• Santé - Structure, Tige, Boucle

[Biologie Moléculaire] siRNA, shRNA ??

Bonjour, Je ne dirai pas que le shRNA est le plasmide, c'est l'ARN en structure tige-boucle, qui peut être transcrit à partir d'une séquence intégrée dans un plasmide. Cette structure tige-boucle est reconnue par Dicer qui coupe la boucle, ce qui donne un petit ARN double brin comme un siRNA.  [...] De manière générale on préfèrera toujours le siRNA au shRNA. Si tu as un siRNA qui fonctionne bien, le transfecter avant chaque manip' n'est pas d'une grande difficulté. L'utilisation du shRNA suppose de maintenir une pression de sélection par l'utilisation d'un antibiotique, chose qu'on préfère éviter autant que faire se peut pour éviter une perturbation supplémentaire.   [...]

[Biologie Cellulaire] questions annales

Ma réponse. je ne sais pas du tout comment le présenter, je sais simplement qu'il faut une complémentarité symétrique pour que lors du repliement les bases soit l'une en face de l'autre, mais quels acides aminés choisir il y en a-t-il qui soit plus a même de former ce genre de structure plutôt que d'autres faut-il inventer une succession d'acides aminés sachant pertinemment qu'il ne sont pas présents dans ce 5'UTR en particulier.  [...] C'est quelque chose de difficile a repérer dans une séquence à l'oeil, mais il existe des programmes qui permettent de prédire les structure II des acides nucléiques.  [...]

transcription

* Une intrinsèque dû à la formation d'une structure tige-boucle qui force le décrochage de la pol.  [...] Non, l'ARN ne synthétise rien du tout. L'ARNm transmet l'information portée par le gène au travers de sa séquence et va conduire après traduction à la/les protéine(s) codée(s) par le gène. L'ARNm est un intermédiaire véhiculant le message.   [...]

Les codons stops

Il y a la terminaison directe dit aussi rho-indépendante. Elle a lieu après deux séquences riches en CG en miroir qui vont former une structure tige-boucle juste avant une séquence poly-U au niveau de laquelle l'ARN polymérase bactérienne va se bloquer et se détacher de l'ADN.  [...] - La RNA polymérase II n'a pas d'arrêt de transcription défini. Il y a transcription plus d'un kb après un site dit de polyadénylation (AAUAA). Ce signal est nécessaire à la coupure (10-30b après) puis à la.   [...]

Comment reconnaître une boucle de terminaison de transcription ?

Deuxièmement j'ai jamais vu l'expression boucle de terminaison de la transcription, pas étonnant que tu ne trouves rien sur internet. Ici il s'agit d'un mécanisme de terminaison de la transcription spécifique des procaryotes (voilà pourquoi j'ai posé la question) dans lequel une structure tige-boucle se forme et interrompt la progression de la polymérase (voir https.  [...] En fait les.,.,. indiquent la structure tige-boucle.. sont dans la boucle, et les. et. sont la tige. Si tu regardes la séquence, elles sont complémentaires. Coté structure ça donne ça.  [...]

ADN

The repetitive and extraordinarily stable polynucleotide chains of DNA serve as an ideal storage system for genetic information. Although it is best known for its helical structure and relatively inert character, in vitro selection can be used to compel DNA to perform a surprising variety of chemical reactions.  [...] Mon propos n'etait pas la, mais dans le fait que l'ADN n'est pas toujours double brin, et lorsqu'il est sous forme simple brin il peut adopter des structure en tige boucle, en pseudonoeud, etc... je crois aussi me souvenit qu'il existe une structure secondaire particulière en forme de croix (ou chaque branche serait constituée par une tige boucle).  [...]

Petits ARN en tout genre...

Il me semble qu'ils ont une structure en tige-boucle, ou épingle à cheveux, dont la structure doit être reconnaissable par bioinfo.  [...] On pourrait utiliser les structures en épingle à cheveux, mais cela ne correspond pas à tous, en effet. Je me demande si ce n'est pas d'ailleurs ce qu'utilise le Sanger Center pour son atlas.  [...]

short hairpin RNA

Je suis pas un specialiste des shRNAs mais apres une recherche rapide sur le net il semble que le mecanisme d'action soit identique aux siRNA. La difference est dans la structure secondaire de l arn. Le shRNA est un arn simple brin qui forme une tige boucle(comme tu peux voir ici.  [...] qui est une structure tres bien exporte du noyau (reconnu par une exportine). Une fois dans le cytoplasme la tige boucle est reconnue et clivée par une RNAse (dicer) qui enleve la boucle et la tu te retrouve avec un arn double brin (un siRNA en gros) avec une sequence complementaire a sa cible.  [...]

[Biologie Moléculaire] La traduction

Comment l'ARNm peut être traduit malgré son structure secondaire (épingle à cheveux ou bien tige boucle.).  [...] pourquoi 92 la grande majorité des cellules est en phase G0/G1, donc 2 chromosomes monochromatidiens x 23 (entre nous, ça n'a aucun intérêt de se demander combien de molécules d'ADN... c'est scolaire mais sans intérêt).   [...]

22 acides aminés...

L'incorporation de la selenocysteine, au niveau du codon stop, depend de la presence d'une structure secondaire de l'ARNm (en forme de tige-boucle) appele l'élément SECIS. Il est situe juste apres le codon stop chez les bacteries. En revanche, cet element est situé tout a la fin de l'ARm (3' non codant) chez les eucaryotes.  [...] Les ARNm sont donc pleins de structures secondaires, tiges boucles (ce qu'a explique neutrino) ou plus complexes. Ces structures se forment en effet grace a la complementarite des bases (la meme qui permet en fait de creer la double helice d'ADN).  [...]