• Santé - Séquence, Référence, Protéine, Plasmide

Alignement séquence (Bioinformatique)

Dans notre labo, nous avons commencé à faire du séquencage de protéines. Nous recevons les données et nous les alignons avec une séquence de référence dans NCBI pour savoir si notre protéine est bien présente dans notre plasmide. Le séquencage n'est jamais parfait alors, lorsque je fais ces alignement jobtiens pleins de fragment des séquences homologue.  [...] J'aimerais savoir s'il y aurait un logiciel capable de relier tous ces fragments afin d'avoir une seule séquence de ma protéine. Présentement je le faismanuellement et c'est très long.  [...]

Transfection plasmide gateway et faible expression proteique

Je veux transfecter des Hek293T, j'ai essayer différents kit d'extraction du plasmide, vérifié la sequence du vecteur et de ma protéine, verifié la concentration d'ADN, testé plusieurs concentrations... je ne sais pas quoi faire d'autre.  [...] Oui séquence de la protéine est ok dans son intégralité... On essaye en ce moment de couper et lié le bout contenant la mutation... pas vraiment un bon taux de succès mais j'espère que ça marchera.  [...]

[Biologie Moléculaire] cDNA et TAG quelle relation?

j'ai cherché sur la relation entre les séquences TAG et la cDNA, j' ai trouvé que la séquence TAG est une court séquence de cDNA qui est transcrit à partir de plasmide,  [...] et pour le plasmide pTTQ18 on dit que c'est un plasmide qui ne présente pas de cDNA,et pour ça on peut pas purifié le protéine recombinante qui en résulte par chromatographie d'affinité on utilisons le protéine de fusion issu de la traduction de la sequence TAG. est ce que c'est juste.  [...]

Protéine dépendante d'ions pour une oxydation chez E.Coli

Je cherche une protéine ( si possible dont la séquence est déjà clonée dans un plasmide d'expression chez E.Coli ), qui puisse effectuer une oxydation mais seulement en présence d'un certain seuil de concentration en Ions ( Na+, Cl-, Ca2+ etc ).  [...] Pour le cout je cherche une protéine qui ne puisse transférer des e- qu'en présence ( ou absence ) des ions cités ci dessus sauf les protons.  [...]

[Biologie Cellulaire] Dominant négatif

bonjour tout le monde, est ce que quelqu'un peut m'expliquer comment ça marche concrètement une expérience de dominant négatif j'ai ma lignée cellulaire ou je veux éteindre ma protéine, je les transfecte à l'aide d'un plasmide contenant la séquence mutée et je la trouve ou cette séquence et le plasmide ça s'achète ma question est peut être bête mais je n'ai jamais fais ça alors j'ai besoin d'éclaircicements, merci.  [...] Où trouver un dominant négatif Soit il est déja caractérisé dans la littérature, auquel cas tu peux contacter le labo qui a publié pour avoir le plasmide, ou bien il est commercialisé, sinon, il faut le faire. La ce sera de la mutagénèse dirigée, mais concernant le site à muter, cela dépend de la fonction de ta protéine que tu souhaites éteindre.  [...]

Pourquoi utiliser le vecteur pH6EX3 pour faire du clonage moléculaire?

Dans une séance de laboratoire, on a utilisé le vecteur pH6EX3 pour y insérer un gène qui code pour la protéine BIP, pour transférer tout ça dans des bactéries E.coli. Je me demandais pourquoi on a utilisé ce verteur et pas un autre.  [...] peut être parce que ce plasmide permet de tagger l'insert avec un 6His. En fait cela permet de produire une protéine de fusion constituée de la séquence codée par l'insert et du tag 6xHis, tag qui peut être utilisé ensuite pour de la purification sur colonnes style NiNta, pratique pour avoir un peptide pur (ou presque).  [...]

[Biochimie] Travaux pratiques de biochimie des systemes integrés urgents

Décrit nous le matériel à ta disposition, une fois fait il existe de nombreuses expériences... notamment un marquage de protéine par anticorps marqués qui sont suivit au court du temps par microscopie optique (ça permet de montrer la dynamique membranaire avec des méthodes d'extinction ou autres.).  [...] En général juste pour la fluorescence tu transfecte la cellule avec un plasmide contenant la protéine d'interet suivie de la GFP (ou EGFP pour les eucaryotes je pense) Il s'agit d'une construction à faire à l'aide par exemple d'un plasmide EGFP dans lequel tu insères ta séquence d'interet (mais les manips sont longues, il faut compter un mois au moins).  [...]

[Biologie Moléculaire] pcr comment commencer

Je suis cencer realiser une transfection pour obtenir la secretion d'une proteine par des cellules H4. Parallelement on me demande de realiser des primers correspondant a la sequence en acides nucleique de cette proteine donc.  [...] Il s'agit apparement d'une expérience de clonage. Tu vas designer des primers afin d'amplifier la séquence génomique ou ADNc de ta protéine. Tu vas donc effectuer ta pcr sur le tissu qui exprime ta protéine. Une fois que tu as ta séquence amplifiée tu vas la cloner dans un plasmide.  [...]

[Biologie Moléculaire] pCMX vecteur

Merci, j'avais bien trouvé cette carte mais pas de séquence complète. La référence explique comment le plasmide a été construit à partir de CDN8. A partir de là je peu reconstituer la séquence mais que de temps perdu.  [...] C'est le problème de la sous-traitance. Certains sous-traite leur travail (le clonage en particulier) et ne demandent pas les caractéristiques du plasmide du moment ou ils possèdent leur gène d'intéret dans un vecteur d'expression.  [...]

TP sur les plasmides

Après avoir réalisé une courbe étalon (graçe au poids moléculaire de référence), on a déterminer la taille de nos fragments expérimentaux. On compare ces tailles en bp (paire de bases) aux fragments de référence, et on dit que si au moins 3 fragments expérimentaux ressemblent à 3 fragments de référence, alors on a à faire au même plasmide.  [...] Les villes A et B présentent les mêmes plasmides, et ces plasmides sont identiques au plasmide de référence. Les diarrhées sont donc causées par E. coli et plus précisement par le plasmide afa-3.  [...]