• Santé - Séquence, Banque, Bac

[Biologie Moléculaire] Promoteur banque BAC

J'aimerai globalement connaitre la démarche pour récupérer une séquence promotrice d'une banque BAC pour ensuite le cloner dans un vecteur rapporteur et étudier ce promoteur.  [...] Pour cela comment cela fonctionne et comment puis je être sur que les clones contiennent ma séquence promotrice complète.  [...]

Isoler une région d'un génome à partir d'un BAC

Bon alors si j'ai bien compris (parce que j'ai tout lû Freud, les initiés comprendront...), en fait tu veux repérer une séquence parmis une banque de BAC C'est ça Donc en fait ta question c'est comment détecter spécifiquement ton gène dans ta banque Si c'est ça, tu peux contruire, par exemple, 3 couples de primers qui encadrent (pour chaque couple) 3 petites régions sur la zone que tu veux détecter.  [...] Et ensuite tu sélectionne le BAC qui est positif pour les 3 (oui j'ai bien dit les 3 et pas seulement 1 ou 2) couples de primers. Pourquoi Parce que si c'est positif pour les 3 ca veut dire qu'avec ta PCR tu a réussit à amplifier ta séquence en 5', celle en 3' et celle au milieu du gène donc ça veut dire que ton BAC contient bien l'ensemble de la zone recherchée.  [...]

Séquençage

Tu coupes avec une enzymes et tu clones tes fragments dans des BAC dont tu connais la séquence. Tu parts d'une grande quantité de génome donc pas besoin de PCR, tu coupes tout et tu insères tout ça dans tes BAC pour créer une banque d'ADNg. Comment veut tu faire une PCR sur un génome dont tu ne connais pas la séquence.  [...] Cependant cette méthode n'est d'aucune aide pour un séquençage car les morceaux amplifiés obtenus seront répartis aléatoirement dans le génome. Un séquencage classique commence donc en général par la création d'une banque d'ADNg.  [...]

[bio mol] Séquencage. RFLP

Quand le séquencage est en shotgun (séquencage de génomes), une banque d'ADN (ADNc) issue de la digestion statistique de ce fragment est clonée dans un plasmide, un BAC ou un YAC. Des molécules de plasmides (BAC,...) intègrent.  [...] la sonde permet d'amplifier une séquence unique qui est situé en amont d'une séquence répetée. Le nombre de répetitions est différent selon les individus, on digére en amont de la sonde et en aval de la séquence répétée la taille du fragment sera variable selon les individus.  [...]

[Biologie Moléculaire] Librairie de génes !!

Bonjour tout le monde, c'est quoi une librairie de génes elles peut être façonnées par des souches d' E.coli...merci bien.   [...] Pour moi c'est comme une banque de gènes. C'est à dire qu'on a trouvé à quoi le gène correspond et on le conserve dans une banque. Pour cela on introduit la séquence à l'aide d'un plasmide dans une bactérie souvent E.coli (parce qu'on l'aime bien.). Et puis quand on en a besoin, on décongèle et la bactérie se multiplie et amplifie la séquence d'intérêt que l'on récupère et voilà.  [...]

[Biologie Moléculaire] Connaitre séquence génomique....

J'ai un petit problème à vous soumettre. Je travaille actuellement sur un organisme animal sur le quel il n'existe pas (ou peu...) de séquences connues, ni banque de BAC etc.  [...] je peux te conseiller le genome walking. C'est une technique qui permet d'analyser des fragments adjacent de proche en proche. La premiere étapes consiste a construire une banque de fragment tagé. Et apres y a une PCR et une nested a faire, avec une amorce spé de ta sequence connu et une amorce spé du tag.  [...]

[Biochimie] Question sur la biotechnologie

Le criblage te permet de retrouver ta séquence d'intérêt dans une banque. En effet une banque est très vaste (environ 3000 clones pour couvrir le génome de E. coli et presque 100 000 pour couvrir le génome de D. melanogaster ) donc on a besoin d'une méthode qui identifie en une seule fois le ou les clones qui portent la séquence d'intérêt.  [...] Donc si je résume, le criblage d'une banque me permet de retrouver la sequence du gène d'intérêt, par exemple par marche chromosomique ou comme tu viens de le dire par hybridation.  [...]

[Biologie Moléculaire] Obtention ADNc pleine longueur avec EST

J'aurai besoins de votre aide, j'ai une séquence EST et je dois établir un protocole pour obtenir l'ADNc pleine longueur et je ne sais pas trop comment m'y prendre.  [...] Tu blastes ta séquence contre une banque d'ARNm et tu auras ainsi l'ARNm correspondant à ton EST, si cet ARNm a été séquencé et répertorié dans la banque bien entendu. A partir de là, il ne te reste plus qu'à prendre les bonnes amorces pour obtenir ton ADNc. Chez quel organisme fais-tu ce travail.  [...]

soutern, PCR, banque genomique

UNe banque génomique, c'est une collection de vecteur ayant chacun intégré un morceau d'ADN génomique, par exemple après digestion à completion de ce dernier. Le passage en vecteur permet d'amplifier ce morceau (notamment quand ne connait pas la séquence, alors qu'on amplifie en PCR quand on la connait en général) et donc de le stocker (conservation), et de l'analyser (restriction, séquencage depuis une amorce située sur le vecteur).  [...] La PCR ne peut amplifier que quelques centaines de paires de bases. Pour une séquence plus importante, il faut l'amplifier en l'incluant dans un vecteur qui pourra être cloné en même temps que l'hôte qui le recevra. Si la séquence est vraiment trop grosse, il faut la diviser et inclure les portions dans des vecteurs pour constituer une banque.  [...]

Génétique

3eme étape. tu séquences chaque BAC en faisant des sous clonages pour avoir des fragments séquençables. en général, sous clonage de façon à avoir des fragments chevauchants.  [...] 4eme étape. tu analyses les sous clones de chaque bac pour reconstituer la seq de chaque BAC. puis tu analyses les séquences de tes bacs précédemment ordonnés pour reconstituer la séquence du chromosome.  [...]