• Forum - Biologie moléculaire, Méthodes, Normalisation

[Biologie Moléculaire] Méthodes de normalisation des microarrays

[Biologie Moléculaire] Méthodes de normalisation des microarrays.  [...] Je suis un peu perdu dans les différentes méthodes de normalisation des macroarrays. D'une part, je lis que les méthodes de normalisations sont.  [...]

[Biologie Moléculaire] normalisation western blot après fractionnement cellulaire

[Biologie Moléculaire] normalisation western blot après fractionnement cellulaire.  [...] Je fais un fractionnement cellulaire et j'obtiens la fraction cytosolique, membranaire, nucléaire et cytosquelettique. Ensuite je fais un western blot pour ma protéine d'intérêt dans chacune de ces fractions mais pour pouvoir la quantifier, je cherche une protéine contrôle pour normaliser mes résultats dans les fractions cytosoliques et membranaires en premier lieu.  [...]

[Divers] Analyse statistique de données des puces ADN

Si tu tapes microarray statistical analysis dans ton navigateur préféré, tu vas constater qu'il y a effectivement des méthodes spécialisées (que je ne maîtrise pas hélas) pour analyser ce type de données très particulières. Tu devrais d'ailleurs t'en être aperçu puisque tu as, je suppose, consulté quelques articles scientifiques en faisant la biblio pour ton sujet (de stage ).  [...] J'ai commencé sous SAS à comparer différentes méthodes de normalisation, en comparant les boxplot, mais aucune ne semble donner de bons résultats. Biensur avant j'ai tenter de faire une correction des données par le bruit de fond en enlevant soit la moyenne soit la médiane suivant la normalité du Bf.  [...]

[Microbiologie] la microbiologie alimentaire

La recherche du germe par les méthodes traditionnelles est fastidieuse et longue. La recherche par hybridation ADN-ADN, les méthodes immuno-enzymatiques réalisées après enrichissement sont des techniques de recherche actuelles et dont la modernisation est continue.  [...] L'analyse microbiologique des aliments est règlementée et au cours du contrôle qui peut être effectué par des laboratoires d'Etat ou des laboratoires agréés une distinction est faite entre produit non conforme et produit toxique. Ainsi les normes microbiologiques appliquées à un aliment donnent en général les limites de conformité et de toxicité de même que les méthodes à utiliser (normes de l'Association Française de Normalisation par exemple).  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment analyser les résultats de PCR quantitative???

jajooo et Annaick_R, j'ai utilisé la PCR en temps réel par light cycler (avec normalisation en delta de delta ct) durant ma thèse. envoyez-moi votre adresse mail par MP si cette partie de mes matériels et méthodes vous intéresse, c'est tout détaillé (et corrigé par un chercheur confirmé dans le domaine, pas comme moi qui suis physiologiste.).  [...] Cette normalisation permet d'avoir un résultat comparable avec des manips faites antérieurement ou qui seront faites plus tard puisqu'elles affranchissent ta valeur d'intérêt de variations contaminantes.  [...]

[Evolution] Bientôt l'Homo genetice mutatus (HGM) ?

Savoir quand et comment ce sera possible de le faire sur l'humain, ainsi que le problème de la restauration, pour moi, pour l'instant, c'est de la SF (et savoir si ces techniques de clonage, transgénèse etc seront fait, également, compte tenu des barrières posées non seulement par le côté éthique, mais également par la question l'intérêt biologique et évolutif).  [...] La normalisation des rapports sociaux et les conséquences sur l'evolution biologique ont été relevé depuis déjà longtemps.  [...]

Mal partout

Bilan biologique. normalisation des CPK à 176 ( en juillet 2009) avec myoglobinémie normale à 32 mcg/l, fonction rénale hépatite normale.  [...] Cliniquement, le patient est toujours douloureux avec des myalgies diffuses au niveau des membres supérieures, des membres inférieures, également péri-vertébrales. Il s'agit de douleurs toujours de rythme mixte avec des difficultés de sommeil nocturne. Absence d'épisode fébrile, état général conservé, poids stable, l'examen clinique ce jour est normal et notamment sur le plan neurologique, absence de déficit sensitivo-moteur, reflexes ostéo-tendineux tous présents symétriques.   [...]

[Biologie Moléculaire] Plan de plaque PCR en temps réel

En ce qui concerne les gènes de référence, il me semble que plusieurs logiciel existe pour calculer un facteur de normalisation (nous on utilise GeNorm). La normalisation est plus robuste.  [...] * 3 gènes de références (lesquels, par curiosité ), afin de calculer un facteur de normalisation (comment tu le calcules, toujours par curiosité ), et donc de pouvoir comparer au sein d'une même plaque, l'expression d'un gène dans tes différents échantillons, en considérant que les 3 gènes de références ne varient pas.  [...]

[Biologie Moléculaire] qRT-PCR, quel programme d'analyse?

Perso je bosse avec une gamme de dilution de mes ADNc (1/10 à 1/640). Ca me permet d'avoir la concentration (relative) de mes échantillons (en tripliqués c'est mieux). Ensuite je normalise tout ça par rapport à un (ou +) gène de ménage.  [...] Pour les concentrations relatives, le logiciel de ton cycler (light cycler, realplex...) doit faire l'affaire. J'utilise de préférence une méthode de calcul automatique pour déterminer le seuil (Ct). Pour la normalisation, un simple ratio des concentrations relatives (gène d'intérêt)/(gène de ménage) sur excel suffit. Reste à faire les tests statistiques.  [...]

[Immunologie] Normalisation de données issues d'un séquençage NGS (ARN)

Je suis étudiant et je fais un projet sur le séquençage NGS des ARN. Je dispose du nombre de reads avec la liste d'ARN en lignes et le nom de cellules en colonnes. Je veux normaliser mes données. Notre prof nous demande une normalisation avec GeNorm et NormFinder sous R et je ne sais pas comment m'y prendre.  [...] Le principe de la normalisation des données, c'est qu'au cours du processus d'extraction, purification, RT, etc, tu peux perdre une fraction significative de tes ARNs. Du coup, d'un échantillon à l'autre, les quantités d'ARNs varient totalement. Mais les rapports de concentrations entre gènes (au sein d'un réplicat), ou de gènes de ménages au sein de ton expérience, ne changent pas.  [...]