• Forum - Dégradation, Contamination, ARN

[Biologie Moléculaire] absence d'hybridation southern : interpretation?

ADN propre pas de degradation ni de contamination avec des ARN.  [...] - typiquement l'absence de signal pourrait indiquer qu'il y a eut un rearrangement chromosomique et que la partie correspondante a ta sonde a disparu. Ou plus simplement une délétion de la région concernée.   [...]

[Biologie Moléculaire] extraction faible qté ARN

La DO de mes ARN me donne une forte absorbance à 230 et légère à 270. est-ce le signe d'une forte une dégradation des ARN à 230 et d'une contamination au phénol à 270.  [...] Nous sommes un labo qui travaille de façon quotidienne avec de l'ARN (transcrits in vitro, extraction d'ARN, etc) et nous n'utilisons jamais de DEPC, juste des solutions autoclavées. Même les bacs à gels traînent à l'air libre, sans nettoyage. Il n'arrive qu'extrêmement rarement des dégradations, et d'habitude c'est dû à une contamination accidentelle de notre faute.  [...]

[Biologie Moléculaire] les ARNs et extraction

Les échantillons sont déposés 2 fois mais à des quantité différente (les puits d'en haut contiennent moins de quantité d'ARN que les puits d'en bas). Je ne vois qu' un smear et dans tous les autres cas on ne distingue rien. Ceci est lié à une dégradation de l'ARN Peut-on dire qu'il y a contamination avec de l'ADN ou des protéines comment expliquer que dans un cas il y a un smear et que lorsque que l'on en dépose plus il n'y a rien merci de vos réponses.  [...] merci piwi mais je n'arrive pas à avoir la publication il faut un login. Quelqu'un connaît t-il le rôle de l'extraction à la guanidine/NaCl + chloroforme seulement. j'comprends pas bien où sont les protéines, l'ARN et l'ADN. à priori vu que le pH est basique l'ADN restera préférentiellement dans la phase inférieure. merci.  [...]

Un problème de northern blot !

Les chercheurs de la publication réalisent un northern blot pour mettre en évidence la présence d'ARNm patB (hybridé avec une sonde), mais réalisent dans un second temps un northern blot témoin à l'aide d'ARNr 23S. Les données concernant l'ARNm patB sont ensuite dits normalisés par l'ARNr 23S et livrés sous forme de graphique.   [...] Les ARNr etant exprimes de facon quasi constantes dans les cellules. donc normaliser les resultats par rapport aux ARNr permet de t'assurer que si tu vois des variations d'intensites dans ton northern avec ton gene d'interet, cela ne proviens pas d'efficacite d'extraction differentes, d'efficacite de transfert sur la membrane differente, d'une degradation des ARN dans tone chantillon par une contamination par une RNAse etc.  [...]

Dégradation des ARNs DNAsés ?

Avez vous une idée sur ce problème, à savoir la dégradation de ces ARNm DNAsés Serait-ce dû à la congélation/décongélation Une contamination de la RQ1 par une RNAse.  [...] pour ton probleme de degradation, le plus simple est d'imaginer en effet que tu as une RNAse qui traine quelquepart... l'enzyme est une bonne source de contamination.  [...]

[Biologie Moléculaire] ARN dégradé apres traitement DNase

Je fais des extraction ARN sur Plasmodium falciparum avec le Kit ### en vue des qRTPCR. Mes genes cibles n'ont pas l'intron donc je suis obligée de faire un traitement DNase ( ### ). Malheureusement apres ce traitement je constate que mes ARNs sont complétement dégradé.  [...] Une RNase plutôt. Sinon, as-tu essayé de faire l'extraction sans DNase, car la dégradation des ARNs peut aussi provenir d'un souci survenu au cours de l'extraction. contamination ou autres. Le fournisseur de la DNase affiche bien la mention RNase-free je suppose(ce qui ne veut pas dire que ce soit fiable à 100%...).  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ADN génomique

moi j'utilise le quick yeast DNA PREP et j'ai toujours des problèmes soit contamination par l'ARN soit j'arrive pas à digérer l'ADN.  [...] j'ai un protocole super simple et tres rapide, mais ca ne différencie pas l'ADN de l'ARN. Si tu es géné par une contamination ARN pourquoi ne pas mettre de la RNAse dans ton tube.  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction d'ARN

J'ai essayé plusieurs protocoles d'extraction d'ARN car je travaille sur l'ARN circulant plasmatique et j'essaye d'optimiser mon rendement d'ARN avant d'agir sur la contamination par les sels ou le phénol.  [...] J'ai toujours un rapport DO 260/280 trop élevé (aux alentour de 3 au lieu de 2) et je me demande pourquoi mais bon... j'ai remarqué du non spécifique en PCR, j'espère aussi réguler cela avec cette diminution de contamination à 230.  [...]

[Biologie Moléculaire] Que devient l'ARNr dans une reaction de RT

Ceci expliquerait peut être vos résultats. lorsque que j'utilise les puces ARN nano et que j'obtiens une smire, c'est généralement une contamination ADN (ou de l'ARN dégradé).  [...] Chaque puits contient un micro réseau dans lequel il y a le gel de séparation qui va être en contact avec une électrode, cette électrode sera soumise à un haut voltage qui va séparé tes ARN sur le Gel en fonction de leur taille. Quand les ARN passent dans le gels ils se lient au dye et à la fin du micro réseau la fluo sera detectée par la machine et tu vas obtenir un graphe avec les fluo et le temps de rétention sur le gel.  [...]

[Biologie Moléculaire] Contamination d'ARN par de l'ADN

1/ Tu es encore contaminé par de l'ADN, ce qui explique l'amplification après un traitement RNAse (mais sans traitement DNAse).  [...] Je ne pense pas que digérér par DpnI après l'amplification soit utile dans la mesure ou il s'agit d'une RT PCR, possiblement contaminée par de l'ADN génomique, et non de l'amplification d'un ADN venant d'une bactérie. Ceci dit, si tu soupçonnes un problème de DNAse, tu peux prédigérer tes échantillons par une enzyme de restriction (avant de faire la PCR).  [...]