• Forum - Absence, Signal, Sonde

[Biologie Moléculaire] absence d'hybridation southern : interpretation?

- typiquement l'absence de signal pourrait indiquer qu'il y a eut un rearrangement chromosomique et que la partie correspondante a ta sonde a disparu. Ou plus simplement une délétion de la région concernée.  [...] - il pourrait y avoir du polymorphisme au niveau de ta sequence sur ton ADNg empechant ta sonde de s'apparier correctement.  [...]

[Biologie Moléculaire] probleme de signal southern

Je suis déséspérée. Voila bien 6 mois que j'essaye d'améliorer le signal de ma sonde ADN marquée pour la révélation de mes southern blot.  [...] J'utilise le kit de marque DIG Oligonucléotide 3'End Labeling de chez Roche, pour marquer une sonde ADN de 18 bases et le signal obtenu lors de mes manips est inutilisable. On voit bien qu'il ya de l'ADN mais ce n'est pas quantifiable.  [...]

[Divers] révélation d'une sonde couplée à la peroxydase

Cette variante de la technique classique du FISH utilise des sondes couplées à la peroxydase ce qui permet, après la première étape d'hybridation ARNr16S-sonde, de réaliser une amplification du signal en utilisant des tyramides fluorescentes.  [...] Si un de vous a déjà essayé ceci, ou alors un autre système d'amplification du signal à partir de peroxydase (sur sonde ou anticorps), j'aimerais bien avoir votre avec avis avant de me lancer dans cette manip.  [...]

[Biochimie] Hybridation dans southern blot

Si tu as spécifié sonde/cible. après lavage pour éliminer ton excès de sonde tu as un signal d'hybridation puisque tu as eu fixation de ta sonde sur ta région cible.  [...] Si tu n'as pas de spécificité. le lavage va avoir pour effet d'enlever toutes les sondes radioactives donc sur ton autoradiographie tu n'aura aucun signal d'hybridation.  [...]

biologie moléculaire

connaisons que toutes les cellules d'un meme animal contiennent des génomes identiques, dans une expérience, un tissu composé de multiples types cellulaires est fixé et soumis à une hybridation avec une sonde d'ADN spécifique d'un géne particulier. à votre grande surprise, le signal d'hybridation est brin plus fort dans certaines cellules que dans autre, est ce quelqu'un peut me donner une explication détaillée.  [...] si ta sonde n'hybride que les ADN, ca pourrait représenter la différence d'accessibilité des gènes spottés, dans les cellules ou le signal est le plus fort on aurait un gène plus accessible qui suppose une plus forte expression.  [...]

Hybridation in Situ

- L'appariement plus ou moins spécifiques entre acides nucléiques (ici, entre la sonde et l'ARN) dépend de plusieurs conditions (pH, sels, température), le tout est appelé stringence. Le SSC permet de jouer sur la stringence (en jouant sur le pH / concentration en sels) qui ne doit pas être trop forte (laison trop difficile, manque de signal), ni trop faible (trop de liaison, signal aspécifique).  [...] - Les sondes s'hybrident mieux et plus rapidement à température élevée (55, 60°C, ça dépend du protocole). Cf la relation entre température et stringence d'hybridation.  [...]

[Biologie Moléculaire] Hybridation ADNc / ADNg : besoin de confirmer !

D'après moi, cette expérience confirme mon hypothèse de présence d'un intron de 0,8Kb sur le fragment d'ADNg de 1,8Kb NcoI/NcoI. En effet, si on obtient deux bandes radioactives, c'est que notre fragment de 1,8Kb est coupé en deux par l'enzyme HindIII & la sonde N hybride avec ces deux fragments.  [...] Or notre sonde N d'ADNc de 1Kb (je rappelle NcoI/NcoI) ne possède pas de site de restriction pour HindIII donc il existe un site de restriction pour HindIII dans l'intron de 0,8Kb.  [...]

[Biologie Moléculaire] identification d'un gène

Approche possible. Nothern blot / RT-PCR qui te permettent de vérifier l'absence/présence/quantité/taille anormale du messager (ARNm) chez tes malades.(pour les protocoles, voir livres/sites internet, toute façon je suis rouillé sur ma biomol).  [...] Par contre c'est vrai que tu peux éventuellement détecter l'absence/présence/translocation du gène avec ta sonde, voir - mais là je spécule - une variation du nombre de copie (CNV, très à la mode).  [...]

[Biochimie] Analyses de transduction

Je suis à la recherche d'informations concernant les outils d'analyses biochimiques de la transduction de signal. Nous avons eu un cours sur les mécanismes plutôt très mal fait, où nous avons vu extrêmement rapidement certaines molécules, comme la forskoline avec son effet sur l'adenylate cyclase, ou encore la sonde fura-2 qui permet d'observer des variations de concentration calcique.  [...] Est-il possible d'avoir des noms d'outils permettant l'analyse des différents récepteurs cellulaires, et des différents messagers qui permettent la transduction de signal.  [...]

[Biologie Moléculaire] Marquage directe et indirecte d'une sonde ADN

Ma question est a propos du marquage directe et indirecte dune sonde ADN. Le prof nous a dit que le marquage indirecte est utilise pour amplifer le signal mais je n'ai pas compri pourquoi une necessité d'amplifier le signal.  [...] parce que selon les conditions le signal que l'on cherche a détecter est très très faible.  [...]