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La Commission européenne lance le Réseau d'excellence Epigenome

Après le décodage récent d'un certain nombre de génomes d'intérêt scientifique, dont le génome humain, il est devenu évident que plus un organisme est complexe, plus son génome est grand. Par ailleurs, il est tout aussi évident que le développement de la biocomplexité ne se traduit pas par un accroissement équivalent du nombre de gènes codeurs de protéines dans chaque génome, qui, à titre d'exemple, sont 15000 chez une mouche, contre seulement 40000 chez l'homme.  [...] Quoi qu'il en soit, les participants sont convaincus que le réseau Epigenome est une initiative opportune qui contribuera à l' émergence d'une ère de recherche particulièrement dynamique. Ils affirment que les implications de la recherche épigénétique dans le secteur de la biologie humaine et de la santé, y compris le cancer et le vieillissement, sont très vastes, et qu'en plus d'améliorer la compréhension de nos propres identités moléculaires, ces connaissances jetteront les bases des décisions législatives, politiques et socio-économiques à venir.  [...]

De la drosophile à l'Homme : même combat immunitaire

L'isolement de ce mutant a permis de mettre en évidence la protéine inactivée et impliquée dans le processus de reconnaissance. Des expériences in vitro ont démontré que cette protéine PGRP (protéine de reconnaissance du peptidoglycane), possède la capacité de se lier au peptidoglycane, un composant majeur peptidique et saccharidique de la paroi qui entoure les bactéries Gram-positives.  [...] La présence de protéines PGRP dans le génome humain suggère qu'une partie au moins de l'étape de reconnaissance a été conservée au cours de l'évolution. La poursuite des travaux sur la drosophile pourrait donc aussi nous éclairer sur le fonctionnement de la composante innée de notre propre système immunitaire.  [...]

L'urine, un fluide biologique de plus de 3.000 molécules

La diversité de l'urine se remarque également par la variété des molécules qu'on y trouve. on les range dans 230 des 356 classes chimiques retrouvées dans le corps humain. Pour que la communauté scientifique puisse consulter facilement cette liste, les chercheurs ont établi une base de données publique en ligne, nommée Urine Metabolome Database.  [...] Le terme métabolome désigne l'ensemble des métabolites retrouvés dans un être humain, de la même façon que génome ou protéome désignent l'intégralité des gènes ou des protéines. Or, l'urine est déjà utilisée aujourd'hui pour diagnostiquer des troubles métaboliques chez le bébé, le diabète, des infections de la vessie, vérifier le bon fonctionnement du rein ou détecter des drogues illicites.  [...]

Un bio-informaticien linguiste ?

Depuis que le projet Génome humain a débuté le décryptage des milliers de bases qui composent notre ADN, les biologistes ont pu décoder des milliers de gènes qui sont à la base de la fabrication des protéines dans notre corps. En fait, les gènes composant notre ADN semblent représenter seulement 3% de toutes les bases composant notre ADN.  [...] Ce bioinformaticien a eu l'idée de créer un programme afin de cataloguer tous les mots de la langue anglaise que l'on pouvait trouver dans Swiss-Prot (Swiss-Prot étant une base de données de protéines utilisée comme outil de référence). En utilisant un petit programme et en combinant la Swiss-Prot, et un dictionnaire informatisé de langue anglaise (complete english ispell library), il a pu y déceler que le mot de plus de 5 lettres qui y revenait le plus souvent est ALLELE ( ALLÈLE, type de gènes ) et que le mot le plus long est CHAPSTICK (produit en bâton que l'on met sur les lèvres gercées).  [...]

