• Santé - Séquence, ADN, Base de données

BLAST x

Comme premier exercice, j'ai copié une séquence d'ADN de 601 nucléotides dans BLASTx en utilisant la base de données nr. Il me trouve une similarité avec une e-value de 9e-105 pour une protéine de l'enveloppe glycoprotéique du HIV.  [...] De BLAST x, je sais qu'il traduit notre séquence requête dans les 6 cadres de lecture avant de les comparer à la base de données.  [...]

Identification d'une protéine

J'ai une séquence d'ADN et je dois trouver quelle protéine elle code. J'ai donc traduit cette séquence en AA grace à un logiciel, puis j'ai cherché des homologies avec d'autres protéines sur cette base de données. http.//www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.  [...] si tout ce passe bien lorsque tu blastes une proteine contre la base de données, le meilleur resultat qu'il te sort est la proteine elle meme (normal). C'est donc les resultats suivant qui te renseignent sur l'identité possible de cette proteine.  [...]

[Biologie Moléculaire] différence entre séquences d'ADN REVERSE et FORWARD

[Biologie Moléculaire] différence entre séquences d'ADN REVERSE et FORWARD.  [...] j'ai Téléchargé des séquences d'ADN à partir d'une base de données.  [...]

[Biologie Moléculaire] La postion des éléments de réponse aux hormones

Le HRE est une séquence d'ADN qui n'est pas nécessairement toujours absolument identique dans tous les gènes cibles. Il peut y avoir de petites variation. En général on connait la séquence la plus efficace pour la fixation du récepteur de l'hormone. Donc on peut éventuellement la chercher directement sur la séquence éditée en fichier texte.  [...] Du coup, il existe des programmes qui permettent de trouver ces éléments de réponses dégénérés sur une séquence d'ADN. Ce ne sont pas des bases de données. En revanche il vont tout vous sortir sans chercher à comprendre la relevance biologique de la chose.  [...]

[Biologie Moléculaire] Séquençage et métabarcoding

Enfin, une fois les séquences obtenues, je les compare à une base de donnée telle GenBank par exemple. Je peux le faire par internet ou grâce à des logiciels. Aussi, j'ai pour but de créer une base de données interne. Je me suis renseigner sur des logiciels pouvant faire tout cela à la fois. Seul Geneious peut le faire.  [...] C'est aussi pour ca que je compare mes séquences avec des bases de données (pour les identifier) et que je souhaite avoir ma propre base de données. Quels logiciels peuvent permettre à la fois le stockage des séquences ADN, la création de bases de données interne, la comparaison des séquences ADN avec des bases de données publiques, les alignements de séquences (à part Geneious).  [...]

[Divers] La Vie sous une forme différente, dans des conditions différentes?

Depuis juillet 1995, on a séquencé complètement 2329 génomes différents, à l'heure à laquelle je poste ce message, dont 134 génomes d'archées (5,8%), 2046 génomes de bactéries (87,8%) et 149 génomes (6,4%) d'eucaryotes (voir la base de données GOLD ). Tout cela est à comparer avec les millions d'espèces vivantes déjà répertoriées, sans compter les microorganismes ou les virus.  [...] En date du 3 décembre 2012, on connaissait la séquence d'acides aminés de 18877226 protéines différentes (voir les données Uniprot de la PDB). De ces ~19 millions de protéines, seules 538585 ont été vérifiées expérimentalement (voir base de données UniProtKB ).  [...]

[Biologie Moléculaire] Recherche de gènes orthologues

J'aurais aimé savoir comment peut-on rechercher un gène d'une espèce séqucné chez une autre espèce séquencé afin d'éventuellement trouvé un gène orthologue.  [...] En pratique, tu copies-colles la séquence de ton gène dans la case prévue à cet effet puis tu choisis la base de données de séquences (tout, seulement l'homme, seulement les plantes, etc...) avec laquelle tu veux comparer ta séquence et tu valides.  [...]

[Biologie Moléculaire] ARN antisens à partir d'un fragment de gène

NB. le séquençage de Sanger peut-il être pratiqué sur de l'ARN J'aurai tendance à dire oui, pour peu qu'on utilise du dUTP/ddUTP au lieu de dTTP/ddTTP. Auquel cas on peut appliquer la deuxième solution sur base de la séquence de l'ARN sens.  [...] Par recherche dans les banques de données sur internet vous avez trouvé la séquence du gène de l'hormone de croissance humaine. A quel endroit du gène choisiriez-vous la séquence de votre sonde d'ADN pour cribler la banque que vous venez de construire et trouver l'ADN complémentaire codant pour l'hormone de croissance.  [...]

ATPsynthétase source d'energie et de surchauffe cerébrale =)

J'aimerais bien trouver la séquence en acides aminées (ou en nucléotides) de la sous unité C de la partie F0 de l'ATPsynthétase (d'E.coli par exemple), mais je ne sais pas comment m'y prendre.  [...] Je me suis dejà dirigé vers la base de données PBD mais je ne connais pas encore tout ses travers, penser vous que si je trouve la séquence nucléotidique ou en acides aminés de la sous unité C, je pourrais la comparer à la base de données afin de trouver des homologies avec d'autres molécule susceptibles de pouvoir protoniser elles-aussi.  [...]

[Identification] Bio informatique

J'ai un exercice de Bioinformatique je dois utilisé BLAST mais j'ai du mal à trouvé a quoi correspond cette séquence de nucléotide vous pourriez m'aidé, me donner un chemin à suivre, un indice.  [...] La colonne de droite dans les résultats de Blast contient l' accession number de la séquence dans la base de données qui est la plus proche de ta séquence. Si tu cliques sur ce nombre tu obtiendras une description détaillée de cette séquence.  [...]