• Santé - Sonde, Séquence, Intérêt

[Microbiologie] Hybridation Southern Blot

Vous parlez d'hybridation avec la sonde C'est le principe clef de cette technique. on crée une sonde taggée (avec un radio-isotope ou un fluorophore) qui cible la séquence d'intérêt. La sonde s'hybride avec la séquence cible, on lave le gel de l'excédent de sondes, puis on redarde où s'est hybrider la sonde relativement sur le gel.  [...] a) S'il s'agit d'une variation génétique/ allélique d'un gène séquencé, en designant la sonde selon le gène sauvage, vous aurez tout de même une hybridation hétéroduplex (incomplète/imparfaite), mais pour une détection par SB ça devrait suffir.  [...]

[Biologie Moléculaire] l'hybridation d'une sonde

Une sonde est une séquence d'ADN ou d'ARN qui va se fixer in vitro ou in situ sur sa séquence complémentaire. Cela est utilisé pour différentes techniques comme le Northern Blot pour quantifier une séquence d'intérêt ou comme en hybridation in situ pour déterminer la localisation de cette séquence dans une cellule par exemple.  [...] Une sonde est une séquence d'acides nucléiques qui est complémentaire à un brin d'ADN mono-caténaire que tu souhaites marquer. C'est à dire que les bases nucléiques de la sonde et celle de ton ADN d'intérêt sont complémentaires. (par exemple, chaque fois qu'il y aura un C dans ton ADN, il y aura un G dans ta sonde, et inversement...).  [...]

[Biochimie] Amorces ARN/ADN et Réplication/PCR

Pour la réplication il faut bien une amorce d'ARN synthetisée par une primase, puis l'ADN polymerase prend le relais (elle est malgré cela ADN dependante vu que son brin matrice est de l'ADN ou bien on se refere à la matrice et alors elle est ARN dependante).   [...] Pour ce qui est de la PCR, une sonde qui se fixe en début et en fin de séquence à amplifier est necessaire pour obtenir la séquence spécifique d'intérêt.  [...]

OGM (l'identification du/des gènes intéressant(s))

Si on veut la séquence du gène, on le récupère alors en utilisant la même enzyme de restriction qui a permis de constituer les banques d'ADN et on le séquence.  [...] Pour remonter au gène d'interet, ne serait il pas possible de partir de la protéine, recreer une sequence ARNm en lisant le code génétique à l'envers, et de se servir de cette séquence comme d'une sonde (si on la rend par exemple détéctable par radioA) et d'hybrider cette dernière dans le génome de l'individu que l'on étudie.  [...]

Définition | Oligonucléotide | Futura Santé

les oligonucléotides servent de sondes dans les expériences de Southern blot. par exemple, on peut utiliser des oligonucléotides marqués radioactivement avec du 32 P, et complémentaires d'une séquence d'ADN d'un gène d'intérêt. La sonde sert à isoler le gène recherché dans un mélange de fragments d'ADN.  [...] les oligonucléotides de synthèse servent aussi à la mutagenèse dirigée. pour cela, un oligonucléotide contenant une petite séquence modifiée d'un gène est utilisé comme amorce pour répliquer le gène d'intérêt. L'amorce s' hybride au gène normal et permettra l'insertion d'une mutation dans le gène après réplication.  [...]

[Biotechnologie] Technique de screening

On a à la base une librairie de phage contenant différents morceaux d'ADN. On est intéressé par l'un de ces fragments, dont on connait une partie de la séquence. Donc on réparti tout ça sur un gazon bactérien et on incube. Les phages qui ont infecté des bactéries vont créer des plaques.  [...] Après incubation, on place une membrane en nitrocellulose sur le dessus, en marquant son orientation et ensuite on va essayer de détecter les phages avec des sonde ADN radio-marquées (dirigées contre la séquence d'intérêt). Ainsi, on sait où se trouve notre phage dans notre gazon bactérien et on peut le prélever.  [...]

[Biologie Moléculaire] détection de gènes multicopies

POur le FISH. J'ai du mal a comprendre comment cette technique peut a coup sur te donner le nombre de copies d'une séquence X ou Y présentes dans le génome.  [...] Oulala à coup sûr, je ne m'avancerais pas à dire ça. Déjà parce que ça se saurait et vu la doc qu'il y a dessus sur internet, ça n'a pas vraiment l'air très employé. J'imagine que le coût y est pour quelque chose puisqu'il faut à chaque fois la sonde qui va bien.  [...]

La longueur des télomères, garante de la viabilité des embryons ?

Puisqu'ils sont constitués de séquences d'ADN répétées, aucun gène essentiel n'est perdu. Pourtant, de nombreuses études indiquent le lien entre la diminution de leur longueur et le vieillissement ou le cancer. Le raccourcissement excessif mène d'ailleurs à la mort cellulaire.  [...] Cette technique utilise un morceau d'ADN couplé à une molécule fluorescente. Ces deux partenaires constituent la sonde, déposée sur les cellules d'intérêt. Grâce à la complémentarité de séquences, la sonde peut se fixer sur l'ADN cellulaire. A l'aide d'un laser, il est possible de quantifier précisément le signal fluorescent.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquence validée pour sonde GAPDH

Après de nombreuses recherches dans la littérature scientifique, je n'arrive pas à trouver une séquence de sonde publiée. J'ai de superbes images de Northern GAPDH, mais bien sûr, la séquence n'est jamais donnée dans le matériel et méthodes.  [...] Quelqu'un aurait-il dans ses tiroirs une pub avec une séquence Parrallèlement, je vais continuer à voir les fournisseurs du commerce, mais c'est pas évident non plus (Sigma avait un ADNc contrôle mais qu'il ne produise plus...).  [...]

[Biologie Moléculaire] amorce PCR

Dans ce cas c'est encore plus simple. Une fois que tu as trouvé ta sonde sens dans la séquence, tu sais que ta sonde antisens se trouve 70bp plus loin. Tu compte, et tu trouve la séquence correspondante.  [...] Ton amorce sens est ATTGC, et pour trouver l'amorce antisens, tu compte que le fragment total fasse 70bp, tu te retrouve avec la séquence CGATA, et donc la sonde antisens correspondante est TATCG.  [...]