• Santé - Virus, Référence, Séquences

[Biologie Moléculaire] aide sur la recherche d'amorce (primer) sur genbank (ncbi)

je doit commander des séquence d'ADN en vue de réalisé une reverse transcription RT-PCR sur virus de la vigne. j'ai trouvé la séquense spécifique sur la banque de gene ncbi mais le probleme est comment est ce que je doit selection les deux séquences pour faire la pcr (downstream et upstream) sachant que pour certains virus je trouve la réference du gene dans les articles qui me renvoi vers ncbi mais ne me donne pas les deux séquences.  [...] ben pour faire la RT tu n'as besoin que d'un primer, le second uniquement pour la PCR. Le choix des amorces dépend de ce que tu veux faire ensuite. de la quantification, du clonage, du séquençage, du génotypage.  [...]

En images : ils coupent de l'ADN grâce à CRISPR !

CRISPR-Cas9 est une technique de génie génétique employée pour modifier facilement le génome d'êtres vivants. Le terme CRISPR (pour Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats ) fait référence à des séquences d' ADN trouvées dans des bactéries qui contiennent des fragments d'ADN de virus ayant infecté celles-ci.  [...] Ensuite, les chercheurs ont observé comment le complexe Cas9-ARN ciblait l'ADN. Ils ont pu confirmer que le complexe s'associait au niveau d'un motif PAM de l'ADN. PAM est une séquence courte localisée près du site cible de l'ADN qui est complémentaire à l'ARN guide.  [...]

En bref : la grippe A(H7N9) ressurgit en Chine avec l'automne

Le virus de la grippe A(H7N9) n'avait jamais frappé l'Homme avant février dernier. Il vient très probablement des oiseaux, et la fermeture des marchés aux volailles avait permis de stopper, au moins temporairement, l'apparition de nouveaux cas. Mais maintenant que la saison redevient propice à l'épidémie, le pathogène pointe de nouveau le bout de son nez... C. Goldsmith, CDC, DP.  [...] À ce jour, le bilan fait état de 139 cas humains rapportés et confirmés en laboratoire (dont 45 mortels), depuis les premières infections, à la mi-février 2013. À noter qu'en août dernier, Vincent Enouf, directeur adjoint du Centre national de référence des virus influenzae à l'Institut Pasteur (Paris) se montrait rassurant face à une éventuelle perspective de pandémie.  [...]

Le diagnostic de la grippe aviaire | Dossier

Les laboratoires n'ayant pas la capacité d'effectuer le sous-typage du virus influenza A se doivent d'adresser les échantillons à un centre national pour la grippe ou à un laboratoire de référence pour le virus H5, mis sur pied par l'OMS et d'informer toute instance régionale, nationale ou internationale de l'OMS de la destination des prélèvements et isolats viraux.  [...] L'inhibition de l'hémagglutination est l'examen de référence pour la détection des anticorps dirigés contre les virus grippaux humains, mais dans sa forme standard, il a montré ses limites dans le diagnostic des infections à virus aviaires. Récemment (Stephenson, Wood et al.  [...]

Mise en vente de deux vaccins contre le virus de la grippe aviaire au Japon

L'agence réglementaire japonaise des produits de santé, la PMDA ( Pharmaceutical and Medical Device Agency ), équivalent de l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (AFSSaPS) vient d'approuver la mise sur le marché des deux premiers vaccins développés et fabriqués au Japon contre le virus de la grippe aviaire H5N1.  [...] Des recherches utilisant la technique de génétique inverse développée par le Professeur Kawaoka avaient permis de préparer un vaccin à partir de virus entier NIBRG-14 inactivé cultivé sur des oeufs de poule. NIBRG-14 qui est un virus modifié en laboratoire à partir d'une souche de virus influenza A et du virus H5N1 de la grippe aviaire, est le virus de référence de l' OMS.  [...]

[Biologie Moléculaire] Analyse de séquences, phylogénétique

J'ai cloné des produits pcr que j'ai séquencé par la suite. J'ai 4 banques de clones et quelques 200 séquences en tout à moi plus 40 séquences de référence de genbank. Les 4 banques sont pour 4 états différents et le but s'est de comparer la diversité microbienne dans les 4 états.  [...] Pour réduire au max, j'ai traduit en séquences protéiques et regroupé celles qui sont similaires à +97% (tout ça sous Excel). Je me suis retrouvé avec 7 grands groupes de séquences (dans chaque groupe j'ai des représentants des 4 banques de clones) et 62 séquences individuelles (total 69).  [...]

[Divers] Demande de précision sur le concept de pool génétique

Supposons que tu définisses un membre de l'espèce humaine (un humain) comme un organisme porteur de gènes appartenant à un certain pool de gènes, lui-même décrit par une banque de données de séquences de référence, et en autorisant un petit pourcentage de différences entre séquences pour tenir compte des mutations nouvelles n'appartenant pas à ladite banque de données.  [...] Considère maintenant un humain infecté par un rétrovirus. Comme tu le sais sans-doute le génome du rétrovirus est intégré au génome nucléaire des cellules qu'il infecte. Du coup l'humain est porteur de séquences non-humaines, au moins dans certaines de ses cellules et qui sortent donc du pool de séquences de référence. Cet humain cesse-t-il d'être humain.  [...]

sequence de géne

Je conseille la recherche avancée car il y a probablement beaucoup de séquences différentes de ce gène donc il faudra préciser l'organisme etc.  [...] il a l'avantage de pouvoir rechercher à partir d'une référence (type NM_000000) sans qu'on n'ai besoin de manipuler des séquences entières.  [...]

Contre le coronavirus NCoV, la lutte s'organise

Il s'agit d'une nouvelle infection, a déclaré dimanche le docteur Keiji Fukuda, sous-directeur général chargé de la sécurité sanitaire à l'OMS. Cela signifie qu'il reste de nombreuses brèches à combler au niveau de notre connaissance. Il fait particulièrement référence au mode de propagation du virus, encore mal connu.  [...] Sur le plan de la recherche, tous les regards sont tournés vers le Centre national de référence ( CNR ) du virus influenzae qui travaille aussi sur les coronavirus. un CNR coordonnateur se situe à l'institut Pasteur de Paris, et un CNR laboratoire associé au CHU de Lyon.  [...]

[Biologie Moléculaire] Amorce Sens et Anti-sens

Après un séquençage, les deux séquences obtenues sont représentées l'une en dessous de l'autre pour l'alignement avec une séquence de référence.  [...] lors du séquencage, si tu sequences dans les deux sens, tu auras la composition du brin sens (5'-. 3') et du brin antisens (5'-. 3'), et sur l'un des 2 le reverse complémentaire à été fait afin afin d'avoir 2x le brin sens et de comparer les deux séquences par un alignement classique.  [...]