• Santé - Sonde, ADN, ARNm

Isoler un ARNm

Bon alors le mieux c'est de lyser les cellules par les méthodes classiques, avec en plus un inhibiteur des RNases. Après tu fais une centri (10000rmp pendant 10-15 minutes) pour enlever les membrane et les organites. Après le mieux est de faire agir une DNase après avoir fait agir un dénaturant de protéines (SDS, beta-mercapto,   [...] ..) qui enlèvera les protéines liées à l'ADN pour mieux le dégrader. Avec ce que tu récupère (ARN plus ou moins purs), tu peux ensuite faire un gel dénaturant puis hybrider une sonde spécifique de l'ARNm que tu veux purifier (Northern). Tu auras donc une seule bande si ta sonde est assez spécifique et que tu n'as pas perdu ton ARNm en cours de route (normalement non ).  [...]

[Biochimie] Nucléase S1

il est question en effet de nucléase S1, je me suis renseigné il est dit que cette enzyme dégrade les acides nucléiques simples brin, mais qu'elle ne peut pas détruire les hybrides ADN-ARN.  [...] Selon moi, le S1 mapping commencerait par le marquage d'une sonde d'ADN, puis on dénature pour n'avoir qu'un seul brin d'ADN, et ensuite on va l'hybrider avec une séquence d'ARNm en 5' de celle-ci, puis on utilise la nucléase S1, afin de couper les parties qui ne se sont pas hybridées.  [...]

[Biologie Moléculaire] les puces à ADN

lors de la préparation d'une puce, il est noté que les ADNc (obtenu à partir des ARNm sont marqués, un en rouge et l'autre en vert )dont on veut comparer l'expression sont mélangés et placés sur la matrice d'ADN simple brin déposée (la sonde).  [...] a) Le puits prend une couleur jaunâtre tirant soit vers le rouge, soit vers le vert. L'ARNm du puits est exprimé dans la cellule saine comme dans la cellule cancéreuse, mais dans des proportions différentes selon la couleur vers laquelle tire le jaune.  [...]

Northern Blot

Sachant qu'au départ j'ai une sonde ADN complémentaire à l'ARNm étudié.  [...] Pour le northern-blot, tu fais directement migrer tes ARN purifiés ou non (soit des ARNtotaux, soit des ARN polyA+) sur gel d'agarose. Tu transfert sur une membrane et tu hybrides avec ta sonde.  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique d'hybridation

Tu as ton ARN, tu lui hybrides une amorce ADN (qui peut-être une sonde marquée visualisable sur Northern Blot) et à l'aide d'une ADN polymérase ARN dépendante, tu produis un ADN complémentaire de cet ARN. Donc oui tu peux appeler ça une réaction de transcription inverse je pense.  [...] Si les ARNm sont d'abord séparés par éléctrophorèse et qu'on utilise une sonde ADN marqués monocaténaire, il s'agit alors d'un northern blot qui permet de détecter un ARNm parmi les autres sans réaction de transcription inverse derrière. Northern blot et transcription inverse ne se réalise jamais en même temps.  [...]

Plasmide recombinant

J'ai un petit problème en génétique, alors dans plusieurs exercices on me demande de faire la carte de restriction d'un plasmide, suite une simple et ensuite une double digestion, là c'est bon, mais après quand on me dit qu'on hybride le plasmide recombiné après la double digestion avec une sonde formée par l'ADN copie, alors ici j'arrive même pas à comprendre d'ou provient cet ADN copie, autrement dit il est la copie de quel ARNm au juste et puis on me donne la taille des fragments obtenus (après hybridation) et on demande de trouver la taille du fragment et ou il est placé.  [...] Ton plasmide a été coupé par deux enzymes de restriction différentes, on ligue ensuite un insert. S'il s'agit d'une rétrotranscription d'un ARNm, on parle d'ADN complémentaire et pas d'ADN copie. Pour la compréhension de ton exercice, je pense qu'on s'en fiche de savoir d'où vient cet ADN à liguer.  [...]

[Biologie Moléculaire] Criblage d'une banque d'ADNc

je parlais des fonctions et des intéractions si on veut par exemple savoir quelle sont les protéines qui s'expriment dans X condition on peut le savoir à partie des ARNm marqués dans les deux conditions différemment (a jeûn et nourris, par exemple) et avec une puce à ADN on peut voir les intéractions pareille pour la fonction sauf quand utilise le northern blots(avec la sonde radioactifs).  [...] mais non c'est la combinaison des ADNc issue des ARNm d'un tissu ou cellule humaine avec ADN d'un phage après avoir enlever quelques gènes inutile pour faire de la place pour l'ADNc et ceci avec une digestion par exemple avec ECOR1...c'est la procédure étudier ensuite on infecte des bactérie avec.  [...]

[Biologie Moléculaire] ARN antisens à partir d'un fragment de gène

1) on fait une sonde ARN sens via une transcription localisée sur le fragment, à partir du brin matriciel non codant mais transcrit (pour peu qu'on arrive à limiter la transcription au fragment et pas au delà en aval).  [...] Dans un exon du gène. l'ADN complémentaire provient d'une rétrotranscription d'un ARNm, donc épissé, donc si on veut faire une sonde dans le gène, il faut que celle-ci soit au niveau d'un exon, si elle tombe dans un intron elle pourrait ne pas se retrouver dans l'ARNm et donc dans l'ADNc.  [...]

[Biochimie] Différence entre puce à ADN et sonde à ADN !

Quelle est la différence entre une puce à ADN et sonde à ADN.  [...] Re. Différence entre puce à ADN et sonde à ADN.  [...]

gel shift : hhhheeeeelllp !!!!!!!

g qd même encore une petite question...je sais qu'il faut faire des expériences de compétition sonde chaude/sonde froide pour tester la spécificité de l'interaction ADN/prot... s'il y a des aspécificités, est-ce dû au marquage de la sonde.  [...] je pose cette question car dans le cas de l'utilisation du kit dont je parlais la derneiere fois, on ne peut pas réaliser d'expérineces de compétition car c le gel qui est coloré apres l'electrophorese et il n'y a pas de marquage de sonde d'ADN, donc je ne vois pas pourquoi l'interaction ADN/prot serait non spécifique dans ce cas.  [...]