• Forum - Enzyme, Profil, Digestion

Carte de restriction d'un plasmide inconnu

Enfin, je conseillerai de faire cette analyse en deux étapes. La première digestion/migration avec des enzymes seules (+plasmides ), les 6. Puis tu t'arrêtes, tu regardes le profil de digestion, et tu relance une digestion avec des doubles (ou triple, si possible) digestion.  [...] De cette manière, la première étape t'évite de lancer des digestions avec des enzymes qui n'ont pas de site de coupure dans ton plasmide.  [...]

[Biologie Moléculaire] Programme de clonage

D'après ce que j'ai vu, il y a d'autres fonctions sympas. Une digestion automatique (ton plasmide + une ou plusieurs enzymes) et il te donne le profil sur gel. Les fonctions de bases de DNA strider. Si je dis pas de bétises tu peux faire du Gateway et même du shRNA.  [...] J'ai même rédigé une notice perso en français pour mes collègues (librement adaptée de la votre en anglais, en espérant que vous n'y voyiez pas d'inconvénient. Je pourrais aussi vous la transmettre si vous êtes interessé pour l'adapter et en faire profiter les internautes).  [...]

[Biologie Moléculaire] pfge haemophilus influenzae

bonjour, j'ai un problème avec le protocole de l'électrophorèse en champ pulsé pfge j'ai obtenu le profil suivant et j'aimerais savoir si c'est un bon profil ou j'ai un problème avec mon protocole, j'ai testé 4 souches différentes mais je sais pas si c'est un bon résultat ou je dois modifier mon protocole.  [...] selon la PJ, dans le premier puit il y'a le marqueur lambda. dans les 4 autres puits il y'a 4 souches différentes et donc 4 protocoles différents. la même enzyme mais des volumes différents dans chaque protocole et condition d'incubations d'enzyme qui varie aussi selon la quantité d'enzyme.  [...]

[Biochimie] Poids plus élévé après digestion enzymatique

tu sais quel est le profil que tu dois obtenir après digestion si c'est un produit PCR c'est linéaire. Tu n'as qu'un fragment apres digestion C'est pas du a une structure de repliement.  [...] C'était une digestion des sites de restrictions d'un fragment que j'avais amplifié par PCR, sur mon gel je ne dois obtenir qu'un seul fragment d'environ 1000bp.  [...]

miniprep ADN et RNase

Lorsque je regarde mon profil ADN après digestion il est exactement le meme que le non digéré. Sachant que le profil du non digéré n'est pas la taille que j'attendais (je vois certainement plusieurs formes de mon ADN).  [...] Or j'ai exactement le meme profil digéré et non digéré. ET le profil est différent entre les deux plasmides ce qui me laisse suggérer que cela ne vient pas d'une contamination.  [...]

[Génétique] Analyse plasmides recombinants/non recombinants

Ensuite, avec différents échantillons, on a fait pour A et B, une PCR, une digestion par EcoRI puis on a fait migrer ces deux produits dans un gel dagarose 1% avec l'ADN A et B non digéré. Au final on a 10 puits.  [...] Ce qui est sur c'est que la digestion du puit 9 a mal fonctionné car tu as presque le meme profil que dans le puit 3.  [...]

[Divers] Comment savoir si l'on est homozygote avec un Rhesus+

Je voudrais savoir s'il existe un procédé qui permet de connaitre le génotype (D/d par exemple) d'une personne afin de déterminer si une personne de Rhésus positif possède deux allèles positifs ou un allèle positif et un allèle négatif.   [...] Pour savoir si on a affaire à un homozygote ou un hétérozygote on peut par exemple utiliser la technique de PCR-RFLP. On aura alors un profil de digestion différent pour chacun.  [...]

Comment calculer la taille des fragments sur une carte de restriction?

Ensuite, dans ce cas précis c'est impossible d'aller plus loin. Vous voyez que les doubles digestions ne sont faites qu'avec deux paires d'enzymes. Vous ne pouvez donc simplement PAS positionner vos deux cartes l'une par rapport à l'autre. Vous pouvez essayer, mais quelle que soit la position relative des sites EcoRI /SalI par rapport aux sites PstI/HindIII (imaginez superposer vos deux cartes), le résultat des doubles digestions telles que données dans l'énoncé sera le même (c'est à dire que si vous superposez vos deux cartes, vous pouvez les faire tourner l'une par rapport à l'autre et imaginer faire les mêmes digestion, le profil ne changera pas).  [...] Ce qui vous manque, pour faire une carte complète, ce sont des digestions croisées, par exemple EcoRI/PstI ou EcoRI/HindIII ou SalI/PstI ou SalI/HindII. Ce résultat seulement vous permettrait de positionner les sites les uns par rapport aux autres. Dans un exercice ou vous devrez faire une carte à partir d'un profil, on ne vous demandera pas de deviner, car il existe une quasi infinité de plasmides pouvant donner le profil que vous avez dessiné.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de ligation??

J'ai d'une part fait une ligation avec mon plasmide(digéré), l'enzyme et sans mon insert et d'autre part le plamide,l'insert et l'enzyme je n'ai donc pas de contrôle plasmide liguer par contre je ne pense pas que se soit forcement la transformation vu que d'habitude je n'ai pas de problemes mais j'ai tout de même un petit doute sur la ligation avec la TAKARA qui préconise 5min à 25°C ou 30min à 16°C j'ai donc essayé les deux methodes et j'ai même prolongé à 2h30 à 16°C donc est ce que quelqu'un a déjà eu un soucis avec cette enzymz car les temps de ligation me semblent courts...sinon je ne vois pas.  [...] Je viens de repenser à un de mes sous-clonages qui avait eu du mal à marcher. J'étais arrivé à savoir que mes inserts était bien clivés, de part et d'autres par la même enzyme de restriction car après clivage et ligation, sur mon gel d'agarose j'avais un profil en échelle.  [...]

[Biochimie] (licence/master) Question sur la pcr pour un rapport de stage, merci

C'est une PCR qui permet d'étudier la variabilité d'un gène. On utilise des amorces ciblant un gène homologue sur les différentes espèces puis on utilise une enzyme de restriction puis on compare le profil sur gel. C'est une méthode plus longue que les autres PCR.  [...] Ce que n'est pas capable de faire une simple Taq-pol (à ma connaissance), et nécessite donc une enzyme et une étape supplémentaire, qui est de transformer les ARN (ici, s) en ADN complémentaire.  [...]