• Santé - Séquence, ADN, Sites

[Biologie Cellulaire] question sur les séquences consensus

Par exemple. les sites de fixation d'une protéine. Si il est établie qu'une protéine peut se fixer sur plusieurs séquences d'ADN différentes mais proches, il est possible d'écrire une séquence type. Ainsi, si l'on veut savoir si nos séquences d'intérêt possède le site de fixation pour cette protéine, c'est une séquence consensus que l'on cherche.  [...] Xylem, la séquence dite Shine-Dalgarno est un motif ARN reconnu par l'ARN16s du ribosome chez les procaryotes. Elle participe donc à l'initiation de la TRADUCTION pour de nombreux gènes bactériens.  [...]

[Biochimie] PCR: a quoi servent les differents elements

Les amorces, bah ils vont se fixer à une séquence que tu souhaite et vont permettre de servir de point de départ pour qu'une ADN/ARN polymérase face son boulot.  [...] La spécificité se fait sur 2 éléments, la complémentarité des amorces sur la séquence d'ADN, donc on aligne quelques centaines de séquences de différentes espèces pouvant être dans notre milieu et on choisit deux sites spécifiques de notre espèce d'intérêt.  [...]

[Biologie Moléculaire] choix des amorces

Je sais qu'aujourd'hui, des sites sur internet permettent de calculer de choisir les amorces les plus adaptées au brin d'ADN qu'on veut dupliquer. Mais j'aimerai connaitre le raisonnement qu'il faut adopter quand on veut prévoir la séquence des amorces sens et anti sens.  [...] en fait, je suis face à une séquence d'ADN, pour laquelle on me demande d'établir le profil des amorces que je peux utiliser sans pour autant me donner les enzymes de restriction qu'on peut utiliser.  [...]

[Biologie Moléculaire] Site de glycosylation

Dans ma sequence d'ADN on me demande de retrouver les sites potentiels de glycosylation.  [...] Il s'agit de reconnaitre la séquence particulière Asn-x-Thr. Les enzymes qui glycolisent reconnaissent cette région et accrochent des sucres sur Asn.  [...]

Température d'hybridation et PCR

pour obtenir une amplification il suffit que l'extrémité 3' de chaque amorce soit bien hybridée. c'est comme ça qu'on obtient des amplifications non spécifiques ou qu'on ajoute des sites de restrictions à une séquence d'ADN.  [...] En cas de compétition entre 2 sites d'accrochage d'une amorce, c'est le produit le plus court qui est plus facilement amplifié même si l'hybridation de l'amorce sur la séquence est imparfaite.  [...]

Mutagenèse dirigée : un Nobel pour des souris mutantes

Les sites loxP sont des sites asymétriques de 34 paires de bases, aussi peut-on les orienter sur l'ADN. De plus, s'ils sont insérés en phase dans une séquence codante, alors le peu d' acides aminés ajoutés ne perturbent pas la fonction de la protéine ciblée.  [...] Ceci est rendu possible par de la transgénèse classique (insertion aléatoire d'un fragment d'ADN exogène dans un génome). Le transgène utilisé est alors la séquence codante de la Cre sous le contrôle du promoteur d'une protéine spécifiquement exprimée dans le tissu qui nous intéresse.  [...]

Intégration de VIH-1 dans la chromatine: la chute d'un dogme.

Avec ce système on montre l'inhibition de l'intégration par la présence de nucléosomes, en effet quand on map les sites d'intégration sur le plasmide le peu d'intégrants est hors de la séquence positionnant les nucléosomes.  [...] On appuie nos résultats in vitro par une analyse in silico de plus de 40 000 sites naturels d'intégration. Cette analyse est un algorithme de prédiction de positionnement de nucléosome en fonction de la séquence d'ADN, et on trouve que la moyenne des sites se trouve dans une région faiblement dense en nucléosome.  [...]

[Biologie Moléculaire] Choisir le bon vecteur?

(pour verifier cela, j'ai utulise NEBcutter v2.0 (cliquer sur le mot pour aller au logiciel, pour proceder, j'ai copier ma sequence d'adn la-bas ensuite j'ai cliquer sur submit et j'ai obtenue tout les sites de restriction)).  [...] J'ai moi aussi de la difficulté a trouver un vecteur approprié, Et Je ne comprend pas pourquoi le bon vecteur dans cet exemple serait PinPoint xa-1 Selon ce que j'ai vu il ne possede pas de sites de restriction communs avec la sequence d'ADNc dans sa region du gene de resistance Je ne comprend pas d'ailleurs pk le site de restriction doit se trouver dans la sequence de resistance a l'antibiotique et non ailleurs dans le plasmide.  [...]

[Biologie Cellulaire] Enzyme de restriction

Le plasmide X2R contient dans sa séquence 2 sites de restriction BamH2 et 2 sites de restriction Sif1. J'obtiens deux fragments d'ADN après traitement du plasmide par BamH2. Cela signifie que.  [...] -quant a la sequence Ori qui est une origine permettant l'oeil de réplication, je vois pas le rapport, a moins d'avoir un schema sous les yeux de X2R (ou qu'on vous ait demandé de connaitre ce plasmide la) ces questions n'ont pas de sens je trouve.  [...]

[Biologie Moléculaire] Résumer Génétique (absurde)

Si je dois faire un résumé. Que ce soit réplication, transcription ou traduction, il y a toujours un site (une séquence) de nucléotides, dans l'ADN ou l'ARN, qui joue le rôle de piste d'atterrissage si je puis dire.  [...] Pour le départ de la transcription on a les sites d'initiation des RNApolymèrase. Environ 60% sont caractérisés par la fameuse TATA box les 40% restantes ont des séquences dites discrètes. Comme tu le sais sans doute, ces sites de fixation sont rarement suffisant seuls (il faut souvent une torsion physique de l'ADN pour démarrer la transcription.  [...]