• Santé - Température, Hybridation, ADN

[Biologie Moléculaire] Temps d'hybridation des amorces

Mais comme dis archaostol, le temps d'hybridation est température dépendant. Si tu as dénaturer un ADN double brin à 100°C (un peu près) et que tu le précipites d'un coups à 4°C, il va se réhybrider. Tellement vite qu'il va mal se réhybrider (mismatch, désapariement.  [...] ..). C'est pour cela que la température d'hybridation est généralement plus faible de 5-10°C de la température de fusion, nécessaire pour séparer les deux brins. Je rappelle également que la température de fusion est dépendante de la longueur de l'ADN, mais également de son pourcentage en GC (et d'autres paramètres plus complexes).  [...]

Température d'hybridation et PCR

Oui mais il faut bien que l'ADN soit suffisamment dénaturer sinon l'hybridation n'est pas possible sur de l'ADN bicaténaire. Et c'est bien pour cela qu'on prend comme référence le Tm qui en fait est une température de demi-dénaturation.  [...] Maintenant pourquoi on se place 5°c en dessous du Tm pour avoir la température d'hybridation J'y pense maintenant ça doit être un compromis entre une dénaturation suffisante de l'ADN (ou plutôt une renaturation pas trop rapide de l'ADN après l'étape de dénaturation pour permettre l'hybridation aux amorces) et une température suffisamment basse pour permettre l'hybridation (d'où 5° en dessous du Tm). Non.  [...]

Pourcentage CG

le pourcentage CG indiqué sur cette carte semble presque illisible... C vrai qu'il est difficile de comprendre son intéret même en systèmatique.. vu que dans le cas présent le modèle est clairement identifier... est ce que ça n'aurait pas un rapport avec les manipulations en labo vu que le taux de CG influence la température d'hybridation optimale des 2 brins d'ADN (role en PCR...).  [...] est ce que ça n'aurait pas un rapport avec les manipulations en labo vu que le taux de CG influence la température d'hybridation optimale des 2 brins d'ADN (role en PCR...).  [...]

PCR, amorces

plus le GC% est elevé, plus la temperature d'hybridation (Th) est elevée et plus ta PCR est specifique. Avec 20° de Th, tes amorces vont se coller un peu partout sur l'ADN et tu risques d'amplifier n'importe quoi.  [...] Pour calculer rapidement (plus ou moins justement) ta Th tu fais (nG+nC)*4 + (nA+nC)*2 et ca te donne la temperature en degré. En general, tu choisis des amorces de 20 pb et donc des amorces avec des Th de 60°C.  [...]

[Journal club] Reponse strigente et regulation globale de l'expression

Par des techniques de transcription in vitro en presence et en absence d'heparine (competiteur a l'ADN, revelateur de fixation faible) et a differente concentration en sel (a haute concentration empeche les fixations instables), les auteurs ont pu mettre en evidence que la diminution de la transcription a partir des promoteurs stringents etait la consequence d'une importante instabilite du complexe d'initiation.  [...] La question des thermophiles était posée dans le sens où le superenroulement est causé par la formation de structures secondaires de l'ADN. Si une structure particulière du promoteur est nécessaire pour déstabiliser le complexe, les bactéries thermophiles ne peuvent peut-être pas se permettre d'avoir un tel mécanisme de régulation de l'expression, étant donné qu'à haute température, les affinités d'hybridation de motifs de l'ADN sont plus faibles.  [...]

Questions sur la PCR

C'est une question de probabilité, en moles les amorces sont largement majoritaires. Donc même si une partie de l'ADN se réhybride avec son brin complémentaire, la grande majorité s'hybridera avec l'amorce. La taille n'a pas vraiment à voir, ensuite c'est plus une question de Tm (température d'hybridation).  [...] plus le le Tm de l'amorce est élevé, plus elle s'hybridera facilement lorsque la température du milieu réactionnel descend.  [...]

températures et PCR

La température d'hybridation c'est celle qui permet que les amorces se fixent à la matrice si je comprends bien et le Tm c'est la température a laquelle il y a 50% de simple brin mais je n'arrive pas a faire le lien avec les amorces parce que ça c'est la dénaturation non.  [...] Pour que tes amorces puissent s'hybrider à la matrice d'ADN, il faut que celle-ci sois dénaturée pour permettre l'accessibilité des amorces. Ainsi à Tm-5°C on considère que l'hybridation peut se faire correctement. Et oui, le Tm est la température à laquelle tu as 50% de ton ADN sous forme simple brin (et donc 50% en double brin).  [...]

[Biologie Moléculaire] détection de gènes multicopies

La méthode de référence, celle utilisée par exemple lorsqu'on veut déterminer le nombre de copies qu'on a inséré lors de la réalisation de souris transgéniques, c'est en effet le southern blot.   [...] Pour le principe de la FISH interphasique et bien déjà on peut la faire sur n'importe quel tissu. On dénature la lame avec le matériel génétique et les sondes puis il y a hybridation des sondes spécifiques du gène en question (locus spécifique) sur l'ADN simple brin (en parallèle on contrôle les conditions dénaturantes et la température).  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR et température d'hybridation

J'aimerais savoir pourquoi augmenter la température d'hybridation permet une bien meilleure hybridation des amorces.  [...] Tu sais ce qu'est la Tm. la température à laquelle la moitié de ton ADN double-brin est sous formé simple-brin. La T°hybridation est donc celle où tes oligos (ADN simple-brin) s'hybrideront le mieux avec ta matrice. Si tu as, admettons, une hybridation de quelques nucléotides en 3' pas loins de ton autre oligo, voilà une bande.  [...]

[Biotechnologie] Principe de la PCR

La deuxième période s'effectue à une température généralement comprise entre 40 et 70°C, dite température d'hybridation des amorces. La.  [...] d'ADN matriciel. Plus la température d'hybridation est élevée, plus l'hybridation est sélective, plus elle est spécifique.  [...]