• Santé - Séquence, Consensus, Site

[Biologie Moléculaire] Décision de replication de l'ADN

Je ne comprends pas pourquoi on doit absolument voir tout sous l'angle de codant vs. non codant. Il ne faut pas perdre de vue une chose extrêmement importante. la régulation. Que tu sois une séquence codante, on s'en fiche si ton régulateur ne te permet pas de t'exprimer, tu comprends.  [...] *Il existe une séquence ACS = ARS Consensus Sequence (11 pb). on l'appelle A-box et c'est le site de liaison du complexe d'initiation de la réplication (ORC).  [...]

[Biologie Cellulaire] mise en évidence d'une phosphorylation

Pour la mise en évidence d'une phosphorylation, dans le cas où le résultat va être publié, il vous faudra forcément un marquage métabolique, je ne pense pas qu'une revue accepte qu'il manque une expérience aussi démonstrative... Si vous avez une idée de la kinase phosphorylant votre protéine, vous pouvez définir le(s) site(s) phosphorylés sur la protéine grâce à des logiciels bioinformatiques et à la séquence consensus de phosphorylation de la kinase (si cette séquence a déjà été définie).  [...] Edit. désolé je n'avais pas bien regardé la séquence consensus. c'est une thréonine qui est phosphorylée. Ce qui explique mon hésitation dans mon message sur sérine et thréonine.  [...]

[Biochimie] designer mes oligos

Tout d'abord, je suppose que tu as aligné tes (deux) séquences par clustalx ou w, histoire de vérifiée s'il existe des zones de similitude nucléique. N'hésite pas a faire tout les sens possible reverse, inverse, reverse inverse. En effet les logiciel disponible en ligne ne tourne pas toujours les brins dans tout les sens immaginable ce qui a pour conséquence de faire varier ton pourcentage de similitude entre deux séquence.  [...] Il te permet de faire un consensus en utilisant le code IUPAC. Tu peux meme dessiner directement des couples d'amorces avec ce site. Tu configure le GC%, la taille de l'amplicon etc.. Bref il est assez efficace. TU peux néanmoins dessiner tes amorces en utilisant la séquence consensus générer dans le site de primer3.  [...]

épissage alternatif VS épissage complet

Pour l'épissage alternatif tout va dépendre des facteurs d'épissage et des snARN + hnRNP car ce sont eux qui contrôle l'épissage mais aussi des séquences consensus de l'épissage qui sont le site donneur, le site accepteur, le site de branchement et la séquence polypyrimidique.  [...] Si par exemple tu as une mutation au niveau du site donneur (ou autre site consensus) celui-ci ne sera pas reconnu par les snARN et donc ton exon sera épissé.  [...]

Epissage alternatif pb de comprehension

Le spliceosome est un complexe de clivage du pré-messager qui est constitué de protéines et de ribonucléoprotéines sRNP qui se disposent autour de l'intron grâce à des signaux spécifiques d'épissage qui sont juste des séquences consensus.  [...] L'intron débute par une séquence et se termine par une séquence AG en 3', avec un nucléotide consensus situé à peu près au milieu (site de branchement).  [...]

récepteurs nucléaires et hormones thyroidiennes

RXR (Rétinoic X Receptor) ET TR (Thyroid hormone Receptor) sont liés au T3RE (T3 Response Element ie sequence AGGTCANNNNAGGTCA (DR4) site consensus) il est donc en présence d'un hétérodimère (RXR-TR) TR peut-etre alpha, beta il existe pas mal d'isoformes plus ou moins exprimés de manière tissu spécifique.  [...] Ainsi, en supposant que le ligand de RXR est présent, et en présence de vitamine D, l'hétérodimère VDR/RXR pourra s'activer. en présence de T3, TR/RXR pourra s'activer, etc... Comme expliqué plus haut, il peut y avoir confusion, du au nom mal donné à RXR (Retinoic X Receptor) avec RAR (Retinoic Acid Receptor).   [...]

[Génétique] Traduction des protéines

La sequence SD interagit avec l'ARnr 16S alors que ce n'est pas du tout le role du contexte de kozac (ce n'est d'ailleur pas une sequence, mais plutot un motif consensus). Ce dernier prédit qu'un codon AUG sera plus ou moins efficace pour initier la traduction chez les eucaryotes.  [...] Et moi aussi je parle plus volontier d'un motif ou plus généralement d'un consensus de Kozak plutôt que d'une séquence. De plus Yoyo a raison, il ne faut pas confondre le consensus de Kozak qui marque le codon initiateur et le site de liaison du ribosome qui sera soit au niveau du 5'cap soit au niveau d'un IRES.  [...]

[Biologie Cellulaire] question sur les séquences consensus

Une séquence consensus est une séquence moyenne qui résulte de la comparaison d'un grand nombre de séquence dont la fonction est identique.  [...] Par exemple. les sites de fixation d'une protéine. Si il est établie qu'une protéine peut se fixer sur plusieurs séquences d'ADN différentes mais proches, il est possible d'écrire une séquence type. Ainsi, si l'on veut savoir si nos séquences d'intérêt possède le site de fixation pour cette protéine, c'est une séquence consensus que l'on cherche.  [...]

[Biochimie] Transition G1/S

D'ailleurs je ne crois pas que la CDK puisse phosphoryler quoique ce soit sans une cycline puisque c'est la cycline qui porte le site d'arrimage du complexe CDK-Cycline. Ensuite, toutes les CDKs ont la même séquence consensus de phosphorylation, la spécificité vis à vis des substrats des CDK au cours du cycle cellulaire est définie par les différents sites d'arrimages reconnus par les différentes cyclines.  [...] Voilà pourquoi j'ai considéré qu'au niveau des régulations des complexes CDK-Cycline au cours du cycle cellulaire, les cyclines paraissent tout de même majoritaires en terme de potentiel de régulation. Ce n'est que mon avis d'autant plus que je ne suis qu'un ancien du cycle cellulaire (ça fait 3 ans que je ne travaille plus dessus).   [...]

Besoin d'aide en biochimie

D'une façon qui vous dépasse peut être mais qu'il est interessante de souligner ici, la queue polyA n'est pas ajoutée comme cela à la fin d'un ARNm. On trouve à environ 15 nucléotides en amont du site d'ajout de la queue une sequence consensus (je doute qu'elle soit toujours parfaitement conservée) AAUAAA qui va permettre de positionner les enzymes responsable de la mise en place du polyA. Ca n'est à priori pas le cas.  [...] Comment savoir si le codon stop est dans le cadre de lecture (si vous y tenez vraiment) Vous savez que le premier C de votre séquence est en position 123. Ce qui le place comme le dernier acide aminé du 41ème codon de votre séquence.  [...]