• Forum - Digestion, Fragment, Plasmide

Carte de restriction de Pcr-GAI

- digestion du plasmide Pcr-GAI par EcoRI pour libérer le gène GAI du reste du plasmide, électrophorèse et récupération du fragment qui a le plus migré (petit poids moléculaire).  [...] Dans ce cas, je n'avais pas vraiment lu l'énoncé, le plus simple est encore de faire une digestion HindIII, pour libérer le fragment 3' (894 pb), que vous ne conserverez pas. Avec le reste du plasmide (4590 pb), une digestion EcorI fera sortir le fragment 5' avec 8 nucléotides du plasmide (753 pb).  [...]

[Biotechnologie] Problèmes sur les notions/calculs de plasmide

Un chercheur dispose d'un vecteur de clonage, le plasmide pLLAGRE, dont il cherhe à déterminer la carte. Pour ce faire, il réalise des digestions à l'aide des enzymes de restriction Hind3 et BsP1 et obtient les fragments suivants.  [...] La première partie du devoir vise à vous faire trouver la taille du plasmide. D'où proviennent les fragments générés par la digestion enzymatique Pensez vous que le plasmide puisse faire 5807 pb alors que la digestion par BspI génère un fragment de cette parmis d'autres.  [...]

[Biologie Moléculaire] Carte de restriction

Il doit y avoir un souci dans vos données. Normalement, l'ensemble des fragments produits pas une digestion doit vous reconstituer le plasmide natif. D'où vient le fragment de 8000 pb quand on parle d'un plasmide de 4300 pb.  [...] Je me base à la graduation donnée par un marqueur de taille Smartladder Eurogentec qui contient des fragments de 200 400 600 800 1000 1500 2000 2500 3000 4000 5000 6000 8000 10000. Je suis parti du fait que la marque 10000pb est celle la plus proche des puits de dépot (ai-je bien fait).  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage

J'ai besoin d'aide pour un clonage. Je dois cloner un fragment d'ADN génomique bactérien dans un plasmide. La stratégie choisie est de linéariser le vecteur par digestion enzymatique, de le purifier sur gel, de le déphosphoryler et de faire la ligation avec l'insert.  [...] Et je bloque à cette étape. j'obtiens autant de clones pour mes bactéries transformées par le vecteur linéarisé que par celles transformées par le plasmide natif. J'en ai donc déduit une mauvaise digestion. Or, j'utilise les enzymes Fast Digest de chez Fermentas pour une digestion o/n.  [...]

plasmide -digestion par enzymes de restriction

On me dit que je dois dessiner un plasmide après sa digestion par Xho I et Nco I (déterminer les extrémités du plasmide) et je suis incapable de le faire parce-que je comprends ce que je dois faire ni quels outils utiliser.  [...] Tu digères un plasmide lorsque tu veux modifier ce dernier, y rajouter un fragment ou en retirer un. On passe avant tout par cette étape de digestion. Après tu as un étape de ligation si éventuellement tu veux recirculariser le plasmide après y avoir insérer un fragment entre XhoI et NcoI.  [...]

[Biologie Moléculaire] perte spontanée d'insert lors du clonage

- plasmide sensé avoir inseré mon fragment dans le bon sens (ce qui est en réalité après vérification par pcr et par digestion ne contenant pas du tout mon insert) = entre 10 et 20kb.  [...] -plasmide sensé avoir inseré mon fragment dans le bon sens et digéré avec sacI lors de la vérification = toujour entre 10 et 20kb mais un peu derrière du même plasmide non digéré (ceci est valable pour toutes les 4 clones).  [...]

[Biologie Moléculaire] Plasmide ligature

les questions precedentes portent sur la coupure par BgIII d'un fragment d'adn, de la digestion d'un plasmide avec BamH1, et de la sequence obtenue apres ligation au niveau des jonctions vecteur/insert et insert/vecteur. la question est. Ces jonctions peuvent elles etre recoupées par BamH1 et/ou BgIII.  [...] Maintenant la ligation est peut être réalisée en bout franc et donc ne tient pas compte des digestions qui ne servent qu'a définir l'emplacement. Dés lors on ne pourra pas redigérer le plasmide reformé avec les mêmes enzymes.  [...]

[Biologie Moléculaire] plasmide recombinant et ADN ligase

j'ai un TP de digestion enzymatique et je suis bloquée sur une question concernant la circularisation d'un fragment d'un plasmide (ce dernier a été hydrolysé par l'enzyme de restriction Agel,ensuite incubé avec la klénow en présence de 4 dNTP, ensuite digéré par EcoRV puis son plus grand fragment contenant 2 sites BglII est purifié).  [...] comment recirculariser ton gros fragment pour former un nouveau plasmide. D'un côté tu as une partie du site de restriction AgeI, et de l'autre tu as une partie du site de restriction de EcoRV. Tes bouts sont entiers... (tu n'as pas de sticky ends ) Alors, quelle enzyme catalyse la ligation de deux fragments d'ADN.  [...]

[bio mol] Séquencage. RFLP

1/ Dans la méthode de sanger on insert un fragment d'adn mono brin dans un plasmide. dans ce cas la le plasmide est alors monobrin.  [...] Quand le séquencage est en shotgun (séquencage de génomes), une banque d'ADN (ADNc) issue de la digestion statistique de ce fragment est clonée dans un plasmide, un BAC ou un YAC. Des molécules de plasmides (BAC,...) intègrent.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage avec plasmide

on met les différents fragment dans un plasmide, et c'est là que rentre en jeu les enzymes de restriction, donc quand on dit que le plasmide a un site de restriction BamH1 cela veut dire que c'est cette enzyme BamH1 qui va cliver un bout du fragment du gène.  [...] Une derniere question piwi je ne comprends pas ce que veut dire. Digestion de restriction de la PCR et du fragment dans l'étape 6.  [...]