• Forum - Calcul, Volumes, Extraction, ADN

[Biochimie] Calcul des volumes pour extraction d'ADN

Je prépare mon TP de Biochimie sur l'extraction de l'ADN de thymus de veau.  [...] ecrire la formule littérale du facteur de dilution nécessaire pour la solution de SDS et la formule du facteur de dilution pour le NaClO4 et mettre le tout en système d'équation.   [...]

[Microbiologie] Une deuxième stérilisation de milieu de culture?

Le risque est que des compsants thermosensibles du milieu voient leurs propriétés altérées. Ensuite la couleur du milieu peut changer et interférer avec un indicateur de pH après culture et acidification (cas le plus général ) du milieu.   [...] En fait, il s'agissait de milieux sans composants fragiles et destinés à la croissance de mes bactéries. Je devais réhydrater des bactéries lyophilisées et les faire croître dans des volumes de plus en plus importants. Aucune extraction d'ADN n'était prévue et une fois au bon pH, le milieu est assez sélectif.  [...]

[Biologie Moléculaire] Ligation ADN plasmidique insert

Concernant les volumes, ils ne sont pas calculables tant que tu n'as pas la concentration de tes ADN dans les solutions mère.  [...] Non, cela veut dire que la solution est 10x plus concentrée que ce que tu as besoin. Par exemple, si ton tampon doit avoir 150mM de sel, tu fais une solution à 1,5M. Cette solution sert en fait de solution stock (1L par ex). Il suffit alors de la diluer 10x pour avoir la solution finale (du coup avec 1L, tu as 10L).   [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction protéines pariétales

Dans le but de faire un western-blot avec un anticorps (polyclonal) je me lance dans des extractions de protéines. Seulement (pas de bol) ma protéine d'intéret est ancrée dans le peptidoglycane de ma bestiole de façon covalente (motif LPXTG). Pour info je bosse sur une bactérie G+ qui a la mauvaise idée de résister au lysozyme.  [...] J'ai une ou deux idées sous le coude. partir sur des volumes d'extraction + importants et précipiter les protéines au TCA tenter un protocole d'extraction des protéines en pH alcalin.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction de l'ADN d'oignon

Pour cela il fallait déterminer le volume du tampon de lyse nécessaire à l'extraction, puis calculer les volumes à ajouter à partir des solutions-mères EDTA (0,5M), SDS 5%, et la quantité de NaCl en sachant que la masse moléculaire de NaCl est de 58,44 g/mol.  [...] N'ayant pas compris en cours comment déterminer les volumes à ajouter à partir des solutions-mères (d'EDTA, SDS et NaCl), je me suis dit que j'allais relire mon TP chez moi et que je comprendrai mieux. Or, j'y ai réfléchit environ 2h et je n'ai toujours pas compris.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ARN

j'essaye de mettre au point une extraction d'ARN sur des échantillons d'urine. Mon seul soucis, c'est que la quantité récupérée avoisine les 3ng/µl... Travaillant d'habitude sur des cellules, je n'ai pas l'habitude de travailler avec des prélèvements tels que l'urine.  [...] Si vous tenez vraiment à analyser l'ARN (de quelle facon d'ailleurs ), il faudra travailler sur de grands volumes, récupérer le peu de cellules (par ex en centrifugation) avant l'extraction.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ADN génomique

Et mon grand problème est que j'arrive pas à digérer une grande quantité d'ADN(200 Ml dans un volume de 500 Ml)mais dans un petit volume(10Ml dans 15Ml)j'arrive à digérer mon ADN...(concentration d'ADN est 400 ng/Ml).  [...] C'est assez étrange. J'aurais plutôt tendance à penser à un mauvais ratio ADN/buffer/enzyme/volume final. Il ne change pas entre les petits volumes et les grands.  [...]

[Biologie Moléculaire] Question purification QIAprep

Je ne sais pas si c'est ca, mais de mon côté quand les extractions de plasmides sont pas très jolies c'est souvent du au fait que les cultures sont trop vieilles. Essaye de faire l'extraction avec une DO plus basse (1.0 par exemple) et le même volume de culture.  [...] Cm ajouté dans la préculture comme tu m'as conseillé, Gorben, à DO = 1 et à DO = 1.5, puis j'ai laissé la nuit à 37°C avec agitation. Le matin extraction selon le protocole QIAgen, avec des volumes de culture différents. 20 ml et 10 ml, de chaque condition physiologique.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de clonage

Si ta DO est correcte et que tu n'as pas de contaminations il faudrait peut être deja voir comment améliorer l'extraction En général dans les kits tu peux modifier les volumes selon si tu es en high copy ou low copy... J'essaierais avec les conditions de low copy.  [...] Ensuite à l'étape d'élution, je sais que pour améliorer le rendement quand j'ai des extractions un peu difficiles je chauffe le tampon d'élution à 70°C 15 minutes avant de l'appliquer... il y a plein de petits trucs comme ça.  [...]

[Biologie Moléculaire] Alcool isoamylique

est ce que le remplacement de l'isopropanol par l'alcool isoamylique dans une extraction plasmidique chez Lc lactis donne le même résultat attendu.  [...] Si je suis bien, normalement vous devriez utiliser l'alcool isoamylique en fin d'extraction pour purifier le plasmide. Il doit être associé au chloroforme (SEVAG) non.  [...]