• Santé - Spots, Identiques, Protéines

Les puces à protéines

2- Sur chaque spot, on verse une multitude de protéine chelatantes auquelles on a attaché une substance qui émet de la lumière colorée (enzymes, anticorps etc..) et ceci de manière identique sur chaque spot (autrement dit si on a 50 protéines chelatantes différentes, chaque spot sera en précense de ces mêmes 50 protéines chelatantes).  [...] Mais là ou je comprend pas c'est que si je suis ce raisonnement alors il y a des spots protéiques initiaux identiques alors que moi je crois que tous les spots correspondent à des protéines différents (autrement dit 1 protéine spécifique à 1 spot).  [...]

[Biologie Moléculaire] Approche proteomique

je ne suis pas sûre de comprendre l'objet de ta question. Une approche de protéomique sert à visualiser l'ensemble du protéome, pour cela on sépare effectivement l'ensemble des protéines par éléctrophorèse bidimensionnelle afin d'identifier des spots correspondant normalement chacun à une protéine.  [...] On compare un lysat contrôle au(x) lysat(s) que l'on étudie et on cherche à identifier les spots qui bougent de façon significative. Les protéines correspondante sont alors identifiées par spectrométrie de masse. Cela sert à identifier une expression différentielle de protéines sous les conditions que l'on étudie (traitement des cellules, RNAi.  [...]

[Biochimie] coloration nitrate d'argent

Résultat intriguant aujourd'hui sur un gel de polyacrylamide... Apres coloration au nitrate d'argent, les protéines sont bien révélées et prennent une teinte marron, par contre une bande très particulière prends au contraire une coloration grise... je n'avais jamais vu ca avant.  [...] Mes spots n'avaient pas tous la même couleur, et c'est vrai que certains étaient gris (et faisaient plus pâles du coup). Je faisais de la MS derrière pour identifier ces spots. je te rassure ce sont bien des protéines.  [...]

[Identification] résultats de spectrométrie de masse

j'ai donc réalisé des gels bidi que j'ai prélevé et que j'ai fait analyser au spectro, pour plusieurs spots, je me retrouve avec plusieurs protéines identifiées, mais je souhaiterais en discriminer quelques unes. dans un premier temps j'aimerais savoir quels est le score minimun à considerer quand on interroge une banque de donnée.  [...] mon deuxième problème concerne le poids de mes protéines. je n'arrive pas à comprendre pourquoi dans un spot prélevé à 120kDa par exemple, des protéines de 65 ou même 45kda y sont identifiées. est ce que je dois les illiminer et ne pas en tenir compte.  [...]

Electrophorèse bidimensionnelle VS unidimensionnelle

L'électrophorèse bidimensionnelle (2D-E) consiste en une séparation des protéines en deux temps. l'isoélectrofocalisation (IEF) sépare les protéines selon leur point isoélectrique (pI) puis une migration en conditions dénaturantes sur gel de polyacrylamide (SDS-PAGE), perpendiculairement à l'IEF, sépare les protéines selon leur masse moléculaire (MW).  [...] Après coloration des protéines séparées, on obtient un gel pouvant contenir plusieurs centaines voire plus d'un millier de spots protéiques. L'ensemble de ces spots représente le profil protéique de l'échantillon étudié (cellules, tissu, etc...). La comparaison de profils protéiques correspondant à des états particuliers, par exemple sain et malade, permet de déceler les protéines liées à ces états.  [...]

Electrophorèse sds-page de la MMP2

Après avoir fait une transfection ce cellules, j'ai récupéré des surnageants contenant mes protéines proMMP2 et deltaproMMP2. J'ai analysé mes protéines sur un zymogramme contenant de la gélatine (substrat préférentielles de mes protéases) et j'ai pu observer leur activité grâce à des spots de digestion sur mon gel coloré au bleu de Coomassie.  [...] D'autre part j'ai fait une électrophorèse sur gel SDS-PAGE sans gélatine coloré également au bleu de Coomassie, mais cette fois ci je n'ai observée aucune bande de migration. Je ne parviens pas à expliquer pourquoi je n'ai pas pu observer le migration de mes protéines.  [...]

Révélation protéines au AgNO3

Voici ce que j'ai trouvé. Etant mille fois plus sensible que le bleu de coomassie, la coloration au nitrate d'argent permet de détecter des spots contenant 0,1 ng de protéines. Elle présente néanmoins certains inconvénients. la stSchiométrie de la coloration n'est pas totalement linéaire, la reproductibilité est difficile à obtenir et certaines protéines sont peu ou pas colorées par cette méthode.  [...] et voici pour le principe. Les groupe sulfhydrile et carboxylique des chaines latérales des protéines peuvent réduire l'ion argent.  [...]

[Identification] Identification d'une protéine sérique

J'ai pu identifier sur le gel plusieurs protéines sériques. J'ai pu identifier l'albumine sérique et donc aussi les immunoglobulines, qui migrent comme prévu moins loin que l'albumine. Cependant, j'ai observé qu'une bande avait migré plus loin que l'albumine, cela signifie qu'elle de taille plus faible que l'albumine qui est de 65 kDa.  [...] Si on n'a pas accès à un labo de protéomique digne de ce nom et sans devoir investir dans des procédures longues et coûteuses, il serait utile de procéder à une analyse plus précise des protéines sériques par gel 2D SDS-PAGE et de comparer visuellement les cartes des spots obtenus face aux cartes de référence déjà établies ( http.//world-2dpage.expasy.org/swiss-2dpage/ ).  [...]

[Biologie Moléculaire] détection méthylation histone

je cherche une technique qui me permettrai de savoir, de manière globale, quel est l'état de méthylation des lysines des histones. Il existe des Ac spécifiques de chaque lysines, mais c'est trop couteux, si j'achète chaque type d'Ac, alors, comment faire.   [...] si les quantités sont suffisantes j'opterai pour une simplification au maximum de tes échantillons (séparation des protéines nucléaires des cytoplasmiques) puis je ferai un gel d'électrophorèse 2D (la méthylation des lysines doit modifier le pi de la protéine et donc conduire à plusieurs spots), et si donc les quantités sont suffisantes une caractérisation par spectrométrie de masse ms-ms (après découpe du gel, digestion puis extraction des fragments peptidiques du gel, attention à la capacité de la trypsine de réussir à couper ou pas après une lysine méthylée..).  [...]

[Biologie Moléculaire] Prob de compréhension des résultats

When Affymetrix gene expression analysis was carried out on the livers of animals dosed with methapyrilene 351 probe sets were identified out of the 8799 present on the RGU134A chip, which were upregulated (at least 2-fold relative to the control group (P.  [...] Ce que je pense avoir compris c'est qu'on a 351 spots identifiés comme étant Upregulate et 268 downregulate que cela soit pour la dose à50 ou 150 mg/kg/j.  [...]