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[Biologie Moléculaire] calcul de la température d'hybridation

[Biologie Moléculaire] calcul de la température d'hybridation.  [...] je veux effectuer une PCR mais le probleme se pose dans le calcul de la température d'hybridation des amorces, en attente de votre aide je vous remercie.  [...]

sujet pour programmation bio informatique

Le but est de donner au programme un fichier fasta (encore) et le logiciel determine les meilleurs amorces possibles pour une ampification PCR (en fonction de taille optimale, GC pourcent, calcul de la température qu'il sera nécessaire d'utiliser pour l'hybridation, le pourcentge d'homologie entre les séquences si il s'agit d'amorces dégénérées et donc réalisées a partir de plusieurs séquences, la position de l'amorce dans le gène) et enregistrer les différentes possibilitées d'amorces et leurs caracteristiques dans un fichier.  [...] Ah si.. Tu n'as pas besoin de connaissances en biologie pour faire ca, concrètement c'est de la récupération de donnée, que ce soit récupérer la fonction d'un gène, ou le prix du cacao en antartique... niveau progra c'est du pareil au même, tu t'économise l'aspect comprendre ce que j'ai a faire avant tout.   [...]

[Biochimie] PCR / sanger / amorces / séquences /

la tempérture d'annealing (d'hybridation de ton amorce sur son complementaire au niveau du brin) doit se trouver entre 55 et 68 approximativement (le calcul simplifié de la température est quelque chose du genre. le nombre de A + T multiplié par 2, + le nombre de C + G multiplié par 4, et ca te donne ta temperature pour le Ta qu'on appelle Tm), le nucleotide en dernière position est important aussi, il ne faut pas que ca soit n'importe lequel, et il est preferable de ne pas avoir plusieurs (genre 4 ou 5 ou plus) G a la suite vers la fin de ton primer sinon ca mène a des structure secondaire et ton primer ne sera pas linéaire et s'hybridera mal.  [...] La température d'hybridation est rarement de 50, tu dois choisir la température qui correspond a ta séquence (voir message #2) et pour l'élongation c'est souvent 72, mais la encore je crois que ca peut dépendre de la température optimale de l'activité de la polymérase.  [...]

Température d'hybridation et PCR

je connais pas ta formule pour determiner le tm d'une amorce mais tellements de parametre rentrent en jeux dans l'hybridation d'un oligo pendant ta PCR qu'en general pour etre sur de son coup on enleve 5° à la temperature que l'on a calculé.  [...] Maintenant pourquoi on se place 5°c en dessous du Tm pour avoir la température d'hybridation J'y pense maintenant ça doit être un compromis entre une dénaturation suffisante de l'ADN (ou plutôt une renaturation pas trop rapide de l'ADN après l'étape de dénaturation pour permettre l'hybridation aux amorces) et une température suffisamment basse pour permettre l'hybridation (d'où 5° en dessous du Tm). Non.  [...]

[Biologie Moléculaire] Température d'hybridation et MacVector

J'ai désigné deux amorces avec le logiciel MacVector pour faire une réaction PCR. La première amorce sens est de 27 bases et la deuxième antisens est de 21 bases. Lorsque j'ai fait le test des amorces par MacVector, il m'a dit que c'est bon pour les deux amorces et que la température de fusion Tm est de 62,1 pour les deux, et donc je peux conclure que la bonne température d'hybridation est 57,1.  [...] Mais, lorsque j'ai essayé de calculer la température d'hybridation par la fameuse formule 4(G+C) + 2(A+T) j'ai trouvé des températures d'hybridation de 69 pour l'amorce sens et de 61 pour l'amorce antisens. Je demande qui est le plus crédible. MacVector ou la formule classique.  [...]

[Biotechnologie] Temperature d'hybridation pour southern Blot

Je suis entrain de rechercher un gene d'interet par southern Blot. J'utilise comme tampon d'hybridation, le Easy Hyb de ROCHE. J'ai utilise 65 degre comme temperature d'hybridation et apres les differents lavages (utilisant 65 degre de temperature de lavage, quand il le faut pour rester dans la stringeance) de ma membrane jai obtenu de tres beaux signaux.  [...] Mais le hic, cest que on me dit que avec ce tampon d'hybridation, la temperature a utiliser est au maxi 50 degre. Alors du coup sais pas si mes signaux obtenus sont specifiques ou si ma sonde a pris un coup apres hybridation dans une temperature si elevee.  [...]

températures et PCR

Je comprends bien qu'il faut une forte température pour dénaturer les GC mais du coup il faudrait une température d'hybridation faible non Donc je me suis trompée.  [...] La température d'hybridation c'est celle qui permet que les amorces se fixent à la matrice si je comprends bien et le Tm c'est la température a laquelle il y a 50% de simple brin mais je n'arrive pas a faire le lien avec les amorces parce que ça c'est la dénaturation non.  [...]

[Biologie Moléculaire] Temps d'hybridation des amorces

Mais comme dis archaostol, le temps d'hybridation est température dépendant. Si tu as dénaturer un ADN double brin à 100°C (un peu près) et que tu le précipites d'un coups à 4°C, il va se réhybrider. Tellement vite qu'il va mal se réhybrider (mismatch, désapariement.  [...] ..). C'est pour cela que la température d'hybridation est généralement plus faible de 5-10°C de la température de fusion, nécessaire pour séparer les deux brins. Je rappelle également que la température de fusion est dépendante de la longueur de l'ADN, mais également de son pourcentage en GC (et d'autres paramètres plus complexes).  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR : bandes aspécifique et température

Comme cette fois je n'avais qu'un seul produit à amplifier j'en ai profité pour augmenter ma température hybridation afin d'être plus proche des Tm de mes amorces.  [...] J'étais un peu perturbé d'obtenir le résultat inverse que celui auquel je m'attendais (augmentation de la température d'hybridation entrainant l'apparition de bandes aspécifiques...) mais l'essentiel est d'avoir une condition qui fonctionne bien.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème amorce PCR

Ben vu tes Tm il faut faire une hybridation à basse température (on conseille en générale 5°C en dessous du Tm théorique). Mais a 40°C ton oligo de Tm 60° va s'hybrider spécifiquement n'importe ou.  [...] Oui en effet, avant j'utilisais une température d'hybridation de 54°C mais j'ai baissé à 48°C pour voir si il y avait un changement. Et même après cette baisse de température je n'observe toujours rien sur le gel. Je vais donc refaire le couple en espérant que cette fois-ci, ça fonctionne.  [...]