• Forum - Extraction, ADN, Digestion

[Biologie Moléculaire] Extraction de l'ADN et digestion enzymatique

[Biologie Moléculaire] Extraction de l'ADN et digestion enzymatique.  [...] Le but de ce TP est faire une carte de restriction et sur une pGlo carte j'ai pu identifier les sites de restrictions de chaque enzyme et faire la carte de restriction mais la chose qui me pose problème, c'est de tracer la courbe étalon à partir des deux électrophorèses.   [...]

[Génétique] Tale nuclease

J'imagine que c'est sensiblement la même chose en culture cell. Ceci dit, l'expression transitoire devrait pouvoir être suffisante...c'est juste plus rapide en passant par des ARNm, il n'y a que la traduction à franchir comme étape avant d'avoir l'outil fonctionnel.   [...] - extraction de l'ADN puis PCR avec des amorces specifique du gene d'interet puis digestion avec la nuclease T7 et migration sur gene d'agarose et comparaison avec le temoin ( le produit du digestion du gene d'interet sans l'action des talens).  [...]

real time pcr

Vous ne pouvez pas proceder avec le trizol Plus simple (autant qu'une extraction d'ADN), pas de phase de digestion de l'ADN (le trizol le bouffe)... tout pour soit quoi.  [...] Donc bon, si on met assez de trizol et que l'on laisse incuber assez longtemps on a pas de contamination. D'ailleurs, je me suis mal exprimé en disant bouffer. Ca n'est pas une dégradation de l'ADN mais simplement une séparation dans les phases. On a même reussit à faire des PCR à partir d'extraction trizol (m'enfin c'est lourdingue à faire).  [...]

[Biologie Moléculaire] purification d'épisome et CsCl gradient

Par contre il faudra peut-être réaliser d'abord une extraction ADN par CsCl, puis une électrophorèse sans digestion pour récupérer les épisomes - censément parmi les nucléotides intermédiaires entre les ARN de tout poil et les chromosomes. Ou alors une purif sur colonne à billes si on connait la taille approximtive des épisomes - on choisira le gel en conséquence.  [...] Tu enchaines ensuite sur une migration sur gel (pas de digestion comme le fis noir_ecaille) d'agarose 0.8% (plus ou moins, c'est à toi de voir). Et tu essayes de voir si tu as des bandes qui se dégagent aux alentour de 14-18kb. Si tu es chanceux, tu n'en a qu'une (n'espère pas trop.  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction à la guanidine/ digestion à la papaïne

[Biologie Moléculaire] extraction à la guanidine/ digestion à la papaïne.  [...] Je travaille sur une proteine des pili bactériens en utilisant pour isoler cette protéine (sous-unité pilE du pilus) 2 méthodes. l'extraction à la guanidine (détergent) et la digestion à la papaïne (enzyme protéolytique). Est-ce que quelqu'un saurait quelles autres applications il y aurait pour ces 2 méthodes ou autrement quelle est leur action, au niveau moléculaire.  [...]

[Biologie Moléculaire] TP digestion ADN par enzymes de restriction par électrophorèse sur gel d'agarose

Tu digères ton ADN de phage, tu te retrouves donc avec plusieurs morceaux d'ADN de différentes tailles que tu sépares sur un gel d'agarose pour voir leurs tailles (en comparant avec le marqueur de poids moléculaire qui sert d'étalon) et savoir combien de sites de restriction il y a dans ton ADN de phage.  [...] D'accord donc si j'ai bien compris si je n'obtiens pas de fragments, c'est à dire que je reste avec la molécule d'ADN de départ ça veux dire qu'il n'y a pas eu digestion, alors que si je trouve plusieurs fragments qui sont à des positions différentes car migré de manière différente ça veux dire que mon fragment d'ADN initial a été digérer c'est ça.  [...]

[Biologie Moléculaire] Electrophorèse en gel d'agarose pGFP

J'ai réalisé sur un plasmide pGFP une extraction classique puis un traitement à la Rnase et parallèlement une digestion avec BamHI.  [...] Pour la piste après le marqueur de taille, c'est l'extraction avec kit, (+Rnase) je m'attendais à avoir plusieurs fragments d'une intensité supérieure à la méthode classique.  [...]

[Biologie Moléculaire] primer with (too!!!) long tail?

J'ajoute souvent des sites de restriction à mes produits de PCR pour faire du clonage dirigé, mais ça n'excéde jamais les 8pb de plus.   [...] Il faut encore que je valide par séquençage. Je dois avouer aussi que dans mon cas c'est assez simple vu que dans les 30nt que j'avais à insérer il y a un site de restriction, j'ai donc pu valider mes constructions en digérant par cette enzyme.   [...]

[Biologie Moléculaire] Electrophorèse (ADN sur Agarose) et Bromure d'éthidium

en ce qui concerne l interference du BET dan la migration, comme on voulait separer de l'ADN issu de digestion plasmidique, la conformation de l ADN est aussi importante (circulaire, linéaire, superenroulée) et je pense que le fait que le BET soit présent avant la migration et s'intercalle doit modifier un peu cette conformation.  [...] Sinon, dans une digestion tout n est pas forcement coupé, d autant si on a des mutations, donc ça me parait important de pvoir localiser le l'ADN natif, non.  [...]

[Génétique] Analyse ADN

Oui extraction d el'ADN du prélèvement et analyse, le plus souvent par PCR en amplifiant les microsatellites, ce qui permet d'établir une sorte d'emprunte spécifique d'un individu.  [...] Dans le contexte médical, des prélevements peuvent être analysés sans extraction préalable par des techniques d'amplification géniques et/ou profils de digestion, séquencage (génotypage).  [...]