• Santé - Séquence, Génome, Référence

Variation/mutation

Dans mon cours, on définit la variation comme ''la différence entre la séquence d'un génome de référence et la séquence d'un individu de la même espèce''. Je sais que tout les individus d'une espèce présentent normalement les mêmes gènes (et donc le même génome), mais on diffère tous par nos allèles non Et je pensais que les allèles A et B d'un même gène différait dans leurs constitutions nucléotidiques.  [...] C'est un assemblage de génomes d'un groupe de personnes volontaires qui permet de reconstituer un génome haploïde qu'on définit comme référence. Il n'a pas de sens biologique (il ne correspond pas au génome d'une personne en particulier) il sert simplement d'outil, ou de carte sur laquelle on peut annoter toutes les informations qu'on a accumulées à force de séquencer des génomes et des transcriptomes.  [...]

[Biologie Moléculaire] transcriptase inverse

Bonjour, j'étudie la génie génétique qui reste encore très flou pour moi. La notion de transcriptase inverse indique donc qu'on prend un ARN connu, qui va devenir en ADNc qui va pouvoir s'hybrider avec la séquence d'ADN qu'on cherche.  [...] Peut-être que vous avez confondu 'hybridation avec alignement, ou alors je ne connais pas cette technique. Si vous faites allusion au RNA-seq, une fois que l'on a obtenu le premier ADNc, il est fragmenté, des adaptateurs pour amorces de PCR et de séquençage sont ligués aux extrémités, puis il est séquencé et aligné sur le génome de référence.  [...]

[Génétique] Génome humain: 22000, 24000, 25000 gènes ?

The completion of the human genome sequence has not led to the creation of a complete human transcript reference set, the transcriptome. The genome sequence provides the data necessary to determine the number of genes, but not the number of transcripts that differ due to post-transcriptional alternative splicing.  [...] Secondly, despite all efforts, current technology is not able to sequence through 252 gaps in the genome representing approximately 37.2 million bp of euchromatic sequence (gene-rich regions). With an average gene size of 10-15kb and intergenic distance of 25-30kb, these gaps could easily produce another 1500 genes and gene variants.  [...]

[Biotechnologie] contamination echantillon adn

m'intéressant à la cryptozoologie, j'ai lu un article anglais sur le sasquatch (big foot) concernant une analyse D'ADN issue de poils ayant un résultat laissant penser qu'il y à eu mélange de deux adn distincts. une experte en analyse ADN prêtant que si l'analyse ADN provenait de deux ADN distinct elle l'aurait détectée.   [...] Je pense que c'est possible de détecter un mélange d'ADN mais que la méthode pour y parvenir dépend de la proximité entre les organismes suspectés et aussi du fait que leur génome a été séquencé ou pas. Là tu parles d'un organisme inconnu (qui n'existe pas) donc il n'y a pas de génome de référence.  [...]

Amplifier séquence cible cDNA

Je dois donc designer mes amorces du gène X. Le problème c'est de chercher ma séquence cible. Si j'utilise NCBI et fasta je me retrouve avec les sequences entières (intron + exon) de plusieurs milliers de nucléotides et j'avoue que je suis un peu perdu.  [...] mRNA est en fait la séquence du cDNA, mais en utilisant la référence au lieu de la séquence brute, primer-blast connait l'emplacement des jonctions exon/exon (petite astuce du jour).  [...]

En images : ils coupent de l'ADN grâce à CRISPR !

CRISPR-Cas9 est une technique de génie génétique employée pour modifier facilement le génome d'êtres vivants. Le terme CRISPR (pour Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats ) fait référence à des séquences d' ADN trouvées dans des bactéries qui contiennent des fragments d'ADN de virus ayant infecté celles-ci.  [...] Enfin, les chercheurs ont visualisé la dynamique du processus de clivage, comme on peut le visualiser ci-dessus. Ces résultats permettent de mieux comprendre le fonctionnement de l' édition génomique. D'après les chercheurs, cette étude fournit des détails sans précédent sur la dynamique fonctionnelle de CRISPR-Cas9.  [...]

définition d'une séquence en biologie

Le mot séquence peut faire référence à séquence protéique, séquence d'ADN (entendez séquence des bases d'ADN puriques ou pyrimidines), séquence d'ARN (l'uracile remplace la thymine dans le séquençage), ou alors séquence au niveau d'un fichier texte contenant la séquence d'une molécule biologique (branche de la bio-informatique).  [...] Merci pour vos réponses je voulais savoir une dernière chose. que se passe t-il pour la séquence du brin droit de l'ADN En quoi elle est différente de l'autre brin.  [...]

[Génétique] Intron et exon

Heu... non. En fait, c'est une idée que j'ai émise, et qui me semble pas si bête. Imaginons deux proteines ayant certaines de leurs partie similaires et issues de gènes A et B différents. Pourquoi coder plusieurs fois pour la même partie Il suffirait pour le gène A, par exemple, de faire référence à une séquence contenue sur le gène B au lieu d'avoir la même séquence.  [...] Imaginons deux proteines ayant certaines de leurs partie similaires et issues de gènes A et B différents. Pourquoi coder plusieurs fois pour la même partie Il suffirait pour le gène A, par exemple, de faire référence à une séquence contenue sur le gène B au lieu d'avoir la même séquence.  [...]

Y a-t-il une différence entre un spécimen ogm et un non ogm ?

Peut-on produire un OGM (bactérien, animal ou végétal) issu de transgénèse (donc j'exclus l'insertion d'InDel) de façon à ce qu'il soit impossible, sans séquence de référence, d'identifier cet organisme (ou sa descendance) comme issu du génie génétique.  [...] Concernant CRISPR, à la limite (et toujours sans séquence de référence), la seule chose qui pourrait mettre la puce à l'oreille, c'est la proximité d'un site PAM.  [...]

NGS (ex:illumina) : qu'est-ce qui limite la profondeur?

Je me posais cette petite question concernant la profondeur. Alors tout d'abord, puisque j'ai l'impression que profondeur et couverture sont souvent utilisées comme synonymes, je précise que pour moi, la profondeur fait référence au nombre de reads pour chaque position, tandis que la couverture fait référence au pourcentage de régions d'intérêt effectivement séquencée s.  [...] Donc si une position donnée sur le génome se retrouve séquencée sur plusieurs clusters de la puce (car présente sur plusieurs fragments), le nombre de reads fait il uniquement référence au nombre de clusters pour lesquels cette position est séquencée, ou est-ce que ça dépend également du nombre de run.  [...]