• Santé - Séquence, Peptides, Protéine

[Biologie Moléculaire] Criblage d'une banque d'ADNc

Comment est-ce que tu fais pour trouver la séquence précise d'un gène à partir d'une protéine sinon Je doute fortement qu'on soit capables de produire les doigts dans le nez des anticorps contre n'importe quelle protéine (et à condition d'avoir déjà produit la protéine, ce qui est loin d'être une mince affaire...).  [...] ps. le minimum d'information à partir de la protéine c'est de faire une fragmentation en peptides puis avoir la séquence de ces derniers et créer des oligonucléotides(qui nous aide pour le criblage) ou bien simplement par injection de cette protéine dans un lapin et avoir des anti-corps(pour le criblage).  [...]

[Biochimie] Méthode d'études AA et protéines

Ces peptides peuvent ensuite être séquencés par spectrométrie de masse ( http.//www.icsn.cnrs-gif.fr/article.php3id_article=93 ) ou encore par la méthode historique (et de référence) d'Edman ( http.//ead.univ-angers.fr/~jaspard/P...etermSeqAA.htm ), qui a le désavantage d'être laborieuse.  [...] En fait, grâce aux hydrolases par exemple, dont tu connais les sites de coupures, tu vas pouvoir générer différents peptides à partir de la même protéine. Après le séquençage de ces différents peptides, tu vas pouvoir recouper les informations car certains peptides vont se chevaucher. Tu obtiendras ainsi ta séquence primaire.  [...]

[Biochimie] Acide Aminé

En fait je suppose qu'ils recherchent l'épitope d'une protéine reconnu par ton IgE. Donc ils synthétisent des peptides de 10 acides aminés ici (c'est bien ça ) qui recouvrent toute la séquence de ta protéine (ou plutôt ici une région de ta protéine vu que ça semble être une étape d'affinage non ).  [...] Et deux peptides qui se suivent se chevauchent vu qu'ils partagent 9 acides aminés en commun ( nine amino acids overlap ), et on passe d'un peptide au suivant en décalant la séquence d'un acide aminé ( one amino acid offset ).  [...]

séquençage des protéines

et bien justement je n'arrive pas bien à cerner la notion de mon cours car en fait on a mis en opposition la méthode de Sanger et la méthode d'Edman en disant que l'avantage d'utiliser la deuxième c'est qu'elle pouvait être utilisé pour pouvoir séquencer des peptides entiers sans interruption de la séquence contrairement à la méthode de Sanger et j'aimerai comprendre pourquoi, je ne sais pas si c'est assez clair.  [...] Bon, en fait la méthode d'Edman, (qui est détaillée sur ce lien), a l'avantage d'être très efficace sur des peptides, mais sur une chaine polypeptidique d'une protéine, plus la séquence est longue, plus vite tu atteints le phénomène de bruit de fond qui rend la lecture des résultats nulle sur le chromatogramme.  [...]

[Immunologie] les cellules B dependent des lymphocytes T helper

ca ne repond pas exactement à ta question mais pour un CMH donné il y a un choix limité de peptides disponibles. Cela est du à la conformation de la poche peptidique qui détermine notamment la présence de d'acides aminés d'ancrage.  [...] Par exemple, pour le CMH DR2, la séquence fera de 7 à 9 aa avec un aa basique en position 2 et un aromatique en 7. Ces conditions font qu'un nombre restreint de peptides issus d'une meme protéine puisse être présenté.  [...]

[Biochimie] séquençage d'une proteine

Ici, je suppose qu'il s'agit de l'identification d'une protéine. Donc, pour commencer, ils digèrent la protéine avec différentes protéases, ce qui génère plusieurs peptides. Ces peptides sont ensuites séparés par HPLC, où la colonne est couverte de chaînes de carbone (C18 ici).  [...] Bien sûr, il faudra faire ceci avec au moins deux endopeptidase, et analyser tous les peptides de cette façon. Pour pouvoir ensuite assembler les séquences de tes peptides pour connaitre la séquence entière de ta protéine.  [...]

[Biotechnologie] Maldi-tof ms

bonjour tout le monde, pourquoi on ne peut realiser un PMF ( empreinte peptidique massique) que lorsque le génome est complétement identifié.  [...] Pour faire de l'identification de proteine en partant d'une partie des peptides de cette proteine (ce qui est fait en sequençage proteique) il faut avoir un patron contre lequel aligner les peptides identifiés, i.e un génome.  [...]

Le Lait de vache : véritable poison ?

La dégradation des protéines n'est certainement pas totale dans l'estomac. Si un certain nombre sont dénaturées par l'acidité avec perte des caractéristiques de repliement pour permettre l'attaque enzymatique, toutes ne sont pas aussi sensibles. Pour citer un exemple que je connais assez, l'interleukine-2 (qui n'est pas vraiment une protéine alimentaire courante je le concède bien volontiers) supporte très très bien un séjour à pH très acide (0.  [...] Une protéine qui a commencé à être digérée en peptides peut avoir de nouvelles activités biologiques liées à ces peptides avec liaison possible à des récepteurs spécifiques. (Penser à la POMC et aux différentes hormones peptidiques qui résultent de son découpage).  [...]

[Divers] Peptides bioactifs !

Les peptides bioactifs sont des séquences définies d'acides aminés qui sont inactives au sein de leur protéine d'origine, mais qui présentent des propriétés particulières une fois libérées par action enzymatique. On les appelle aussi peptides fonctionnels.  [...] Ces peptides bioactifs sont capables d'exercer, entre autres, un effet sur le système digestif, les défenses de l'organisme (par exemple, un effet antimicrobien ou immunomodulateur), le système cardiovasculaire (notamment un effet antithrombotique ou antihypertenseur), et/ou le système nerveux (tel qu'un effet sédatif et analgésique de type opioïde).  [...]

Articles importants dans Nature, Science ou Cell - Page 5

Large-scale analysis directly at the protein level holds the promise of uncovering features not apparent or present at the gene level [1-3]. Although mass spectrometry (MS)-based proteomics can now identify and quantify thousands of cellular proteins in large-scale proteomics experiments, much of the peptide information contained in these experiments remains unassigned [4].  [...] In the high-resolution MS analysis of histone H1 and HMG protein fractions isolated from human cells, we discovered peptides that mapped upstream of the known translation start sites of these genes. No alternative upstream start site exists in the genome, but analysis of Expressed Sequence Tag (EST) databases revealed that these N-terminally extended (ET) proteins are due to in-frame translation of the 5' untranslated region (5'UTR) sequences of the transcripts.  [...]