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Question sur l’identification biomoléculaire des microalgues phytoplancton.

Bonjours j'ai quelque souche micro-algues que j'ai isolées de milieu naturel je fais la culture de ces souches dans le cadre de mes études universitaires, il faut que je fasse une caractérisation biomoléculaire de ces micro-algues (phytoplancton) afin de les identifies jusqu'au rang de l'espèce, ma question est quel sont les amorces et les gènes les mieux utilisées pour cette identification biomoléculaire.  [...] (Dans les études ils utilisant des amorces codantes des gènes de l'ADNr généralement La petite sous unité de l'ARNr (ARNr SSU) et/ou la grande sous unité (ARNr LSU) quelques-uns utilisant les espaceurs ITS (Espaceur Interne transcrit) de l'ADNr ou même le gène mitochondrial (coxI), les gènes chloroplastiques (rbcL, atpB) et les gènes de l'actine.).  [...]

[Evolution] Variations sur un thème de synthétase...

1) Dans le but d'étudier la répartition de ces 2 mécanismes, une étude est menée par a) analyse de séquence pour les bactéries dont le génome a été séquencé, et b) par PCR dans les autres cas.  [...] Q.1. Quelle stratégie devez-vous employer pour choisir les amorces spécifiques des deux gènes ( E. coli et S. pneumoniae ) (On s'intéresse aux gènes d'une sous-unité de la Glu-amidotransférase = gatB et de la GlnRS).  [...]

[Biologie Moléculaire] comment on fait pour commander des primers pour technique SSRs

[Biologie Moléculaire] comment on fait pour commander des primers pour technique SSRs.   [...] et ben voila j'ai des primers bien specifique pour une recherche de polymorphimes chez le medicago truncatula et j'aimerais comment ont fait pour les conmmander et le prix par unité ou par paire d'amorces merci d'avance.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design de gène

Je dois étudier la méthylation sur le promoteur d'un gène par la technique du pyroséquençage et pour celà je dois designé des amorces de PCR et des amorces de séquençage.  [...] Il y a de nombreux programmes qui te proposent d'identifier ce genre de chose. En gros il ne faut pas de palindrome, pas de structure secondaires, un bon rapport GC/AT et un G ou C en 3', un Tm raisonable etc... et surtout suffisament long pour qu'il soit spécifique.   [...]

[Biologie Moléculaire] Deux bandes en PCR

Alors pour la théorie de la contamination ce sont des amorces utiliséees pour essentiellement faire des TP avec des étudiants donc une contaminations par d'autres amorces peut ètre possible.  [...] Sinon pour notre théorie de la dillution je ne suis pas sure que ça tienne la route, en gros s'il une des amorces est en trop faible quantité la PCR se fait que sur un des brins, et selon l'amorce la taille du fragment synthétisé n'est pas forcément la même ( a quelque pb prés, je crois que c'est juste ça.  [...]

Sondes nucléotidique

J'ai une petite question concernant les sondés nucléotidique... Je ne comprends pas le principe. Dans mon cours est écrit qu'une sonde est capable de s'hybrider sur un acide nucléique. Pourquoi faire des sondes de 100 bases pour détecter un seul acide nucléique Je ne comprends pas l'intérêt en fait.   [...] Dans mon cours sur les techniques d'étude de l'ADN.. On dit que les amorces font 18 à 30 nucléotiques, je ne comprends pas cette notion d'amorces.. Puis c'est marqué que les sondes à proprement parler font 100 bases et qu'elles vont s' hybrider sur un acide nucléique que l'on souhaite étudier.  [...]

[Biotechnologie] Principe de la PCR

La deuxième période s'effectue à une température généralement comprise entre 40 et 70°C, dite température d'hybridation des amorces. La.  [...] Le choix de la durée des cycles de température et du nombre de cycles dépend de la taille de la séquence d'intérêt ainsi que de la taille et de la complémentarité des amorces. Il convient de réduire les durées au minimum non seulement pour un gain de temps mais aussi pour prévenir le risque d'amplification non spécifique.  [...]

qPCR

Donc sans calculer ton efficacité des amorces tu induis un biais en pensant que l'un est 33 fois plus exprimé que l'autre (dans cet exemple) et toi tu arrives la avec des rapport de x2 x3, si rien qu'une erreur de calcul induit des differences aussi grandes alors comment savoir si ton x2 est vraiment x2 ou une erreur de calcul parce que tu n'as pas pris en compte l'efficacité réelle.  [...] 8 a 2.1 quelque chose comme ca approximativement, ce qui entraine une graaande difference lorsque tu fais du quantitatif, bien que en PCR classique tu t'en fiches un peu du moment que tu amplifie, donc que tes amorces soient spécifiques, c'est bien, mais ce n'est pas assez, il te faut vraiment l'efficacité, comme je te disais plus haut avec des amorces (spécifiques, bien bonnes et tout et tout) si l'une a une efficacité de 1.9 et l'autre de 2.1.  [...]

[Biologie végétale] pcr : LP/RP et LB/RP pour une plante

PS. je précise que les amorces dessinées en losange/carré/rond c'est de la vulgarisation pour montrer un genre de puzzle, en vrai on va parler d'hybridation/appariement entre les nucléotides des amorces et ceux de l'ADN de la plante.  [...] Les amorces sont des bouts d'ADN fabriqués artificiellement avec une certaine séquence que l'on choisit. Pour une PCR donnée, on utilise deux amorces, une pour délimiter le début de la région d'ADN échantillon à étudier, et l'autre pour marquer la fin. Tu choisis la séquence de chacun de tes amorces pour viser la séquence d'intérêt (en respectant A avec T, et G avec C).  [...]

[Biologie Moléculaire] Mise en solution d'amorces

Je viens de recevoir des amorces afin de pouvoir réaliser un mix. Ces amorces sont lyophilisés, ils font donc je les prépares (mise en solution, calcul de la concentration...).  [...] Généralement quand tu commandes des amorces on te met la quantité sur le tube, et sur les feuilles qui accompagnent ton colis, tu as un récapitulatif des amorces que tu as reçu et dans une des colonnes on te dit quel volume faut rajouter pour avoir une concentration précise (généralement c'est 100µM il me semble).  [...]