• Santé - Séquence, Protéine, Question

[Biochimie] conversion fasta/PDB

juste pour preciser. Vous ne pouvez pas convertir un fichier fasta en fichier pdb. Les informations ne sont pas du tout les mêmes. Le fichier fasta vous donne pour chaque identifiant une séquence linéaire de nucléotides ou d'AA. Les fichiers pdb renseignent essentiellement, pour une protéine donnée, sur la position de chaque atome dans la structure de cette protéine.  [...] Si vous avez juste la séquence et pas l'identifiant du gène/de la protéine en question, vous pouvez faire une recherche avancée sur le site de la PDB ( http.//www.rcsb.org/pdb/search/advSearch.do ) en copiant la séquence dans le champ adéquat. Un blast ira chercher les fichiers PDB qui correspondent à votre séquence.  [...]

[Biologie Cellulaire] Dominant négatif

bonjour tout le monde, est ce que quelqu'un peut m'expliquer comment ça marche concrètement une expérience de dominant négatif j'ai ma lignée cellulaire ou je veux éteindre ma protéine, je les transfecte à l'aide d'un plasmide contenant la séquence mutée et je la trouve ou cette séquence et le plasmide ça s'achète ma question est peut être bête mais je n'ai jamais fais ça alors j'ai besoin d'éclaircicements, merci.  [...] Pour le déroulement exacte d'une manip, tout dépend de la protéine que tu étudies (voie de signalisation, transcription, structure, etc...).  [...]

Sécrétion >< Translocation

Nan c'est toi qui répond a coté pour le coup, il est question ici de translocation de proteines...De base on utilise le terme pour le transport intracellulaire de protéines. Ca correspond au changement de location de la protéine par transport a travers une membrane (par des pores specifiques de l'organelle dans laquelle la proteine vas entrer apres reconnaissance d'une sequence d'adressage) on peut parler de translocation vers le noyaux, le RE, la mitochondrie.  [...] Apparemment certain parle de translocation extracellulaire pour expliquer certain mécanisme de sécrétion de protéines alors j'ai rien dis. Mais dans ce cas la une secretion peut se faire par translocation serait plus la reponse a apporté a ta question.  [...]

Pourquoi les galactomannanes sont-ils acaloriques?

Et autre petite question, on me demande, pour une même séquence en acides aminés, si le caractère hydrophile est plus marqué pour une protéine non glycosylée ou pour une glycoprotéine. j'ai envie de dire que ça dépend des aa considérés, puisque certains ont un radical polaire, d'autres non.  [...] .mais peut-être que dans tous les cas, de part les nombreuses fonctions OH, un ose sera toujours plus hydrophile que la chaîne polaire d'un aa.   [...]

[Biochimie] Hélice Alpha

Prenon un autre exemple, les lipophorines qui sont des protéines de transport d'acide gras chez les insectes. C'est aussi constitué d'hélices qui forment un tonneau créant un environnement hydrophobes propice aux acides gras. Si cette protéine était constitué que d'une seule hélice, elle n'aurait pas eu cette fonction.  [...] En fait VilCrocrotte tu expliques que c'est une question de fonction mais je ne suis pas tout à fait d'accord avec toi. ce n'est pas la fonction qui donne sa forme à la protéine, mais plutôt sa séquence primaire, qui ensuite déterminera sa fonction.  [...]

[Biochimie] transcription

Même question posée différemment.TATA porte les facteurs d'initiation de transcription (TFIID) qui eux même porte l'ARN poly II. Celle-ci lirait donc le brin sens... or par hypothèse la matrice est antisens.  [...] La boite TATA est aussi bien une sequence de Nucléotide TATA que ATAT ou même ATTA. Donc que ton brin sois sens ou antisens le resultat est le même et recrutera bien tout les facteurs et proteine nécéssaire pour amorcer la transcription si j'ai bien compris ta question.  [...]

[Biochimie] Immunoblotting, anticorps

En résumé de l'article. on sait que c'est une protéine transmembranaire, on a sa séquence donc on sait aussi qu'il y a 7 cystéines. Comme souvent dans les enzymes les cystéines ont un rôle important, le but de l'article est de le vérifier dans cette enzyme en particulier.  [...] d' ou ma question. connais tu une technique pour vérifier que la cysteine est bien proche du site actif, sachant qu on connait La séquence de la protéine mais pas sa structure 3D.  [...]

repérer le brin transcrit

Pour la séquence MHAGMNRLITV, je me base tout simplement sur le code génétique. ATG=M, etc. Un polypeptide, c'est une succession d'acides aminés formant une molécule. Un polypeptide, c'est une protéine. (j'ai jamais compris la subtilité de signification entre polypeptide et protéine, mais c'est kif-kif à l'usage ).  [...] Pour ta deuxieme question snyfir, ananda ta répondu en te donnant la sequence de ta protéine (elle t'a meme donné 11 acide amines ).  [...]

Question : analyser une protéine

Attention qu'analyser la séquence primaire d'une protéine ne permet pas nécessairement d'en déduire sa séquence nucléotidique correspondante. l'expression des gènes va impliquer d'une part un épissage et une maturation de transcrits ARN, mais également, pour chaque peptide correspond un jeu de codons ARN quelque peu différents.  [...] à vrais dire j'ai posté une autre question sur le forum où je demandais comment analyser une protéine responsable d'une réaction dans un anabolisme (bon il n'y a pas encore eu de réponses haha). Du-coup après avoir analysé cette protéine je voulais le cheminement pour déterminer quel séquence d'ADN la codait.  [...]

tripeptides?gene et ARN?

Oui car c'est le gène qui a codé pour la protéine et donc la séquence nucléotidique du gène est caractéristique de la protéine, donc il y acomplémentarité avec l'autre brin.  [...] ...puisque que la séquence brute de la protéine n'est pas concernée de façon directe, par les codons START et STOP...CAR ELLE N'EST PAS INSEREE DANS L'ARN (je parle de la question 2)).  [...]