• Santé - Séquence, ADN, Séquençage

[Biologie Moléculaire] Séquençage

Quand on effectue un séquençage à haut débit (NGS) on obtient donc la séquence ADN de tout le génome =. Prise de sang - Extraction ADN génomique - Purification - PCR - NGS.  [...] Si maintenant on veut obtenir toute la séquence ARN d'un organe en particulier, comme le foie, quel est le protocole expérimental =. Biopsie du foie - Extraction ARN - purification - PCR - NGS Si on comparait cette séquence avec la.  [...]

Le séquençage de l'ADN pour les nuls !

La connaissance de sa séquence, c'est-à-dire la succession des bases de l'ADN ( adénine, cytosine, guanine, thymine ), est aujourd'hui de plus en plus facile à déterminer. Futura-Sciences vous donne les clés, sous forme d'un schéma explicatif, pour comprendre le mécanisme du séquençage de l'ADN.  [...] 1 - Pour le séquençage, tout se passe initialement dans un tube à essai, en présence des acteurs de la synthèse de l'ADN. de l'ADN à séquencer, des nucléotides, une amorce et de l'ADN polymérase. Chacun de ces acteurs est présent en grande quantité. La réaction de séquençage fait donc intervenir de multiples réactions.  [...]

[Génétique] La transcription

il me semble que la séquence que tu donnes n'est pas la séquence consensus, mais l'exemple d'une séquence. par exemple, le spacer N 17 a une longueur qui varie entre 16 et 18, en fait. La séquence TATAAT est bien la séquence consensus, qu'on a déduite des différentes séquence à -10, qui varient légèrement selon l'espèce de bactérie et le gène considéré.  [...] Par séquençage, tout simplement. on sait que le +1 est le premier nucléotide transcrit, et on peut connaître la séquence de l'ARN formé. Ensuite, on séquence l'ADN en amont (i.e. du côté 3') du site +1, et on trouve qu'il y a 2 séquences très conservées, celles situées à -10 et à -35 de ce site +1.  [...]

comment fonctionne un séquençage d'ADN ?

Un séquençage se fait sur un seul des deux brins de l'ADN. On fixe le brin à séquencer sur une microbille. Le brin est répliqué jusqu'à avoir plusieurs centaines de copies de ce brin sur la microbille. Ensuite les bases azotées sont présentées à la microbilles les unes après les autres.  [...] Pour l'identification des gènes cela vient après le séquençage. Il est possible de repérer des séquences d'ADN spécifiques aux gènes (séquence d'initiation, séquence de terminaison...).  [...]

[Biotechnologie] primer extension

Pour avoir aussi fait les deux, je trouve la primer extension plus rapide. A la place de la radioactivite tu peux marquer les oligos par un fluorophore (type sequencage ADN) et l'envoyer comme une sequence. Tu obtiens la taille de ton produit, et ca t'a pris une heure de manip et un timbre poste.  [...] A la place de la radioactivite tu peux marquer les oligos par un fluorophore (type sequencage ADN) et l'envoyer comme une sequence.  [...]

[Génétique] comment réutiliser les colonnes des kits de purification des produits PCR ???

Pour mon étude phylogénique, je suis en train d'amplifier ma séquence d'intérêt (marqueur COI) pour ensuite la séquencer. Maintenant, j'en suis à l'étape de purification des produits PCR avant le séquençage avec le kit PCR purification kit de promega. Ce kit permet de retenir dans un premier temps l'ADN grâce à un membrane tout étant perméable à tout le reste, puis l'ADN est récupéré lors de l'élution.  [...] On m'a dit qu'il existait un protocole qui permettait de nettoyer les colonnes déjà utilisé afin de pouvoir les réutiliser. si quelqu'un sait comment faire ça me rendrait un grand service parce que je suis en manque de colonnes alors que j'ai pas encore fini tous mes échantillons.   [...]

[Microbiologie] Problème pour l'analyse d'un article

Alors j'ai regardé vite fait et je pense qu'il s'agit d'un séquençage par extension d'amorces. Les lettres à gauche sont les 4 oligonucléotides A, T G et C composant la séquence d'ADN et les bandes en dessous indiquent quand il y a un A, un T, un C ou un G dans la séquence. Elle se lit en partant de ton amorce.  [...] On réalise la même expérience sur l'ADNg (même amorce mais avec Taq DNA polymérase) sauf que là on fait un séquençage. Au niveau du point +1, on aura donc un fragment faisant la même taille que le fragment généré par l'expérience de RT. En accolant les gels où on a fait migrer les produits des deux expériences (RT et séquençage), on peut donc voir les bandes qui s'alignent.  [...]

[Biologie Moléculaire] Pcr-sbt

Le séquençage des gènes est amplifie par PCR. Le SBT, de la PCR-SBT (Sequence-Based Typing), permet l'identification précise de tous les nucléotides de la région d'ADN amplifiée.  [...] Concernant la PCR-SBT, j'en ai rarement entendu parler. Le peu que je sais a été dit par Heloradana. c'est une méthode d'amplification classique qui permet en plus un séquençage de la séquence nucléotidique.  [...]

[Biochimie] Petite question sur la PCR

Je suis vraiment débutant (1ere année de médecine) donc on m'a juste appris, la technique classique de PCR. On a ensuite vue le séquencage et là notre prof nous a dit que souvent on utilisait des produits de PCR pour le séquencage et donc dans les résultats (de l'électrophorèse couplée à de la fluorescence), on pouvait trouver deux piques (l'un correspondant à l'allèle paternel et l'autre à l'allèle maternel) justement parceque le pruduit de PCR était composé indifféremment d'allèle paternel et maternel.  [...] AH d'accord. En fait le séquencage est une PCR un peu spéciale. En gros tu mets de l'ADN d'un individu (donc aussi bien les alleles maternels que paternels) dans ton tube avec les réactifs classiques de PCR (dont les ddNTP pour le séquencage) avec une seule amorce capable de s'hybrider avec l'ADN que tu veux séquencer (plus exactement a proximité de la séquence que tu veux obtenir).  [...]

[Biologie Moléculaire] the Genome walking method

la marche sur le chromosome est une technique permettant le séquençage des régions amont et aval d'une séquence connue d'ADN.  [...] 5) L'amplicon purifié est soumis au séquençage (proprement dit) avec l'amorce adéquate afin de séquencer le coté inconnue.  [...]