• Santé - Sens, Séquence, Cible

Amplification de séquence

Existe t -il une méthode ou un protocole permettant de trouver précisément la séquence cible à amplifié, de trouver les amorces sens et anti-sens et valider le matching de ces amorces sur la sequence cible.  [...] 2 trouvez des primes dans NCBI primer blast en spécifiant la référence de la séquence (NM_00448.2 dans ce cas), qui vérifie qu'on amplifie bien la cible et aucune autre (avec les bons paramètres de Tm, de taille d'amplicon, etc.).  [...]

[Biologie Moléculaire] Amorce sens et antisens

En ce qui concerne les amorces sens et antisens, je ne comprend pas pourquoi l'amorce sens est identique à la séquence cible tend dis ce que.  [...] l'amorce antisens et complementaire à la sequence cible pourtant les 2 amorces doivent hybrider avec l'ADN complémentaire pour débuter la réaction PCR.Je ne sais pas est ce que ma question est claire ou non mais lors de la comparaison de mais amorces avec les sequence cibles sur le site NCBI voila ce que j'ai trouvé.  [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage/ synthèse ARN/ ADN

Aussi je souhaiterais synthétiser une séquence d'ARN complémentaire à un gène cible.  [...] L'objectif est de synthétiser un ARN guide pour l'utiliser dans la technique CRISPR/Cas9, comprenant une séquence précise complémentaire à la séquence d'ADN cible (crRNA).  [...]

[Génétique] Démonstration du role d'un miRNA in-vivo

En effet étudier l'effet d'un miRNA sur un mRNA donné ce n'est pas simple, pour toutes les raisons qui ont été évoquées. Muter le miRNA comme on le ferait pour un siRNA ne me semble pas judicieux car la particularité des miRNAs est justement d'avoir des mésappariements avec la séquence cible.  [...] .. (en général...). Tu peux aussi introduire ta protéine avec un 3'UTR muté dans la séquence cible du miRNA et voir si tu récupères un phénotype normal.  [...]

[Biologie Moléculaire] dna chips

Pour ce qui est de l'hybridation d'une sonde à sa séquence cible, je dirais qu'à partir du moment où t'as réussi à les mettre en présence, c'est juste le hasard et les mouvements browniens qui font leur jeu. quand la sonde rencontre sa séquence cible, elle s'y colle car c'est plus stable à deux, c'est tout.  [...] Pour ce qui est de la technique des dna chips (j'appelle ça microarray), c'est une technique visant à comparer le niveau de transcrits d'ARNm enre deux conditions. Voici un excellent lien qui te permettra de mieux comprendre. http.//www.bio.davidson.edu/Courses/...chip/chip.html.   [...]

[Biologie Moléculaire] Hybridation in situ et génération des sondes

Premièrement on amplifie la séquence cible, puis on réamplifie les produits de PCR avec les mêmes oligos, flanqués de sites de transcription non.  [...] Le deuxième ISH T3-T7, c'est parce qu'on risque de me demander un contrôle avec une sonde sens, pour vérifier qu'il n'y a pas de signal en ISH. Du coup je pensait faire la PCR avec une primer couplé à T3 et l'autre à T7. Par contre je devrai me retrouver avec la séquence complémentaire du promoter T3 (si je transcrit avec T7) en 3' de ma sonde ARN (voir le schéma).  [...]

Problème de biologie moléculaire

Je suppose que l'on connait donc son emplacement et sa séquence, si on connaît le RNAi utilisé dans ce cas, ce qui a du sens, autrement le screening perds beaucoup en pertinence. De plus, l'énoncé dit que le gène a été tag à la GFP, je suppose que la séquence/emplacement sont connus.  [...] déjà voir si la séquence ressemble a quelque chose de connu (il n'y a pas 1000 façons pour une protéine de se lier à l'ADN, et ça on peut le reconnaitre), si elle a des domaines d'interaction avec des protéines connues, et pour compléter, IP, dépôt des protéines sur gel et analyse spectro de masse (en qq jours vous pouvez connaitre toutes les protéines qui interagissent avec votre cible) et/ou Chip-seq (ça reste un peu délicat et cher mais ça ratisse large et c'est très informatif).  [...]

qu'est-ce qu'un BAC (chromosome artificiel bactérien) ?

Dans mon cours (sur la cytogénétique moléculaire), on parle successivement des sondes centromériques, puis des sondes locus spécifiques, puis de whole chromosome painting... et ensuite on parle des BACs... mais que vient faire BAC là dedans quel est le lien entre le fait de parler d'une bactérie qui peut cloner une séquence et les techniques de repérage de séquences nucléiques par des sondes je suis perdue.  [...] L'avantage c'est qu'on peut y mettre la séquence qu'on veut et la dupliquer dans des microorganismes (tout comme pour les plasmides). Les BAC sont maintenant commercialisés.  [...]

Amplifier séquence cible cDNA

Je dois donc designer mes amorces du gène X. Le problème c'est de chercher ma séquence cible. Si j'utilise NCBI et fasta je me retrouve avec les sequences entières (intron + exon) de plusieurs milliers de nucléotides et j'avoue que je suis un peu perdu.  [...] mRNA est en fait la séquence du cDNA, mais en utilisant la référence au lieu de la séquence brute, primer-blast connait l'emplacement des jonctions exon/exon (petite astuce du jour).  [...]

[Biologie Moléculaire] Contamination d'ARN par de l'ADN

2/ Il y a un second promoteur en amont du promoteur que tu connais et, du coup, il y a un transcrit qui contient la séquence de ton promoteur. Ca arrive fréquemment. Ca expliquerait pourquoi tu amplifies un fragment malgré le traitement RNAse (sans DNAse).  [...] Dans la mesure où tu connais la séquence de ce que tu amplifies, tu peux même choisir l'enzyme pour être sûr qu'il y a un site (ou mieux, plusieurs) dans ta séquence cible.  [...]