• Santé - Séquence, Consensus, Facteur

[Génétique] promoteur??

Je suis aussi étonnée que toi en ce qui concerne les régions promotrices, comme quoi elles peuvent etre en aval du gène je pense plutot qu'il s'agit de régions régulatrices sur lesquelles vont se fixer des facteurs de transcriptions spécifiques... La pribnow box ou TATA box font partit du promoteur et sont situées en AMONT du site d'initiation de la transcription (+1).  [...] une séquence de six nucléotides riche en A et T. La séquence dite consensus (statistiquement la plus rencontrée) est TATAAA. Cette boîte fixe un facteur général de transcription appelé TFIID (TF. facteur de transcription. II pour l'ARN polymérase II). Ce facteur est absolument nécessaire pour l'initiation de la transcription.  [...]

[Génétique] Adn et arn

Pour les deux brins, que ce soit le brin avancé et le brin retardé, il y a sunthèse d'une amorce d'ARN et c'est la primase qui synthétise ces amorces, et c'est l'ADN polymérase qui synthétise les deux brins (retardé et avancé) et qui a besoin d'une amorce pour fonctionnée (Toutes les ADN polymérases synthétisent l'ADN dans le sens 5'-3', chez tous les organismes vivants, et aucune n'est capable de commencer une nouvelle chaîne sans amorces.   [...] c'est l'arn plyerase 2 qui va detecter la sequence consensus a la region -35 et se fixé sur elle puis il a le facteur tf2 D qui va se lier a cette sequence puis les facteurs TF2 A, B,D, H.  [...]

[Génétique] Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret

Comment identifier les promoteurs contenant une sequence consensus d'intéret.  [...] Je connais la séquence consensus d'un facteur de transcription. J'aimerai identifier dans le génome humain l'ensemble des promoteurs qui possédent cette séquence.  [...]

[Génétique] quel est le but du clivage

Donc déja avant tout ça ne se déroule que chez les ARNm de vertébrés, ya donc dans ces ARNm une séquence consensus AAUAAA à proximité de l'extrémité 3' sur laquelle se fixe un facteur de clivage Cpsf et un peu en aval de celle-ci un facteur Cstf qui va se fixer sur une autre séquence consensus GU et qui va stimuler le dit-clivage (clivage=coupure de l'ADN au cas ou t'avais pas capté).  [...] Ensuite la PolyA polymérase intervient (PaP, recruté par le facteur Cstf), elle va synthétiser la race de A (en 3', la ou ça a été coupé) sur laquelle va se fixer des protéines (Poly A binding protein) empéchant l'action des exonucléases 3'-5'.  [...]

[Biologie Moléculaire] ADN et facteurs de transcription

1- L'union entre les facteurs de transcription et une séquence consensus (generalement un promoteur) d'ADN est une union reversible, faible (la somme des 20 liaisons faibles entre les aminoacides d'un facteur de transcription et les nucléotides d'un ADN rend l'interaction forte) et spécifique.  [...] 2- L'union des FT sur l'ADN se fait sur des régions non méthylées (puisque la méthylation est responsable de la condensation de la chromatine, donc éviter la transcription) et acétylées (les histones acetyltransferases acétylent les histones de l'ADN, cad la décondense pour que les FT puissent s'y unir).   [...]

Perspectives | Dossier

Les résultats décrits résultent d'analyses bioinformatiques et de ce fait reposent en partie sur des données virtuelles. Cependant la confrontation avec les données moléculaires sur PR1 semblent confirmer l'importance du facteur de transcription NPR1 dans la reconnaissance de la séquence consensus ainsi définie et par la même démontrer son auto-activation.  [...] Mais cette auto activation nécessite une série d'expériences qui doit consister à introduire le promo-teur de NPR1, associé à un gène rapporteur, dans une cellule végétale ou de levure, puis mettre cette dernière en contact avec NPR1. Si l'expérience se révèle positive, alors le consensus définit par l'analyse bioinformatique correspond effectivement à une réalité biologique.  [...]

séquence consensus

Une séquence consensus peut etre proteique ou nucleique, c'est une sequence que tu retrouves dans plusieurs genes ou proteine par ex et qui a la même fonction ex la Tata box. tataa.  [...] Il y aussi dans cette région du génome des motifs palindromiques qui sont reconnus par les Dam-méthylase pour méthyler certaines bases. D'ou la relative conservation de cette séquence quand on la compare entre différentes espèces de bactérie (on peut donc en déduire une séquence consensus entre toutes ces séquences).  [...]

[Biologie Moléculaire] Technique SELEX aidez moi!

3. On disposent de fragments qu'on espère pouvoir exploiter pour obtenir la séquence consensus. Ce que l'on va faire c'est simplement un clonage des fragments. Des colonies seront piquées, amplifiées puis séquencées. L'analyse de toutes les séquences nous donnera la séquence consensus.  [...] A la fin vous allez récupérer des fragments que vous souhaitez identifier. Ce que vous savez à priori c'est qu'ils vont tous être similaires à priori avec de petites variations. Ce que vous souhaitez c'est établir une séquence consensus de fixation de votre protéine.  [...]

Mutation?!

Je suis un peu à l'ouest depuis quelques jours, mais là je ne comprends pas... Une séquence consensus est une séquence qui regroupe les bases les plus fréquemment rencontrées dans les cas de plusieurs possibilités... Or, j'ai l'impression qu'ici tu utilises le mot polymorphisme pour parler de variabilité. Ai-je raison.  [...] Eh ben, effectivement, je croyais qu'une séquence consensus, était la même séquence partout, or ce n'est pas le cas d'après ce que m'as dit, donc il y a un polymorphisme si on veut d'un promoteur a un autre.  [...]

Analyse chez Arabidopsis thaliana | Dossier

La suite de programme RSA tools aboutit à la définition d'une séquence consensus sur l'ensemble des promoteurs considérés. Classé par ordre d'occurrences significatives pour Oligo-analysis, la plus élevée, 4,1, se retrouve dans toutes les séquences et correspond à TGCAGC GCAGC TTGAC TGACG.  [...] Parmi cette famille deux protéines du système de résistance acquise forment le dimère NPR1/NIM1. Ce dernier a la propriété d' activer la transcription du gène PR1 via la séquence TGCAG (Després et al., 2000). Par conséquent le consensus déterminé pour ces promoteurs d' Arabidopsis thaliana pourrait correspondre à celui reconnu par le facteur de transcription NPR1/NIM1.  [...]