• Santé - Séquence, Espèces, Bactérie

séquence consensus

A mon avis Solène veut parler de la séquence d'initiation de la réplication OriC qui est globalement conservée chez les Bactéries. Cette séquence est assez longue (250 paires de base) et contient des motifs qui sont spécifiquement reconnus par la protéine DnaA qui initie la réplication.  [...] Il y aussi dans cette région du génome des motifs palindromiques qui sont reconnus par les Dam-méthylase pour méthyler certaines bases. D'ou la relative conservation de cette séquence quand on la compare entre différentes espèces de bactérie (on peut donc en déduire une séquence consensus entre toutes ces séquences).  [...]

[Microbiologie] génome-gène de résistance

Peut-être que cette bactérie a subi des mutations qui fait que sa betalactamase serait un peu plus atypique par rapport aux betalactamases des autres espèces bactériennes voire des autres souches bactériennes d'une même espèce. Ainsi, due à la particularité de sa séquence, les chercheurs n'ont peut-être pas réussi à la localiser correctement.  [...] merci pour votre réponse Taz_79.juste une autre question. est-ce que la différence des sèrotypes entre les souche de même espece peut-il etre une cause de la différence de leurs sequences ou la localisation de ce gene.  [...]

[Biochimie] microbio : STEC et détection

Je ne connais pas le gène uidA mais si tu blast sa séquence il doit matcher avec d'autre bactérie. Autrement dit le gène uidA serait présent chez plusieurs espèces (pas forcement pathogène) alors que les sondes nucléiques permete de detecter la mutation du gène uidA à l'endroit de la mutation spécifique du sérotype rechercher.  [...] je ne suis pas spécialiste de ce genre de bactérie mais le O157H7 c'est le serotype il me semble. Hors tout les serotypes E. coli ne sont pas pathogènes. Les sondes permettent de s'acrocher à une sequence nucleique particulière, s'il y a une mutation il y a un mesappariement (pas de complementarité de séquence) et le test est négatif.  [...]

[Génétique] La transcription

Dans les séquences consensus l'une d'elle est apelé PRINBOW BOX qui posséde la séquence TATAAT et qui se trouve à -10.la 2eme est appelé région-35 et posséde la séquence TTGACA et quand donne par convenction le n°1 à la par de base qui débute une molécule d'ARN.  [...] il me semble que la séquence que tu donnes n'est pas la séquence consensus, mais l'exemple d'une séquence. par exemple, le spacer N 17 a une longueur qui varie entre 16 et 18, en fait. La séquence TATAAT est bien la séquence consensus, qu'on a déduite des différentes séquence à -10, qui varient légèrement selon l'espèce de bactérie et le gène considéré.  [...]

[Microbiologie] Identification des bactéries

Par contre, nous ne savons pas quelle espèce de Chromohalobacter nous avons entre C. israelensis, C.salexigen ou C.marismortui.  [...] Je commencerais par regarder la littérature, et d'abord les publis où ces espèces ont été décrites. S'il n'y est pas question de génétique (si c'est des publis anciennes), je chercherais sur les bases de données des séquences de ces espèces et essaierais de les blaster pour voir un peu qui s'aligne avec quoi.  [...]

[Biochimie] PCR: a quoi servent les differents elements

La spécificité se fait sur 2 éléments, la complémentarité des amorces sur la séquence d'ADN, donc on aligne quelques centaines de séquences de différentes espèces pouvant être dans notre milieu et on choisit deux sites spécifiques de notre espèce d'intérêt.  [...] Dernière question, on détecte une séquence spécifique, donc une certaine bactérie, mais ca ne veut pas dire que ce gene s'exprime... comment faire.  [...]

recherche du genome bacterien

Il va vous sortir les séquences les plus identiques à la votre. Si votre séquence est bien celle de votre bactérie X, vous devez trouver des séquences de X au moins dans les premières résultats.  [...] Ce que Je cherche est de trouver des sequences qui sont specifiques à une espece bacterienne donnée (à partir de son genome mais pas d'un gene donne).  [...]

[Biologie Moléculaire] Exercice de bioinformatique

1) On vous donne une séquence d'EST (ADNc) humain extraite d'une base de donnée de séquence. Répondez brièvement aux trois questions suivantes.  [...] c)Comment vérifier qu'il s'agit bien d'une séquence humaine et pas d'une séquence provenant par exemple d'une bactérie contaminant les tissus.  [...]

[Biotechnologie] Bioluminescence par bactéries recombinées

En effet j'aimerais savoir si quelqu'un peut me dire comment on peut créer une bactérie (E.coli) bioluminescente à partir d'une quil'est naturellement(opero, plasmide..). J'aimerais avoir pas mal d'nfo aussi sur comment cette nouvelle souche est induite par un métal et donc émet de la lumière.  [...] A partir d'un vecteur (plasmide, yac, bac...) vous transférer la séquence d'intérêt depuis la bactérie naturellement luminescente. POur se faire, clivez la séquence d'intérêt à l'enzyme de restriction adaptée (il y en a à foison selon les coupes franches ou cohésives).  [...]

[Microbiologie] le gene KatG ???

au fait, je veux savoir c'est quoi le gene KatG (la seule information que je connais c'est qu'il code pour une catalas/hydroperoxydase.),je veux savoir comment identifier sa localisation chez une bactérie dans une séquence de l'ADN. Quelqu'un peut me donner comment determiner la séquence d'un tel gene present chez une bacterie (des liens ).  [...] bah je connais pas ni ça sert a quoi. ni comment le localiser ni commnt determiner sa sequence, j'aimerais bien savoir toutes les informations concernant ce gene.  [...]