois caractériser cette interaction... du genre localisation du site d'interaction, détermination de la séquence protéique necessaire à cette interaction. j'ai bien pensé à des trucs du genre épitope mapping, construction de mutants et étude de l'interaction avec ces mutants.  [...] As-tu la chance d'avoir ces deux protéines purifiées ou non Si non le double hybride est le plus facile, quoiqu'un peu simpliste (et pas forcément certains à 100%...), si tu as des protéines purifiées il existe pas mal de techniques intéressantes. Je t'en parlerai si tu le désire.  [...]

[Biologie Moléculaire] Base de données interactions protéine-protéine ?

[Biologie Moléculaire] Base de données interactions protéine-protéine.  [...] Je cherche une base de données regroupant, pour une protéine donnée, tous ses partenaires protéiques répertoriés dans la littérature (toutes techniques confondues, et sans vouloir me taper PubMed à coup de keywords). Les base de données protéiques que je connais ne fournissent pas ce genre d'informations (elles sont axées sur la reconnaissance de domaines/motifsconservés, ou compilent des infos sur une famille de protéine, etc.).  [...]

[Biochimie] Diverse question

Quels types d'interactions interviennent dans la liaison entre une protéine et son ligand j'ai répondu que sont les interactions apolaire, non covalente, ioniques et les liaisons hydrogène.  [...] Ai-je répondu correctement à cette question. Quels types d'interactions interviennent dans la liaison entre une protéine et son ligand.  [...]

[Biologie Moléculaire] Expliquer le Blocking buffer

c'est plutôt sur les protéines endogènes que le bloquant se place. Simplement en se mettant un peu partout, là ou il y a interaction, mais de façon non spécifique.  [...] En saturant la membrane avec des protéines non spécifiques, il y a moins d'AC qui va s'y fixer car les interactions protéine/membrane non spécifiques doivent être plus fréquentes que les interactions protéine/protéine non spécifiques.  [...]

[Biologie Moléculaire] ChIP on chip

On peut utiliser la technique ChIP on Chip pour identifier les interactions protéines - ADN. Je me pose quelques questions quant à l'utilisation de cette méthode. Une fois qu'on obtient nos séquences d'ADN où étaient fixées nos protéines d'intérêt fait-on une PCR ou on peut hybrider directement sur la puce Quelles séquences sont utilisées sur notre puce (des facteurs de transcription) afin d'hybrider nos séquences qui contenaient nos protéines.  [...]