• Santé - Recherche, Protéines, Séquence

Séquence protéine : isoforme annotée Cra?

En naviguant sur Pubmed à la recherche de la séquence de protéines d'intérêt, je suis tombé sur des isoformes annotées Cra_a Cra_b etc.  [...] Curieux de la signification du Cra j'ai recherché sur google, et me suis appercu de l'existence de nombreuses protéines pour lesquelles il existait des isoformes annotées de ce Cra.  [...]

[Bioinformatique] Blast et faible score

Pour commencer, je cherche à identifier la protéine en réalisant une recherche sur une base de donnée tel que PROSITE qui permet d'identifier la famille de protéine de ma séquence Y.  [...] Mon soucis est que ce passe t'il si les résultats de mon BLAST ne donne que des scores et pourcentage d'identité de séquence faible Quelles autres démarche puis je entreprendre afin d'en savoir davantage sur ma séquence Y.  [...]

Criblage

Dans la synthèse de l'insuline in vitro par exemple, on effectue un criblage des colonies blanches obtenues après ensemencement sur un milieu contenant le lactose. On rechercher les bactéries ayant un plasmide contenant le gène recherché mais le fait que ces colonies soient blanches, cela veut dire pas d'expression du gène de la beta-galactosidase et donc insertion du gène d'intérêt non.  [...] Au fait, je parlerais plutôt de sélection plutôt que criblage. Criblage ça implique une recherche d'une nouvelle molécule (séquence d'ADN, ADNc, protéines,...).  [...]

Protéines de surface de l'Hépatite B. Help!!!!

Je cherche des sites où l'on peut trouver la séquence du virus de l'Hépatite B et en particulier des protéines de surface (PréS2, PréS1 et S)...Je sais que ça existe parce que j'avais trouvé un site qui était une véritable mine d'or mais malheuresement, je n'arrive pas à le retrouver et ça fait plusieurs jours que je m'acharne ( j'avais noté l'adresse mais plusieurs évènements ont fait que je ne l'ai plus...).  [...] Mais ça n'est pas exactement ce que je recherche. J'ai beaucoup de site mais pas un seul ( à part le deuxième que tu m'a donné) qui me donne des détails (très) techniques sur les protéines de surfaces et notamment leur séquence...et ça me fait enragé parce que j'en avais trouvé un mais comme je l'ai dit dans mon premier message, je l'ai perdu.  [...]

[Biochimie] Interactions protéine-protéine

Si tu connais la topologie générale des protéines auxquelles ta protéine se fixe, tu peux en retirer la séquence primaire générale, conservée qui défini ce domaine. Il suffit de voir quels sont les séquences conservées, les séquences consensus qu'on retrouve dans plusieurs cas.  [...] Une fois cette séquence identifiée tu pourras effectuer un BLAST (une recherche dans les bases de données de ta séquence), tous les gènes contenant cette séquence t'apparaitrons. Ils auront donc une chance de s'associer à ta protéine. (ça peut ne pas être le cas, l'analyse informatique est une étude préalable).  [...]

[Biochimie] Modélisation de protéines

Je suis à la recherche d'un logiciel (ou site web) permettant de modéliser le repliement d'une protéine selon la séquence en acide aminé. En clair, je veux voir comment se repliera une certaine séquence en 3D, afin de voir si j'obtiens des hélices, etc.  [...] ...). Pour avoir un rendu plus réaliste, il y a des outils plus complexes qui calculent l'energie de la protéine en fonction de sa conformation, permettant de déterminer la conformation la plus réaliste, mais il faut maitriser des paramètres comme la composition du milieu, etc.  [...]

[Biochimie] sequençage de novo MS/MS

Cela signifie que la plupart du temps les protéines recherchées ne sont pas enregistrées dans des bases de données et qu'il est donc nécessaire de déterminer leur séquence.  [...] La détermination de la séquence en acides aminés de protéines par spectrométrie de masse correspond au séquençage de novo.  [...]

[bio cellulaire] insertion dans le réticulum endoplasmique

Une séquence signal d'insertion dans le RE est présente dans la séquence primaire des protéines cellulaires dont la destination finale est.  [...] D'accord, mais prenons la phrase a l'envers. Les proteines a destination du Golgi possedent une sequence signale d'insertion au RE dans leur sequence primaire.  [...]

[Biochimie] conversion fasta/PDB

Si vous avez juste la séquence et pas l'identifiant du gène/de la protéine en question, vous pouvez faire une recherche avancée sur le site de la PDB ( http.//www.rcsb.org/pdb/search/advSearch.do ) en copiant la séquence dans le champ adéquat. Un blast ira chercher les fichiers PDB qui correspondent à votre séquence.  [...] Avec l'identifiant c'est plus simple. Vous rechercher sur uniprot ou autres l'identifiant PDB sur la fiche de votre gène/proteine (que vous retrouvez avec votre identifiant).  [...]

[Biologie Cellulaire] ARN(m,t,r) possèdent un signal NES après maturation?

Les NLS et NES sont des signaux protéiques donc les ARN ne possèdent pas de NES. Par contre, après la transcription, des protéines viennent se fixer sur les ARN et ce sont certaines de ces protéines qui possèdent la séquence NES nécessaire à l'export de l'ARN.  [...] Je n'ai pas vu en cours comment se fait l'export des ARNt mais bon sans doute comme les autres, c'est à dire avec des protéines qui se lient dessus et qui ont une séquence NES reconnue par une exportine.  [...]