• Forum - Bandes, Logiciel, Intensité

[Biochimie] détermination du pourcentage de protéines à partir d'une électrophorèse SDS-PAGE

Une fois que l'on a les trois bandes distincts, on veut chercher les pourcentage de chacunes de ces protéines par rapport aux autres dans ce muscle.  [...] on peut le faire par densimétrie. Il suffit d'encadrer tes bandes avec un logiciel qui va te donner l'intensité de la bande. Ensuite en rapportant cela au total tu peux avoir une proportion.  [...]

[Biologie Moléculaire] Photo de gel d'agarose

Chez nous, on utilise un gel doc système, de chez Intas (Hambourg, Allemagne), ça marche pour les gels d'agarose et d'acrylamide, la planche est divisée en deux d'un côté UV et de l'autre lumière normale, avec différents interrupteurs, le tout relié à un ordi.   [...] Je cherche aussi un logiciel d'analyse de photo de gel qui donne une valeur d'intensité des bandes, j'ai essayé image J mais les résultats sont très variables, si vous en connaissez un gratuit de préférence.  [...]

[Biochimie] Normalisation de la quantité de protéine Western Blot

Et bien tu utilises un anticorps dirigée contre ta protéine de normalisation comme l'actine, la tubuline, le GAPDH... pour révéler sur la même membrane où tu as révélé ta protéine d'interêt. Si tu as déposé la même quantité de protéine dans les puits, ta protéine contrôle va te permettre de le confirmer visuellement.   [...] Même si le western n'est pas une méthode quantitative il est aussi possible de mesurer l'intensité de tes bandes avec un logiciel, et de normaliser ta prot d'interêt par rapport à ta protéine contrôle mais en général on se contente du visuel.  [...]

Quel test statistique utiliser?

Je voudrais comparer le niveau d'expression d'une protéine entre des cellules transfectées et non transfectées. Pour cela j'ai réalisé un lysat cellulaire et fait migré mes protéines pour détecter ma protéine d'intérêt. J'ai par la suite quantifie l'intensité des bandes.  [...] Si tu souhaite avoir des données chiffrées, il faut utiliser un logiciel comme ImageJ qui permet de mesurer des intensités de bandes. Il faut alors ajuster les valeurs obtenues pour ta protéine en fonction des valeurs lues pour la protéine référence.  [...]

[Biologie Moléculaire] logiciel éléctrophorèse

existe-il un logiciel gratuit à télécharger pour le comptage des bandes sur les gels d'électrophorèse comme Soft Photocapt. il permet aussi le calcule du poids moléculaires.  [...]

[Biologie Moléculaire] dosage d'ADN sans spectrophotomètre

ca se fait, mais c'est tres indicatif. Il faut veiller a faire plusieurs dilutions pour avoir une intensité comparable avec la référence, et surtout comparer un echantillon X avec une référence de taille similaire.  [...] Dans tous les cas, je te conseillerais de quantifier les bandes de ton gel avec un logiciel comme ImageJ si tu veux avoir la meilleure approximation possible de ta concentration.  [...]

[Biochimie] Quantifier un western blot

mais, perso je pense qu'il vaudrait mieux utiliser des vrais logiciel de quantification, avec identification des bandes, etc... L'oeil humain ne détecte pas suffisement de niveau de gris pour pouvoir détecter précisement le contour des bandes, au minimum imageJ, mais pas photoshop (sauf pour avoir juste une petite idée, mais pas une super quantif, notament en raison du bruit de fond qu'il faut gérer).  [...] Attention aussi, avec photoshop, il est possible, frauduleusement, de modifier spécifiquement l'intensité de certaines bandes. C'est pourquoi certains logiciels (comme genetools) ne permet de quantifier que des images non modifiées (format de fichier propriétaire).  [...]

[Biochimie] électrophorèse

y'a t'il un petit logiciel pour simuler la migration des bandes d'échantillons ( simulation d'une électrophorèse) on lui fournit quelques données et on simule le résultat.  [...] Je te rejoins. En fait c'est bien pratique (mais je m'en passe) pour estimer la taille d'un fragment plus précisément quand attend une bande entre 2 bandes du marqueur et que l'on veut être sûr d'avoir la bonne taille. Mais bon.  [...]

[Biologie Moléculaire] Aide gel électrophorèse

j'aurais une petite question je voudrais mettre en page des gel d'électrophorèse comme dans les articles scientifique quand ça ressemble a une sorte de tableau avec les bandes.  [...] Personnellement, quand je faisais des électrophorèses, j'utilisais le logiciel Image Quant TL qui, avec une image scannée du gel, me donnait les bandes relatives et les poids moléculaires tant marqués sur le gel que sous forme de tableau.  [...]

[Divers] TPE relation proie prédateur

Vous pouvez utiliser un logiciel gratuit appelé Populus http.//www.cbs.umn.edu/populus/ pour comprendre un peu comment fonctionne le système proies-prédateurs (il permet de changer les paramètres du système et voir ce qui se passe).  [...] pour le système de L-V ça me rassure lorsque vous me dîtes que c'est pas trop compliqué, car nous devons mettre des maths dans notre TPE et nous n'avons pas trop d'idées apart les graphiques, mais bon déjà je vais télécharger le logiciel et je vous redonne des nouvelles.  [...]