• Santé - Spectre, Protéine, Question

[Biochimie] sequençage de novo MS/MS

j'ai une question concernant la spectrometrie de masse pour l'identification des protéines. Lorsqu'on on a un spectre de masse d'un fragment d'une protéine (peptide) on peut de temps en temps le comparer avec une base de données pour trouver la protéine correspondante, mais de plus en plus on effectue un sequençade de novo. C'est ce concept que je n'ai pas bien compris.  [...] Cela veut dire, que on effectue à nouveau une MS d'un fragment et après on le compare avec des MS/MS virtuelle qu'on aurait fait sur la base de donnée dans le but cette fois-ci de déterminer la protéine que l'on a.  [...]

[Biotechnologie] spectrometrie de masse

Une protéine étant trop grosse pour être analysé en spectrométrie de masse simple (qui ne fait pas que séparer des molécules quand il est couplé à une HPLC mais qui établi aussi des spectres de fragmentations permettant de déduire la structure de la molécule), on trypsinise la protéine (on la coupe avec une enzyme), on la passe dans un spectrométre de masse qui va fragmenter les peptides en de plus petits fragments, à la sortie il y a un triage des fragments (grâce à une triple quadrupole) et à nouveau leur fragmentation par un deuxième spectromètre de masse pour faire des fragments encore plus petits et qui là vont pouvoir être captés et analysés par ce deuxième spectromètre de masse couplé à un ordinateur pour faire l'analyse du spectre de masse.  [...] je voudrais savoir aussi si le logiciel de comparaison avec une base de donnée utilisait la sequence en acides aminés ou le spectre de masse pour identifier le peptide ou la proteine en question.  [...]

RMN protéine HSQC

J'ai quelques petites questions en rapport avec la RMN de protéine.  [...] - J'ai obtenu un spectre deux dimensions 15N-1H HSQC de ma protéine (je suis actuellement en stage), que puis-je déduire de ça Je sais que ça correspond à l'empreinte de la protéine mais y'a t-il quelque chose à exploiter de ce spectre Faut-il que j'assigne chaque point du dotplot à un acide aminé Si oui comment faire.  [...]

Au secours la RMN va finir par m'achever...

En irradiant la protéine, il y a transfert de saturation vers le ligand impliqué dans l'interaction P+L. au fur et à mesure du temps de saturation, l'échange P+L. =. PL va augmenter le nombre de ligands saturés. ceci va permettre d'obtenir un spectre RMN particulier à la fréquence de résonnance de la protéine (on-résonnance).  [...] guil,juste une petite précision... pourrais tu me dire si à partir de ces spectres, on peut identifier le site de fixation du ligand sur la protéineJe précise. en cours, on nous a montré 2 spectres, 1 de la protéine et un protéine + ligand saturés, et on voit effectivement certains pics correspondant à la protéine seule et donc par déduction les autres pics observés sont ceux du ligand, mais peut on à partir de ces deux enregistrements préciser le site de fixation du ligand sur la protéine.  [...]

HPLC sur des protéines déjà dénaturées

On sépare ainsi facilement l'excès de sonde fluorescente, de la protéine marquée mais, par contre, la séparation protéine native/protéine marquée x fois est mauvaise. On détermine approximativement le taux de greffage par analyse du spectre MS déconvolué.  [...] Je n'utilise pas de SDS car on fait de la MS derrière et cela peut être galère, mais je me méfierais tout de même. L'interaction protéine/SDS est tout de même assez forte. Je ne suis pas sûr que tu l'élimines totalement par simple lavage/dialyse. Il me semble que la méthode standard pour éliminer le SDS est de faire précipiter la protéine dans l'acetone.  [...]

IFITM3, la protéine humaine qui empêche les virus d'entrer

Et si le vieil adage selon lequel on n'est jamais mieux servi que par soi-même s'appliquait aussi à la lutte contre les virus Des chercheurs de la Keck School of Medicine, affiliée à l' University of Southern California, viennent de mettre en évidence que le corps humain dispose lui-même d'un mécanisme capable de bloquer la pénétration virale dans les cellules, par l'intermédiaire d'une protéine. IFITM3. Cela mérite quelques explications.  [...] Si ce mécanisme est connu, les scientifiques tentent de trouver un moyen pour l'empêcher. Ainsi, Jae Jung et ses collègues essaient de comprendre depuis plusieurs années comment le système immunitaire peut s'opposer aux virus. Ils ont déjà pu montrer qu'une protéine spécifique pouvait lancer un signal d'alarme en direction des cellules de l' immunité, en cas de tentative d'intrusion d'un agent pathogène.  [...]

[Biochimie] Dosage des protéines???

si tu es certain de la purété de ta protéine et que tu connais sa séquence, tu peux aussi déterminer la concentration de ta protéine en faisant son spectre d'absorbance 220nm-350 nm sur un spectro.  [...] Connaissant le coefficient d'absorption molaire (si tu ne le connais pas, suffit juste de taper la séquence de ta protéine dans un logiciel accessible sur le net tel protein calculator ), tu peux facilement déterminer la concentration.  [...]

Déterminer état de dimérisation d'une protéine

Dans les techniques courants d'analyse biochimique (je termine un master en chimie, donc mes connaissances dans ce domaine sont limitées) je ne vois pas ce qui pourrait donner cette info... Une SDS dénaturant la protéine ne peut donner cette info. Une masse spectre donne des ions moléculaires, mais dans le cas de protéine les liaisons inter-protéine sont conservées J'ai des doutes.  [...] Il suffit de faire une droite de calibration avec des protéines (monomériques) dont le MW est connu. On met le MW en fonction du temps d'élution et on regarde à quel MW correspond le temps d'élution de notre protéine. On peut alors savoir de quel oligomère il s'agit.  [...]

[Biologie végétale] Quelle fifférence entre l'absorption de chlorophylle et l'absorption de la photosynthèse

Je ne comprends pas bien ta question. La chlorophylle absorbe certaines longueurs d'onde de la lumière visible, c'est son spectre d'absorption. Pour la photosynthèse elle utilise l'énergie que le photon absorbé lui apporte pour entrainer la synthèse de molécules carbonées.  [...] vous avez mal formuler la question car la chlorophylle n'a pas de spectre.. just que il ya deux types de chlorophylle a et b qui absorbent a deux longeur d'ondes différentes,  [...]

Principe cristallographie et diffraction rayon X ; méthode d'étude des protéines

En gros, les protéines cristallisées sont ordonnancée pour toutes être dans une même conformation, et orientées de la même façon. Tu obtiens les cristaux en amenant les protéines en sur saturation (par méthode de la goute suspendue par exemple. tu mets ta protéines dans une goute avec des sels, un réservoir avec une concentration saline plus forte =.  [...] Sous rayons X tu obtiens un spectre de diffraction qui par traitement mathématique permet de remonter à la densité électronique et donc à la structure tridimentionnelle de la protéine.  [...]