• Santé - Restrictions, Site, Coupure, Séquence, ADN

[Biologie Moléculaire] logiciel clonage

connaissez-vous un logiciel permettant d'ajouter des sites de restrictions sur une séquence un logiciel de préférences gratuit.  [...] En effet, certains appellent cela le clamp et il permet d' internaliser le site de restriction. En effet, les enzymes de restrictions sont des endonucléases si bien que leur site de coupure doit être à l'intérieur d'une séquence ADN, et non en bordure.  [...]

Température d'hybridation et PCR

pour obtenir une amplification il suffit que l'extrémité 3' de chaque amorce soit bien hybridée. c'est comme ça qu'on obtient des amplifications non spécifiques ou qu'on ajoute des sites de restrictions à une séquence d'ADN.  [...] En cas de compétition entre 2 sites d'accrochage d'une amorce, c'est le produit le plus court qui est plus facilement amplifié même si l'hybridation de l'amorce sur la séquence est imparfaite.  [...]

[Biologie Moléculaire] Identification d'un gène déterminé

j'imagine qu'il faut découpé ce gène dans la bactérie 1, à l'aide d'enzyme de restriction, puis dans le PCR ajoutez ajouté des. ddatp, ddttp, ddctp, ddgtp fluorescent afin de pouvoir avoir une séquence de ce gène contenue dans la bactérie 2, si la bactérie 2 à ce gène.  [...] On veut vérifier si cette séquence se trouve dans ADN 2 donc, il faut que cette séquence soit le primer de l'ADN 2 lors du PCR à l'aide d'enzyme de restriction on va découper ce qu'il y'a autour pour n'avoir que la séquence ( je ne sais pas si il existe des enzymes de restrictions qui peuvent découper cette suite, mais là ce n'est qu'un exemple).  [...]

[Biologie Moléculaire] Choisir le bon vecteur?

1- ma sequence d'adn doit etre coupe des 2 bords par la meme enzyme. Or je retrouve pas le meme site de restriction 2 fois dans ma sequence.  [...] vous pouvez utilisez 2 enzymes de restrictions aussi..mais cette fois vous allez remplacer une séquence du vecteur (elle va être coupée par 2 enzymes différents, chaqu'un d'un coté )par votre séquence d'ADN (qui va être aussi coupée par lé deux)...P.  [...]

Clonage orienté

Je suis bloquée, j'ai un peu de mal avec les enzymes de restrictions et je comprend pas tout à fait ce que l'on me demande. Sachant que l'on veut un clonage orienté, on me demande de choisir les enzymes de restrictions utilisable du côté de la bordure portant la séquence du promoteur T7 sachant que le fragment d'intérêt contient un site SacII.  [...] Si c'est bien le cas, cela signifie que tu ne peux pas utiliser SacII pour le clonage. En effet, le clonage va consister à amplifier ton insert avec des oligos de PCR portant des sites de digestion aux enzyme de restriction voulues. On ne veut donc pas que la digestion en question coupe ton insert en deux.  [...]

[Biotechnologie] An efficient TALEN mutagenesis system in rice

Je suppose que les séquences ciblées par les enzymes de restrictions participent du transgènes, auquel cas on digère la séquence ADN et on regarde ce que ça donne par PCR pour détecter les inserts.  [...] and by sequencing. The mutant sequences we have identified contain contain small deletions and insertions. Most mutations are small deletions ranging from 1 to 20 bp, and they often occur in the spacer region between the TALEN binding sites [34]. With this protocol, the PCR/RE assay cannot be applied to a target locus if no restriction site is found in the spacer region.  [...]

[Biologie Moléculaire] Mutagénèse dirigée qui ne fonctionne pas

3) Si mes primers les plus extrèmes contenant les sites de restriction uniques du plasmide ont leur séquence commençant directement par ces sites de restriction uniques, y a t-il trop de risques qu'ils soient modifiés (et donc que je perde mes sites de restriction) par une enzyme qui perdrait de sa fidélité justement là où je veux pas.  [...] La plus part des enzymes de restrictions ont besoin de quelques bases de part et d'autre du site pour se fixer a l'ADN si ton site est exactement a l'extremité de l'ADN beaucoup d'enzyme ne couperont pas du tout. ca va etre super galere.  [...]

interpretation electrophorese d'un plasmide purifié

OK merci bcp. j'ai aussi un autre problème avec cette fois ci une électrophorèse ou on a utilisé des enzymes de restrictions EcoR1 et Hind3 avec notre plasmide.  [...] ce que je ne comprend pas c'est que le site de coupure de EcoR1 et Hind3 est le même alors que sur toutes les doc que j'ai consulté ils disent que hin3 a deux sites de restrictions eet nous on en a obtenu qu'un.  [...]

[Biologie Moléculaire] Comment séquencer un génome inconnu ?

J'ai pensé pour séquencer d'extraire l'ADN de l'organisme puis de digérer celui-ci avec des enzymes de restrictions. J'obtiens ainsi différents fragments dont les quelques nucléotides aux extrémités sont connus grâce aux sites de restrictions. Est-il possible alors d'y hybrider de façon spécifiques des sondes pour permettre un séquençage avec la méthode de Sanger par exemple (car les sondes sont plutôt longue par rapport aux sites de restriction non ).  [...] Bonjour, on pourrait designer des amorces aléatoires et faire des séquences avec. Si par hasard une séquence marche alors on peut faire une marche sur chromosome. designer des amorces à partir de la region séquencée pour lire de plus en plus loin. Ça c'est la méthode à l'ancienne.  [...]

[Biologie Moléculaire] Site de restriction

Je vais cloner un gène dans un vecteur (pET21a et pGEX 4-T-2) et je vais ajouter des sites de restrictions dans mes primers avant de lancer la PCR. Quels procédures peut-on suivre pour faire introduire des sites de restrictions dans les séquences de nos oligonucléotides dans le but d'une expression dans Ecoli par exemple le sens de lecture du vecteur/lecture en phase, présence de ces enzymes dans polylinker, enzymes ne coupent notre gène.  [...] Ce n'est pas bien compliqué dans le principe, il s'agit simplement de designer, disons les 20 premières bases de votre séquence et de coller un site de restriction devant. Comme les enzymes de restrictions sont des endonucléases, il faudra aussi bien penser à mettre 6 bases en amont.  [...]