• Santé - Rapports, Concentration, échantillons

[Immunologie] Normalisation de données issues d'un séquençage NGS (ARN)

Le principe de la normalisation des données, c'est qu'au cours du processus d'extraction, purification, RT, etc, tu peux perdre une fraction significative de tes ARNs. Du coup, d'un échantillon à l'autre, les quantités d'ARNs varient totalement. Mais les rapports de concentrations entre gènes (au sein d'un réplicat), ou de gènes de ménages au sein de ton expérience, ne changent pas.  [...] Ce que ces algorithmes effectuent, c'est rechercher un groupe de gènes, dits gènes de ménage dont les rapports de concentration sont les mêmes au sein des réplicats et également entre les échantillons. Une fois ceci fait, toutes les concentrations des autres ARNS sont normalisées par ces gènes de ménage, ce qui permettra d'identifier des changements.  [...]

[Biologie Moléculaire] Problème de migration électrophorèse (produits bloqués dans les puits)

J'ai donc essayé de diluer de moitié ces échantillons purifiés (kit Quiagen) (concentrations entre 50 et 80 µg.ml-1, rapports A 260/280 entre 1.66 et 1.9), mais les produits restent coincés dans les puits.  [...] Ici tu as des smear ce qui explique la diversité des tailles des fragments d'ADN obtenus aprés PCR, je doute aussi qu'il y'est de l'ARN dans ton echantillon... si c'est le cas tu devrais peut être faire un traitement avec la RNase et refaire la migration.  [...]

[Biologie Moléculaire] Concentration dosage ARN

Ca me parait juste énorme d'avoir de telles concentrations grâce à un kit commercial. J'avais des rendements dans ces eaux là mais par la bonne vieille méthode de l'extraction au phénol, mes rendements par kit étaient beaucoup moins importants.  [...] Sinon pour mes concentrations, mes DO à 260 tournent entre 0,6 et 0,8... J'ai battu le record de l'année au labo', mais vu que je pars à partir de protoplastes (cellules végétales sans paroi) ce n'est pas si étonnant d'après le M. Record du labo. Moi aussi ça me laissait un peu perplexe. En tout cas, les RT derrières étaient nickel.  [...]

[Physiologie] Les équations de Donnan, Nernst et GHK

Donnan et Gibbs ont démontré que les ions diffusibles se distribuent de façon à ce que, à l'équilibre, leurs rapports de concentration soient égaux.  [...] Comme la concentration de ions Cl- est plus importante à l'extérieur de la cellule, les Cl- ont tendance à entrer dans la cellule en suivant leur gradient chimique.  [...]

Arrivée en Europe de produits transgéniques interdits ?

Cela nous a fait prendre conscience de la nécessité d'approfondir la collaboration entre les États-Unis et l'UE afin d'aligner les méthodes de test et le processus d'échantillonnage dont font l'objet les OGM.  [...] Le CCR étudie également des rapports de Greenpeace, dont les auteurs affirment avoir trouvé des échantillons de ce type de riz transgénique illégal en vente dans des supermarchés et restaurants chinois en Allemagne. Des efforts supplémentaires s'imposent pour assurer l'harmonisation des méthodes de mesure communautaires et ainsi veiller à ce que ces produits ne se retrouvent pas sur les étagères des supermarchés.  [...]

[Microbiologie] Antibiogramme pour tester l'activité de nouvelles molécules.

Rappelons qu'à chaque prélèvement d'un volume (solution mère et solutions filles) c'est un delta d'incertitude de plus par prélèvement. L'idéal est donc de préparer la concentration final en une seule dissolution, et de prélever le volume pour imbiber les disques d'antiobiogramme en une seule fois.  [...] Bonjour à tous. J'ai refait le protocole. Cette fois-ci le volume déposé est le même et ce qui change c'est la concentration en substances. Ceci est plus conforme aux recommandations. Concernant le DMSO, j'ai des rapports de travaux antérieurs d'équipes de recherche qui prouvent que le DMSO n'a pas d'activité antibactérienne ni antifongique aux volumes de 10, 25 et 50 microlitres déposés sur les disques utilisés.  [...]

[Biologie Moléculaire] Dilution d'ADN "contaminante"?

Sinon, au labo, pour avoir une meilleure estimation de la concentration d'ADN, on mesure l'absorbance également à 320 nm. A cette longueur d'onde l'ADN n'absorbe pas donc la valeur devrait être nulle. On fait donc la soustraction A 260 -A 320 pour obtenir la vraie absorbance à 260 nm.  [...] C'est vrai, mais les rapports 260/280 sont très peu affectés (variation de 0.01 entre mes 2 rapports A 260 /A 280 ) alors que les concentrations bougent de 408ng/µl à 550 ng/µl entre mes 2 mesures pour un même ADN.  [...]

[Physiologie] Potentiel d'action

l'intérieur de la cellule est riche en ions potassium, 35 fois plus qu'à l'extérieur, alors que la concentration en ions sodium est 20 fois plus faible qu'à l'extérieur de la cellule.  [...] Edit 2. ce n'est pas le fonctionnement de la pompe qui explique pourquoi une différence de concentration se traduit en une différence de charge, elle même en une différence de potentiel.  [...]

Biostatistiques

Dans les rapports scientifiques, quand un résultat (exemple. taille moyenne des individus d'un échantillon) est donnée sous la forme X ± Y, Y correspond bien à l'erreur standard.  [...] si c'est de simples mesures tu peux tracer un histogramme pour voir si la distribution a l'air symétrique unimodale. Si c'est le cas, tu fais l'hypothèse que la moyenne empirique suit une loi normale (le théorème central limite assure que quand la taille d'échantillon est grande la distribution de la moyenne empirique est gaussienne, mais la vitesse de convergence dépend de la distribution des mesures, si elle est trop mal foutue ça converge lentement et tu ne peux pas supposer qu'avec 40 valeur tu est proche d'une loi normale).  [...]

[Biologie Cellulaire] Le potentiel de membrane

On tire cela de la formule de Nernst qui établit le rapport entre les différences de concentration et la différence de potentiel.  [...] La formule de Nernst s'applique toujours mais elle nous conduit à établir l'équilibre de Gibbs-Donnan qui établit des rapports de concentrations entre les différents ions.  [...]