• Santé - Thèse, Expression, Protéine

[Biologie Moléculaire] Protéine de fusion

Dans le cadre de mon travail de thèse j'étudie l'expression d'une protéine. Pour commencer j'ai donc cloner le cDNA dans un vecteur d'expression pCDNA3 afin de le transfecter dans des HEK. Malheureusement il n'existe qu'un seul type d'anticorps contre cette protéine et le seul qui existe ne fonctionne absolument pas.  [...] * Shuttle insert DNA from one expression vector to another affords flexibility while simplifying your cloning workflow.  [...]

[Biologie Cellulaire] TRPm?

These events are associated with changes in the expression of numerous other proteins. This process of tumorigenesis involves the altered expression of one or more TRP proteins, depending on the nature of the cancer. The most clearly described changes are those involving TRPM8, TRPV6 and TRPM1.  [...] TRPV1 is expressed in neurones involved in sensing cancer pain, and is a potential target for pharmacological inhibition of cancer pain in bone metastases, pancreatic cancer and most likely in other cancers. Further studies are required to assess which other TRP proteins are associated with the development and progression of cancer, what roles TRP proteins play in this process, and to develop further knowledge of TRP proteins as targets for pharmaceutical intervention and targeting in cancer.  [...]

[Biologie Moléculaire] Les gènes Hox

Une deuxième explication pourrait être un mécanisme de gradient. L'expression du gène Hoxa1 induit l'expression de gènes plus tardifs, certains sécrétés et impliqués dans la signalisation intercellulaire. Ces protéines signalisatrices forment un gradient fort au pôle antérieur et de plus en plus faible vers le pôle postérieur.  [...] For example, the solidity of hairs (4) or the size of the prostate (5) were reported to be affected by Hox genes inactivation, and various studies suggest that these proteins may be of importance in the hematopoietic system (6-8). Of interest, several Hox genes have been associated with the occurrence of leukemia, either through their over-expression (9, 10) or as a result of chromosome translocations (11, 12).  [...]

[Biologie Cellulaire] Manip de co-IP??? what's wrong!!!

La seule explication que j'ai c'est l'ADN est tombe aussi dans le culot par affinité avec les billes d'agarose et que comme la topo 2 est une protéine se fixant à l'ADN ça pourrait expliquer le fait qu'elle soit présente au niveau du contrôle négatif.  [...] Il y a autre chose qui pourrait expliquer le problème. satures-tu tes billes protéine G sépharose avec de la BSA Certaines protéines se fixent sur la sépharose et/ou sur les protéines G. Une étape de saturation peut donc s'avérer nécessaire pour masquer les sites potentiels d'interaction non spécifique.  [...]

Petite énigme à vous soumettre...

Le coût, j'en conviens, est important, car la méthode demande des concentrations de ligand importantes (ratio de 1 protéine pour 300 ligands par exemple...). mais elle est utilisée. Si la méthode RMN te rebute, et que tu préfères des techniques plus simples de caractérisation de Kd et de Ki (par des tests in vitro ), j'ai envie de dire que ces tests restent insatisfaisants, car ne reflètant pas d'informations très poussées sur l'intéraction protéine-ligand, comme une cartographie des groupements mis en jeu dans le ligand, par exemple.  [...] Si la méthode RMN te rebute, et que tu préfères des techniques plus simples de caractérisation de Kd et de Ki (par des tests in vitro ), j'ai envie de dire que ces tests restent insatisfaisants, car ne reflètant pas d'informations très poussées sur l'intéraction protéine-ligand, comme une cartographie des groupements mis en jeu dans le ligand, par exemple.  [...]

[Biologie Moléculaire] Densité Optique a quoi sa sert en biologie ?

Comme dit précédemment, il faut régler le spectrophotomètre sur 260 nm (longueur d'onde émise) pour faire une mesure d'absorbance d'acides nucléiques. Pour mesurer un taux de protéine, le pic d'absorption se situe à 280 nm.  [...] Cas concret. en thèse, je produisais une protéine recombinante qui a la capacité de se lier aux ARNt. A la fin de ma première étape de purification (une colonne Ni-NTA), mes échantillons absorbaient principalement à 260 nm, preuve que ma protéine était très liée à des acides nucléiques (= les ARNt).  [...]

Conseils fac parisienne pour DEA

Le plus important c'est le labo qui va t'accueillir et te permettre de faire une thèse, et finalement le contenu du master, passez-moi l'expression, on s'en fout un peu.  [...] Sinon je suis en M2r BIM (biologie intégrative et moléculaire), et j'ai suivi des modules de vieillissement, génétique du développement, et régulation de l'expression des gènes. Tous les trois très intéressants et de qualité.  [...]

[Génétique] Analyse des cellules cancéreuses par la génomique

Here we have characterized variation in gene expression patterns in a set of 65 surgical specimens of human breast tumours from 42 different individuals, using complementary DNA microarrays representing 8,102 human genes. These patterns provided a distinctive molecular portrait.  [...] of each tumour. Twenty of the tumours were sampled twice, before and after a 16-week course of doxorubicin chemotherapy, and two tumours were paired with a lymph node metastasis from the same patient. Gene expression patterns in two tumour samples from the same individual were almost always more similar to each other than either was to any other sample.  [...]

[Biochimie] sérum et anticorps polyclonaux

Au cours de ma thèse, j'ai eu l'occasion de produire une protéine his-taggée et la stratégie que je voudrais mettre en place serait de procéder pareil avec ma protéine, la purifier avec le tag puis l'utiliser pour enrichir mon sérum. Sur le papier, c'est cohérent (je crois) mais comme toujours, il y a un fossé entre le papier et la paillasse.  [...] Qui plus est, je n'avais pas réussi à purifier convenablement ma protéine avec une résine TALON mais je n'avais pas insisté non plus, le projet ayant été abandonné. Quelau'un peut-il me donner un protocole robuste pour une purification similaire (qui présente l'avantage que je la connaisse déjà donc je ne vais pas perdre trois jours à faire de la biblio pour comprendre comment ça marche).  [...]

surproduction et purification de proteine

je suis entrain de surproduire la topoisomerase topI de campylobacter jejuni grace a une induction a l 'itpg la je vais entamer ma purification j ai quelaue idees pour mon protocole mais est ce que y a des personnes qui ont deja fait de la purif de proteine j aimerai avoir un apercu pour precider ma purification c est par un his tag.  [...] * Harmonisée * admettons que chez jejuni, un codon précis de l'ARN de ta protéine d'intérêt soit très peu retrouvé dans tout le transcriptome de jejuni (exemple, j'invente, on parle du codon CUG qui est très peu utilisé pour coder une leucine). Eh bien tu ne vas pas choisir le meilleur codon leucine chez E.  [...]