Cancers : certains ARN seraient de bons biomarqueurs

Dans notre génome, certains gènes codent pour des protéines mais ceux-ci n'en représentent que 1 à 2 %. Il existe aussi un génome non codant qui est, quant à lui, moins bien connu tout comme le rôle qu'il pourrait avoir dans les maladies. Dans celui-ci, non codant, se trouvent de petits ARN non codants (ou petits ARNnc) et de longs ARNnc.  [...] L'ensemble des séquences assemblées représentait plus de 43 Tb (téra paires de bases, soit 43.10 12 paires de base). Le transcriptome obtenu comptait environ 91.000 gènes - pour rappel, le génome humain compte environ 25.000 gènes codant pour des protéines.  [...]

Un second code caché dans l'ADN !

Depuis cette époque, de nombreux progrès ont été accomplis et les scientifiques peuvent désormais connaître très rapidement la séquence d'un gène d'intérêt. En avril 2003, le séquençage complet du génome humain a été réalisé et les quelque 25.000 gènes identifiés sont désormais étudiés en détail à travers le globe.  [...] Ils ont montré que 15 % des codons du génome humain avaient une double fonction. d'un côté ils participent à la fabrication des protéines, de l'autre ils donnent des instructions aux cellules pour moduler l'expression des différents gènes. Pour cette raison, les scientifiques les ont appelés duons.  [...]

Non, l'ADN ne contient pas que des gènes, affirme le programme Encode !

Entre 2003 et 2007, les scientifiques se sont focalisés sur le séquençage de 1 % du génome humain, dont on savait qu'il s'agissait de vrais gènes. De 2007 à 2012, le projet Encode s'est tourné vers les 99 autres pourcents, en analysant 147 types cellulaires humains et vient de publier ses derniers résultats dans la revue Nature.  [...] Non l'ADN poubelle n'est pas un fatras de résidus inutiles. Le premier chiffre à retenir est 80,4 %. c'est la proportion de l'ADN biologiquement actif chez l'Homme dans au moins un de ses types cellulaires. Alors que la portion du génome humain codant pour des protéines est estimée entre 3 et 8 %, l'essentiel du reste sert donc à quelque chose.  [...]

Le génome humain, clé de la médecine du futur, est intégralement séquencé

L'enchaînement des trois milliards de lettres qui constituent la séquence du génome humain est désormais connu avec précision. Ce résultat marque l'aboutissement d'un projet qu'on a parfois qualifié, du fait de son ampleur, de projet Apollo de la biologie.  [...] Les avancées scientifiques induites directement ou indirectement par le projet génome humain auront des incidences dans nombre de secteurs de la société, mais aussi, au plan anthropologique, sur notre vision de nous-mêmes. Les dimensions éthique, légale et sociale de ces transformations ont été prises en compte au sein du projet, et une part du budget a été consacrée à leur étude.  [...]

VIH : une nouvelle protéine efficace contre le virus du Sida

Human Phosphate Binding Protein (HBPB) avait échappé au séquençage du génome humain. C'est l'équipe marseillaise d'Éric Chabrière qui est à l'origine de sa découverte. Les résultats obtenus in vitro montrent que cette protéine agit sur une voie encore non ciblée par les thérapies actuelles.  [...] Ces travaux prometteurs laissent entrevoir de nouvelles stratégies pour le développement de traitements anti-VIH. Les Français projettent désormais de poursuivre l'étude des conditions dans lesquelles cette protéine exerce son effet inhibiteur, et de commencer prochainement les tests in vivo.  [...]

Des mutations ont-elles sauvé l'humanité de la disparition ?

Les dernières recherches montrent que ce premier a complètement disparu du génome humain il y a quelques dizaines de milliers d'années mais qu'il est toujours présent chez le chimpanzé. Quant au second, une mutation par délétion d'une lettre de l'ADN a raccourci la protéine synthétisée, la rendant inactive.  [...] Dans leur étude, ces gènes ancestraux ont été insérés dans les noyaux de cellules du système immunitaire de façon à ce qu'elles expriment les protéines entières. Elles ont ensuite été confrontées à des bactéries pathogènes, à savoir des Escherichia coli de souche K1 et des streptocoques de groupe B, la première cause de mortalité infectieuse chez le nouveau-né, causant notamment des méningites.  [...]