• Santé - Site, Protéines, Séquences

[Divers] [bibliographie] Bibliothèque de biologie/santé

Site regroupant le génome de plusieurs organismes modèles. Il permet de trouver des séquences (ADN, ARN, proteines), les homologues dans les autres espèces, de faire des blasts, de trouver les séquences en amont ou en aval, et donne également des indications sur la structure des gènes, les epissages, ect.  [...] Site regroupant toutes les informations ayant trait au génome murin (analyse des gènes, des protéines, présentation des modèles mutants existants, bibliographie, photos).  [...]

[Biochimie] Protéine hydrophile ou hydrophobe ?

Je dois comparer ma séquence avec quoi avec d'autres séquences connue via un BLAST sur le site que LXR t'as donner ( mais comme tu connais déjà ta protéines en fait ca n'a pas trop de sens).  [...] La sequence donne un Gravy Index de +0,05, ce qui est plutot eleve pour une proteine soluble. La moyenne pour les protéines solubles doit etre autour de -0,3, donc ca classerait ta protéine parmi les plus hydrophobes que la moyenne bien qu'elle soit très certainement non membranaire.  [...]

[Biologie Moléculaire] Transgene????

mais quand j'ai cherché sur le caractere commun entre eux j'ai trouvé qu'ils doivent avoir des séquences nécéssaire pour leur traduction en proteines recombinantes, c'est séquences là sont site d'initiation et de terminaison de la traduction bien sur,  [...] Ce type de séquence est présent un peu partout, mais il ne suffit pas qu'il y en ait. il faut qu'elles soient bien placées pour que les gènes insérés s'expriment. Elles font partie de la construction.  [...]

[Microbiologie] génome-gène de résistance

org/uniprot/R8AQR8 ). Je ne sais pas si tu connais ce site, c'est un site qui référence les protéines et les gènes présents dans les organismes à partir des séquences et des données que l'on retrouve dans les publications. Le lien que je t'ai mis parle d'une beta-lactamase (gène PLESHI_09469) issue de Plesiomonas shigelloides 302-73.  [...] Là dessus je ne peux pas trop t'aider, je ne connais pas le site ENA (European Nucleotide Archive). Quand à uniprot je m'en servais uniquement pour rechercher des protéines et quelques petites précisions. C'est pour cela, que je te conseillais d'en parler avec ton maître de stage.  [...]

Détection SNP

Donc sa serait l'équivalent d'un sanger fluorescent sauf qu'ici c'est pas la fluorescence des ddNTP qu'on détecte pour avoir la séquence mais la masse des différents ddNTP.  [...] Aprés séquençage par maldi tof les différentes séquences obtenues sont ensuite alignées. Les sites de polymorphisme de séquences sont alors identifiés oui d'accord ba pourquoi utiliser la technique maldi tof (souvent utilisée pour le séquencage des proteines) plutot que la méthode sanger c'est une histoire de sensibilité.  [...]

[Génétique] Intron et exon

Il y a un gros complexe constitué de proteines et d'ARN nommé le spliceosome qui intervient dans l'excision des introns. Ceux ci sont reconnus car a chacunes des jonctions intron/exon il existe des sequences nucleotidiques particulieres reconnues par ce complexe et qui permettent l'epissage.  [...] .. Pourquoi utiliser un système si dangereux plutot que de simplement recopier les différentes séquences pour les proteines ailleurs Sans compter que c'est pas très pratique pour faire évoluer une espèce... En gros, pourquoi l'épissage alternatif existe t'il.  [...]

[biologie moleculaire] Logiciel équivalent à DNA strider sur PC

Est-ce que quelqu'un connait un bon logiciel d'analyse de sequences (ADN et proteines) equivalent a DNA strider (alignements, sites de restrictions, identification dORFs, etc...) mais qui marche avec un PC (DNa strioder ne marche que sur MAc).  [...] Es-ce qu'il est possible d'utiliser gratuitement Vector NTI en tant qu'étudiant réalisant un stage dans un laboratoire ne disposant pas de compte online chez Invitrogen Après avoir créer un compte personel (car j'ai vu que normalement c'est gratuit pour les instituts de recherche public mais le labo dans lequel je suis n'a pas de compte online) invitrogen me facture la licence a 44 €.   [...]

[Génétique] question

Si tu recherches une protéine, le site d'uniprot ( http.//www.uniprot.org/ ) reste celui avec la base de donnée la plus importante. Mais tout est en anglais.  [...] SInon vous avez également Ensembl et Genbank qui vous permettent d'obtenir les séquences de génôme que vous voulez, avec une myriade de fonctionnalités.  [...]

[Biologie Moléculaire] Gène Chevauchant ça veux dire quoi ?

Dans le cas d'un ARNm polycistronique, donc qui code pour plusieurs protéines, les séquences codantes ne sont là aussi pas collées les unes les autres. Il y à entre chaque des séquences dites 5'-UTR ( 5' Untranslated R egion ) et des sites 3'-UTR. Ces sites comprennent le lieu de fixation des ribosomes (la séquence Shine-Dalgarno) et un terminateur de transcription.  [...] Ce sont à proprement parler des séquences non-codantes car leur séquence ne se retrouve pas dans la séquence de la protéine. La protéine est codée à partir du point +1 de transcription, c'est à dire à environs une dizaine de paire de bases du site Shine Dalgarno et se termine quelque part dans le terminateur.  [...]

Affinité des virus influenza A vis-à-vis de l'hôte | Dossier

Les mutations au niveau du gène de la neuraminidase participent à l'adaptation des virus grippaux à de nouveaux hôtes et en conséquence au franchissement de la barrière d'espèces. L'adaptation à un nouvel hôte nécessite néanmoins une compatibilité entre la NA et l'HA, dans la mesure où ces protéines ont des fonctions complémentaires.  [...] Les protéines M. L'analyse des séquences d'acides aminés montre dix régions contenant des acides aminés spécifiques des souches aviaires ou humaines, le nombre de sites différents est plus important pour la protéine M2 (sept sites) que pour la protéine M1 (trois sites).  [...]