• Forum - Amorces, Séquences, Bactéries

métagénomique, bio informatique et electrophorese DGGE

Je m'explique.. Nous avons réalisé une PCR sur nos échantillons de terre avec des amorces trouvé dans une revu scientifique correspondant en tout point à notre sujet, le problème étant qu'en attendant de pouvoir faire la DGGE ma maitre de stage m'a demandé de vérifier grace au site du NCBI et en faisant un blast que les séquences d'amorce matchaient bien avec les séquence ARNr 16s de bactérie présente généralement dans le sable et suceptible de sortir lors de la DGGE et d'en déduire leur taille. Cependant aucune ne matche correctement.  [...] Je viens de blaster à nouveau mes amorces contre des séquences de bacteries et je les ai enfin trouvé. Mais j'ai toujours un problème car maintenant que ça onctionne je ne comprends pas pourquoi. En effet pour trouver un résultat cohérent j'ai mis les deux amorces dans le sens 5'-3'.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique pour obtenir des amorces souche spécifique sans séquence du génome

Or pour cela je dois tout d'abord déterminer des amorces spécifiques de mes souches, le problème est que les génomes de mes bactéries n'ont jamais été séquencés à ce jour et il n'est pas prévu car trop cher.  [...] Si tu cibles un gène très bien conservé chez d'autres souches bactériennes, tu peux designer tes amorces sur un consensus (à partir des leur séquences).  [...]

[Biotechnologie] Que veut dire ... ?

on amplifie le fragment par PCR en ajoutant des séquences AgeI et NcoI dans les amorces, ce qui permet après digestion du produit de PCR (et du vecteur) par ces amorces de le cloner.  [...] en rajoutant certains nucléotides a tes amorces (qui representerons les extrémités de tout ce que tu auras amplifié) tu auras donc ajouté des petites séquences de part et d'autre de ton gène,  [...]

Rep-pcr

Même principe que la PCR ordinaire... Ce n'est qu'une PCR en fait... L'originale dans cette méthode c'est l'utilisation d'amorces consensuelles, homologues de séquences répétées, Ce sont les éléments REP (pour Repetitive Extragenic Palyndromic element). Dans un génome bactérien, ces éléments représentent environ 0.  [...] 5 à 1 %. Un ensemble de ces séquences palindromiques alignés constitue une séquence consensus REP. Le fait que ces éléments sont conservés au sein d'une même espèce (malgré l'existence de variation infra-spécifiques), place cette PCR parmi les meilleures méthodes utilisées pour la classification bactérienne (couplage avec une électrophorèse et utilisation de logiciel pour traiter les résultas tel que bionumerics...) ….  [...]

[Biologie Moléculaire] A Propos De BioEdit !

Je Voulais savoir comment pourrais-je visualiser les sites d'hybridation des amorces après alignement des séquences grâce au logiciel Bioedit.  [...] Si j'ai bien compris ce que tu demandes, il te suffit d'aligner la séquences de tes amorces (ou le reverse complément) avec les séquences et tu auras le site d'hybridation.  [...]

sujet pour programmation bio informatique

Le but est de donner au programme un fichier fasta (encore) et le logiciel determine les meilleurs amorces possibles pour une ampification PCR (en fonction de taille optimale, GC pourcent, calcul de la température qu'il sera nécessaire d'utiliser pour l'hybridation, le pourcentge d'homologie entre les séquences si il s'agit d'amorces dégénérées et donc réalisées a partir de plusieurs séquences, la position de l'amorce dans le gène) et enregistrer les différentes possibilitées d'amorces et leurs caracteristiques dans un fichier.  [...] Merci pour toutes ces infos, compte tenu de ces elements le sujet proposé par @minushabens me semble plus adapté. Mais je vais garder sous le coude l'alignement de séquences et la détermination d'amorces pour m'initier au domaine dès que j'aurai l'occasion.  [...]

[Génétique] désignaion d'amorces pour une qpcr

D'arès mes connaissances les amorces doivent etre spécifiques pour quelles ne s'hybrident pas à des régions autres que mes cibles.Mais est ce que je peux désigner des amorces dégénérées etant donnée que les séquences présentent des variations meme dans les régions conservées.  [...] dans ce cas, si c'est vraiment infaisable (faut aligner toutes les séquences pour voir si on a quelques chances de poser des amorces) on peut faire des PCR multiplex (avec des pools d'amorces) mais la mise au point est du coup beaucoup plus complexe (notamment l'efficacité a prendre en compte).  [...]

[Biochimie] Problème d'amorces

La question est la suivante. Proposez les séquences (avec leur orientation) d'amorces de 20 nucléotides permettant d'amplifier l'exon 3.  [...] On me demande de proposer des amorces qui permettent d'amplifier la séquence de l'éxon 3 (en Majuscule), les amoces (de 20 nucléotides) devront être posées sur les séquences introniques (en amont et en aval). Seulement, j'ai appri que l'ADN polymérase synthétise de l'ADN dans le sens 5'-.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design de primer pour qRT-PCR sybr green

Tu mets la séquence de ton isoforme et tu choisis la librairie HUMAN, il devrait te proposer uniquement les primers spécifiques à ton isoforme. De plus, tu peux choisir la taille de tes primers, choisir de mettre des GC clamps ou non,  [...] Perso quand je designe des amorces, je fais d'abord un alignement de séquences, avec des séquences de ce que je veux amplifier et des séquences suceptibles de se trouver en compétition dans mon échantillon, et je cherche des zones avec des séquences différentes.  [...]

[Microbiologie] Lecture du résultat d'une culture en boîte de Pétri

- l'approche génétique (soit en obtenant la séquence d'au moins un gène et en la comparant aux données existantes sur le génome des bactéries/champignons, soit par PCR avec des amorces qui seraient spécifique de tel organisme, mais ca sous entend ici d'avoir déjà une idée) mais ducoup irréalisable en dehors d'analyses de labo (labo de recherche ou labo medicale).  [...] -l'approche phénotypique, mais impossible a faire chez soi non plus, basée sur des tests par exemple tu applique tel composé spécifique, si ca penetre la bactérie, tu sauras que c'est une Gram+ (ou Gram-) ensuite tu met sur un autre lot du meme organisme un autre composé qui par exemple va réagir avec la catalase, si il y a une réponse tu va éliminer certaines souches car chez les bactéries Gram+ (ou Gram-) certaines possèdent la catalase et d'autres ne la possèdent pas, donc tu réduit les candidats potentiels.  [...]