• Santé - Séquences, Amorces, Inverse

[Biologie Moléculaire] Role des héxamères

Voila je suis étudiante, et dans mes cours de biologie, je cherche à savoir que sont les hexamères et quels sont leurs roles lors d'une RT-PCR.   [...] Ce sont sans doute des petites séquences de six nucléotides qui vont servir d'amorces pour la transcriptase inverse.  [...]

Le diagnostic de la grippe aviaire | Dossier

2001 25 ) (Ellis and Zambon 2001 33 ). Les résultats sont disponibles en quelques heures. Elle utilise la transcription inverse de l' acide ribonucléique (ARN) viral en ADN complémentaire ( ADNc ). Elle requiert une paire d'amorces oligonucléotidiques. les amorces sont basées sur les séquences connues de la protéine HA et N1 des virus influenza A et permettent d'amplifier spécifiquement un sous-type.  [...] ou des séquences des gènes M, H5 et N1 en seul passage (single set). les amorces sont sélectionnées à partir de 75 séquences conservées répertoriées du gène de la protéine M et de 50 régions invariables connues, spécifiques des gènes H5 et N1(Amonsin, Payungporn et al. 2005 6 ).  [...]

[Biologie Moléculaire] inverse PCR

L'inverse PCR est utilisée pour amplifier l'ADN avec une seule séquence connue... Et oui car pour une PCR classique tu as besoin de 2 amorces.  [...] Et on utilise pas de plasmide... Ce que tu peux confondre avec un plasmide n'est qu'une séquence d'ADN génomique qui s'est refermée sur elle-même... (une des étapes de l'inverse PCR).  [...]

[Biotechnologie] Que veut dire ... ?

on amplifie le fragment par PCR en ajoutant des séquences AgeI et NcoI dans les amorces, ce qui permet après digestion du produit de PCR (et du vecteur) par ces amorces de le cloner.  [...] Seulement j'ai un peu de mal à comprendre une chose, comment des amorces peuvent digérer le produit de la PCR Puisqu'on intègre les séquences de AgeI et NcoI (et pas les enzymes elles-mêmes).  [...]

[Biologie Moléculaire] A Propos De BioEdit !

Je Voulais savoir comment pourrais-je visualiser les sites d'hybridation des amorces après alignement des séquences grâce au logiciel Bioedit.  [...] Si j'ai bien compris ce que tu demandes, il te suffit d'aligner la séquences de tes amorces (ou le reverse complément) avec les séquences et tu auras le site d'hybridation.  [...]

[Biochimie] contrôle interne pcr

Dans la colonne du contrôle positif, j'ai deux bandes. celle du contrôle interne (157 bp) et celle du contrôle positif(284 bp ). C'est là que je comprends pas bien, est ce que le gène (inv A) des salmonnelles a la même taille que la séquence de l'adn du contrôle positif reconnue par les primers.  [...] Théoriquement, oui. On en revient à un problème de stats, les amorces puis la Taq auront plus de chance de s'hybrider puis d'amplifer votre témoin interne que votre séquence d'intérêt. Et suivant le principe de la PCR, cela ne va pas en s'arrangeant Mais l'inverse est aussi vrai.  [...]

sujet pour programmation bio informatique

Le but est de donner au programme un fichier fasta (encore) et le logiciel determine les meilleurs amorces possibles pour une ampification PCR (en fonction de taille optimale, GC pourcent, calcul de la température qu'il sera nécessaire d'utiliser pour l'hybridation, le pourcentge d'homologie entre les séquences si il s'agit d'amorces dégénérées et donc réalisées a partir de plusieurs séquences, la position de l'amorce dans le gène) et enregistrer les différentes possibilitées d'amorces et leurs caracteristiques dans un fichier.  [...] Merci pour toutes ces infos, compte tenu de ces elements le sujet proposé par @minushabens me semble plus adapté. Mais je vais garder sous le coude l'alignement de séquences et la détermination d'amorces pour m'initier au domaine dès que j'aurai l'occasion.  [...]

[Génétique] désignaion d'amorces pour une qpcr

dans ce cas, si c'est vraiment infaisable (faut aligner toutes les séquences pour voir si on a quelques chances de poser des amorces) on peut faire des PCR multiplex (avec des pools d'amorces) mais la mise au point est du coup beaucoup plus complexe (notamment l'efficacité a prendre en compte).  [...] en fait j'ai fait l'alignement des séquences nucléotidiques que j'ai identifiées par des PCR et j'ai trouvé que certains sites pourraient correspondre à des A ou des T ou à des G ou des C donc je me suis proposée de faire des amorces dégénérées avec des W ou des S avec un meme Tm pour toutes les amorces (60°C).  [...]

PCR et RT-PCR

Pour donner un exemple, si on veut amplifier des ARNm, on peut utiliser une amorce poly-T qui va venir s'hybrider sur la queue poly-A des ARNm. L'enzyme RT va ensuite allonger cette amorce et synthétiser l'ADNc (attention, il me semble qu'on parle d'ADNc uniquement quand il s'agit d'ADN obtenu par transcription inverse).  [...] 3°) Une PCR classique nécessitera au moins 2 amorces (toujours par couples d'amorces), alors que la RT-PCR nécessite 1 amorce pour la transcription inverse, puis les amorces de la PCR effectuée sur l'ADNc.  [...]

[Biologie Moléculaire] Design de primer pour qRT-PCR sybr green

Perso quand je designe des amorces, je fais d'abord un alignement de séquences, avec des séquences de ce que je veux amplifier et des séquences suceptibles de se trouver en compétition dans mon échantillon, et je cherche des zones avec des séquences différentes.  [...] Vous entrez la référence NI de votre gène, vous choisissez la taille de l'amplicon (entre 100 et 300 pb), vous cochez l'option les primers sont séparés par au moins un exon (très important pour la qPCR). Vous choisissez l'organisme et c'est parti. Le programme cherche la séquence et repère les exons et les introns, envoie le transcrit dans primer3.  [...]