• Santé - Structures, Protéines, Banque, Data

[Biologie Cellulaire] Restitution de connaissances sur les protéines.

Pour ce qui est de la nature et structure je vois à peu près mais pour la place des protéines dans la cellule et l'organisme je sèche complétement.  [...] Pour des exemples de structures de protéines va voir la banque de donnée Protein Data Bank (toute structure nouvellement résolue voit ses coordonnées atomiques déposées dans cette banque).  [...]

[Biologie Moléculaire] Combien d'enzymes différentes dans le vivant ?

Protein Data Bank (banque de données sur les protéines) qui recense les structures secondaires des protéines et des acides nucléiques avec une résolution inférieure ou égale à 4 angströms.  [...] On voit qu'en 2012, sur un total de 18876679 de protéines distinctes connues (base de données UniProt en date du 11 novembre 2012), seulement 86172 structures protéiques ont été déterminées. Mais le nombre de structures connues augmente à un rythme annuel toujours croissant.  [...]

[Biochimie] PDB et Cristallographie

Tout d'abord, j'ai remarqué que les structures de protéines (dans Protein Data Bank) déterminées par cristallographie n'ont pas d'atome d'hydrogène. Pourquoi Je trouve partout les hydrogènes ne sont pas visible en cristallo mais personne n'explique pourquoi.  [...] Ensuite, j'ai constaté que certaines structures n'étaient pas complètes c'est a dire qu'il y'a des résidus manquants dans certaines structures pdb... je ne comprends pas trop pourquoi Certains AA ne sont pas déterminables par cristallo ou rmn visiblement oui mais dans quel contexte.  [...]

Alzheimer : des chercheurs français sur la piste d'un test prédictif

La protéine Tau, ici représentée en 3D grâce à la Protein Data Bank, qui se consacre à répertorier les structures tertiaires des protéines, est à l'origine de la maladie d'Alzheimer. Ce n'est pas elle qui intéresse directement l'équipe du professeur Baulieu, mais FKPB52, qui pourrait devenir un marqueur pour diagnostiquer plus tôt la première maladie neurodégénérative dans le monde.  [...] D'autre part, ils ont relevé une diminution de la FKBP52 chez les patients souffrant de la maladie d'Alzheimer. Cette protéine étant naturellement présente chez l'être humain, on peut espérer qu'une mesure de son niveau permette d'identifier les personnes à risque de tauopathie.  [...]

[Biochimie] Important, effet du polyéthylène glycol (PEG) sur l'albumine sérique humaine

J'ai une ASH cristallisée qui a été traitée avec du polyéthylène glycol 4000 et je veux savoir c'est quoi son effet sur la structure secondaire de ma protéine. est ce qu'il y a augmentation du nombre des hélices alpha ou autre.  [...] En fait, j'ai un spectre cd (dichroïsme circulaire) de la triose phosphate isomérase, qui, me donne les pourcentages de toutes les structures secondaires de cette enzyme et on me demande de les comparer avec ceux de la forme cristalline de l'albumine sérique humaine qu'on trouve sur PDB (protein data bank).  [...]

[Biochimie] cours étrange d'histoire de la vie.

au passage je cherche un cours de master 1 ou 2 biochimie spécialité en relation avec la structure protéique pour m'approfondir dans ce domaine qui m'intéresse beaucoup.  [...] Toujours est-il que l'un des secteurs les plus productifs en terme de data générés c'est sur la structure des protéines et que c'est l'objet de nombreuses thèses chaque année.  [...]

[Divers] Publications des biologistes du forum

Establishment of stable HIV-1 infection requires the efficient integration of the retroviral genome into the host DNA. The molecular mechanism underlying the control of this process by the chromatin structure has not yet been elucidated. We show here that stably associated nucleosomes strongly inhibit in vitro two viral-end integration by decreasing the accessibility of DNA to integrase.  [...] Our data indicate that some chromatin structures can be refractory for integration and that coupling between nucleosome remodeling and HIV-1 integration is required to overcome this natural barrier.  [...]

Articles importants dans Nature, Science ou Cell - Page 5

En très gros, les auteurs ont mis au point une technique (à base de micro-array et de FACS) permettant de cribler les protéines dégradées par le protéasome et comme ils sont joueurs, ils se sont amusé à tester cette technique sur une banque de 8000 ORFs.  [...] Mais j'avoue que ce détail n'en est en fait pas un et me perturbe pour l'analyse des data... Ajouter à cela des protéines très connues qui sont réellement dégradée par le protéasome (comme p53) et qui sont classées dans le papier comme étant non dégradées.  [...]

[Biochimie] site actif des enzymes

Pour ton exemple, les deux amylases sont très proches. Il suffit de voir leur structure 3D dans la protein data bank pour s'en rendre compte.  [...] Je ne vois que deux petites différences structurales. la petite boucle bleue claire, tout en bas et un mini feuillet (représenté par des flèches), près de l'hélice verte, au centre.  [...]

[Biochimie] hélice alpha/feuillet beta dans proteines

J'ai un peu de mal à trouver pour ces différentes protéines si elles contiennent ou non à chaque fois au moins une hélice alpha et/ou un feuillet beta.  [...] Ben il faut chercher leur structure, ca peut pas s'inventer comme ca. Va faire un tour sur Proteopédia ( http.//proteopedia.org ) ou sur Protein Data Bank ( http.//www.pdb.org ).  [...]