• Santé - Site, Génome, Bactéries

[Biologie Moléculaire] Prédiction de coupure d'un génome par des enzymes de restriction

Je me tourne vers la communauté pour savoir si l'un d'entre vous connait un site permettant de prédire le nombre de coupures d'un génome entier de bactéries (4Mb) par des enzymes de resctrictions.  [...] Je viens de tester Webcutter, il n'arrive pas à utiliser le numéro d'accès Genbank de mon génome. Ca risque d'être compliqué de tester gène par gène sans parler de l'interprétation des résultats. Merci quand même, je le garde pour les gènes, il est vraiment complet à ce niveau là.  [...]

Enzymes de restriction

non les enzymes de restrictions coupent l'ADN bactérien, sauf celui de la bactérie qui synthetise naturellement l'enzyme. Cette bactérie peut etre protégée de la digestion soit par méthylation (mais ca ne permet pas de tout expliquer car bcp d'enzymes ne sont pas sensibles a la methylation), soit tout simplement parceque le site n'existe pas dans le génome.  [...] Vu que le génome bactérien est le même pour une espèce bactérienne, la méthylation va se faire sur certaines bases dont l'ordre est spécifique à cette espèce. Alors que pour d'autres espèces bactériennes la méthylation se fera dans un ordre différent. C'est l'emplacement de la méthylation qui change d'une espèce à l'autre et qui permet à l'enzyme de restriction de reconnaître l'ADN de la bactérie qui la (. -l'enzyme de restriction) synthétise.  [...]

nombre de genes minimum

Reprenant la méthode à plus grande échelle, l'équipe de Craig Venter, celle qui vient de séquencer le génome humain, a inactivé un à un tous les gènes de cette même bactérie. Les chercheurs ont alors obtenu un nombre minimum de gènes compris entre 265 et 351.  [...] En conclusion à ces recherches, peut-on effectuer une équivalence entre le génome minimal d'une bactérie et celui des premières cellules apparues au tout début de l'histoire de la vie Le fait est que la plupart des gènes minimaux dénombrés chez les bactéries possèdent des équivalences chez les eucaryotes (dont nous faisons partie) et les archaebactéries, c'est-à-dire la globalité des êtres vivants.  [...]

[Biologie Moléculaire] technique d'hybridation moléculaire

j'ai réalisé une hybridation moléculaire avec des sonde 16S et des sonde spécifiques d'un gène avec les fragments d'ADN d'une souche bactérienne.Le profil d'hybridation avec la sonde spécifique du gène m'a donné une seule bande de taille 2 megabases. Mon prof ma dit qu'elle correspond à un mini-chromosome.  [...] Lors de la conjugaison entre deux bactéries, il se peut que si la partie du génome viral de la cellule donneuse qui ai été transféré dans la cellule receveuse possède des sites de liaisons à l'ADN de cette dernière, les deux séquences d'ADN s'échangent. L'ADN viral de la bactérie receveuse qui ne se trouve plus sur le génome de celle-ci va être vite dégradé.  [...]

[Microbiologie] la recombinaison bacterienne

.. Pendant le cycle lytique le génome bactérien est dégradé en petit morceau. Au moment de l'encapsidation des virions, des morceaux d'ADN bactérien vont être empaquetés dans la capside en même temps que le génome du phage. Après il ne faut pas que le génome bactérien empaqueté n'excède plus de 5 % car sinon le virion ne serait plus viable.  [...] - Le phage s'excise anormalement où il va intégrer une l'un des 2 gènes entourant les sites d'attachement soit gal soit bio dans son génome et va laisser une partie de son génome dans celui de la bactérie. Tu as donc des phages transducteurs qui n'est plus capable de s'intégrer dans le génome bactérien.  [...]

Microbiote : près de 2.000 nouvelles espèces de bactéries découvertes

Des chercheurs britanniques ont reconstruit le génome de bactéries du microbiote grâce à des méthodes informatiques. Ils ont ainsi découvert dans l'intestin humain près de 2.000 nouvelles espèces de bactéries qui n'avaient pas encore été cultivées en laboratoire.  [...] Des chercheurs britanniques ont utilisé des outils informatiques pour reconstruire le génome de bactéries du microbiote intestinal humain.  [...]

[Microbiologie] bactérie

le bactériophage est un virus qui infecte uniquement les bactéries, il a la capacité (pas toujours) d'intégrer son génome dans celui de la bactérie hôte.  [...] Mais ce sont effectivement des entités capables d'infecter, tuer des bactéries, intégrer leur génome en partie ou intégralement.  [...]

Biologie synthétique : une mémoire réinscriptible encodée dans l'ADN

Les bactériophages sont des virus qui infectent les bactéries et intègrent leur ADN dans celui de leur hôte. Ils disposent donc des enzymes nécessaires pour insérer leur génome dans le chromosome bactérien. Les chercheurs ont profité de ces propriétés. Anna Tanczos, Wellcome Images, Flickr, cc by nc nd 2.0.  [...] Dans cette expérience, un brin d'ADN possède à chacune de ses extrémités des séquences nucléotidiques particulières, reconnues par des enzymes appelées recombinases, issues d'un bactériophage, un virus qui comme son nom l'indique infecte des bactéries. Ces recombinases clivent l' ADN, le retourne et le replace à l'envers sur le chromosome.  [...]

[Microbiologie] Qu'est ce qu'une bactérie?

J'aurais dit pareil Quant à la notion d'espèce et de souche, si elle peut être pratique, elle s'applique assez mal. Mon prof de microbio nous avait dit qu'on pouvait à la limite considérer l'ensemble des bactéries comme un super-organisme mondial partageant potentiellement le même génome.  [...] La fameuse théorie du métagénome... puique les bactéries réagissent les unes aux autres, on peut presque dire que le gène de l'une va activer le gène de l'autre. Oui mais dans ce cas, pourquoi se limiter aux bactéries. Après tout, la découverte par notre système immunitaire d'une bactérie va déclencher des mécanismes.  [...]

Après le Human Genome Project, voici le Bacteria Genome Project

Reprenant le principe du Human Genome Project, le Joint Genome Institute (JGI) du Département de l'Energie et la compagnie de biotechnologie Diversa Corp. viennent d'annoncer leur intention de séquencer les gènes de dizaines de bactéries représentatives d'un large spectre d'écosystèmes.  [...] La société Diversa fournira l' ADN des bactéries qu'elle a collecté durant ces neuf dernières années tandis que le JGI utilisera les laboratoires du Human Genome Project pour décrypter les génomes.  [...]