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Le séquençage de l'ADN pour les nuls !

les didésoxynucléotides sont des nucléotides privés du groupement OH en position 3'. Leur incorporation dans une chaîne d'ADN interrompt définitivement la synthèse de l'ADN.  [...] 3 - Lorsque l'ADN polymérase choisit par hasard un didésoxynucléotide (ce qui est rare puisqu'il y en a moins que des nucléotides) et qu'elle l'incorpore dans la chaîne en synthèse, celle-ci s'interrompt prématurément. Puisque chaque didésoxynucléotide est marqué par un fluorochrome différent (A vert, T rouge, G jaune et C bleu), une chaîne qui se termine par exemple par un A sera verte.  [...]

La résistance du virus du Sida à l'AZT est enfin élucidée

D'un point de vue moléculaire, l'AZT ressemble à un nucléotide (elle dérive de la thymidine ). Elle est de ce fait insérée dans la chaîne d'ADN en formation par la transcriptase inverse qui la confond avec un vrai nucléotide. Cette erreur induit l'arrêt de la synthèse d'ADN car elle ne possède pas le groupement hydroxyle (OH) sur le carbone 3' qui sert d'hameçon pour accrocher le nucléotide suivant.  [...] Plus précisément, la venue de l'ATP sur l'enzyme virale induit l' excision de l'AZT de la chaîne d'ADN en formation, sous la forme d'une molécule AZT-ATP particulière (avec quatre groupements phosphate. AZTppppA). L'ATP est donc capable d'éliminer l'AZT incorporée dans l'ADN, ce qui permet à la transcriptase inverse de reprendre la synthèse de l'ADN viral.  [...]

Un virus totalement créé par l'homme

En effet au mois d'Août 2002, le journal Science publiait les travaux d'une autre équipe américaine ayant réussi à construire dans un tube à essai le poliovirus responsable de la poliomyélite. Ce virus à ARN possédant 7741 nucléotides, crée de toutes pièces était fonctionnel même si son génome possédait des erreurs apparues durant les étapes de synthèse in vitro.  [...] Là où il avait fallu plusieurs années à une équipe, cette fois-ci il a suffi d'à peine deux semaines pour obtenir une copie synthétique du phage. Cette rapidité provient du fait que les chercheurs ont modifié une technique classique de biologie moléculaire la PCR Réaction de Polymérisation en Chaîne, qui permet de recopier une séquence d'ADN en des milliers d'exemplaires (une sorte de photocopieuse d'ADN).  [...]

En bref : Analyse ADN ultra-rapide

Une équipe de chercheurs de l'Université Autonoma de Barcelone a mis au point de nouvelles sondes miniatures pour l'analyse ADN. Le capteur, d'une taille équivalente à celle d'un pouce, et d'une fine épaisseur, permet de réduire considérablement le temps d'analyse pour identifier les chaînes d'ADN, et ce de l'ordre de quelques minutes à quelques heures, suivant la complexité de la chaîne.  [...] Assez simple, il faut le reconnaître. Ces sondes électrochimiques intègrent dans leurs structures des fragments d' ADN qui viennent compléter la chaîne du produit à tester. Par exemple, pour détecter la présence de salmonelle dans une mayonnaise, la sonde intègre un fragment d'ADN, récupéré dans les gènes d'une bactérie semblable à la salmonelle.  [...]

Le cancer détecté en 10 minutes par un test universel ?

Ce n'est pas la première fois qu'un test de dépistage sanguin du cancer est annoncé. En janvier 2018, des chercheurs avaient déjà présenté un test baptisé Cancer SEEK, capable d'identifier huit types de cancer en analysant l'ADN circulant. La startup américaine Grail promet, elle aussi, un test sanguin basé sur le séquençage ADN automatisé via le machine learning.  [...] L'idée n'est pas nouvelle. IBM, par exemple, a présenté récemment le prototype d'une puce à ADN, capable de séquencer une chaîne d'ADN.  [...]

Une bactérie s'attaque aux agrumes du Brésil

Des tests spécifiques ont été réalisés par PCR (Réaction de polymérisation en chaîne), une méthode d'analyse génétique permettant de multiplier les séquences d' ADN pour mieux les étudier, notamment ici d'amplifier un fragment d'ADN cible particulier, le gène ADNr 16S.  [...] Une deuxième séquence spécifique d'ADN a été étudiée et amplifiée par PCR. Cette séquence particulière est très conservée pour les diverses souches d'une même espèce (100% d'identité), mais est plus variable entre les souches de deux espèces différentes (70% d'identité).  [...]

Vers des vins plus riches en vitamines C ?

Auparavant seuls les intermédiaires dans la chaîne de synthèse de cet acide avaient été identifiés, mais aucune des enzymes. Pour parvenir à la découverte d'une des enzymes, les scientifiques de UC Davis ont mis en commun leurs connaissances de la génomique du raisin avec ceux de l'Université d'Adélaïde, lesquels possèdent les intermédiaires biochimiques.  [...] Avant des applications directes, des recherches approfondies sont encore nécessaires pour identifier deux autres étapes importantes de la synthèse d'acide tartrique et pour mieux comprendre le rôle joué par la lumière.  [...]

Et revoilà le clonage de mammouth !

Il permettra peut-être de compléter le séquençage de l'ADN du mammouth. L'équipe promet une publication prochaine dans une revue scientifique et avant cela un reportage vidéo qui sera diffusé sur la chaîne télévisée du National Geographic.  [...] Outre qu'il faut être certain de récupérer la totalité de l'ADN (rappelons que nous avons plus de 98 % d'ADN avec les chimpanzés...), il faut encore préparer ce matériel génétique pour qu'il ressemble à des chromosomes. Quant à récupérer un ovocyte au bon stade sur une éléphante, la tâche est probablement très difficile, tout autant que l'injection de l'ovule fécondé, au point que l'idée est venue de passer par.  [...]

Une première : le génome d'un organisme vivant intégralement reconstruit

Des chercheurs ont réussi à assembler pièce par pièce 582.970 paires de bases, reproduisant fidèlement l'ADN d'une bactérie connue. Cette reconstruction, qui s'est arrêtée à la production du génome, ouvre la voie à la création d'un organisme vivant basé sur de l'ADN synthétique.  [...] A ce stade, il devenait impossible de poursuivre l'expérience au moyen de E. coli. L'équipe a donc implanté ces blocs de 144 kb dans une levure. Celle-ci a reconnu les grandes molécules d'ADN synthétique et les a assemblées entre elles par recombinaison homologue.  [...]

Bactéries à l'arsenic : les réponses de l'équipe à la polémique

Un tel échange n'a jamais été observé et paraît proprement stupéfiant à un biochimiste. La vie utilise un certain nombre d'atomes, en premier lieu le carbone, l' hydrogène, l' oxygène, l' azote et le phosphore. On les retrouve comme constituants des acides nucléiques (ADN, ARN ), des protéines, des glucides et des lipides, chimiquement associés entre eux de la même manière, que ce soit chez les bactéries, les virus, les crabes, les humains, les algues ou les séquoias.  [...] Certains doutent de la possibilité même qu'une chaîne comme celle de l'ADN puisse être suffisamment solide quand les ponts de phosphore sont remplacés par de l'arsenic. Les auteurs conviennent qu'il y a là une question intéressante.  [...]