• Santé - Rapports, ARN, ADN

[Biologie Moléculaire] DNAse est elle essentielle à l'extraction d'ARN (pour qPCR)

Ma question étant, l'étape Rq1 Dnase est elle essentielle si on veut faire ensuite une RT, qPCR (surtout si nos rapports sont bons au Nanodrop) Puis je traiter à la Rq1 juste avant de faire la RT et inactiver mon enzyme à 65° et ne pas reculoter après.  [...] Le nanodrop est un spectro qui va distinguer les acides nucléiques (ARN + ADN) des protéines. Le fait que les rapports soient bons ne vous renseigne pas sur le ratio ARN/ADN. Ne prenez pas cela comme une référence de pureté de vos ARN.  [...]

[Biologie Moléculaire] molécule d'ADN

On appelle appariements de Watson et Crick les jeux de liaisons hydrogène formés entre les bases des deux brins formant la double hélice (bases appariées) de l'ADN. Pour des raisons structurales, l'adénine ne peut s'apparier qu'avec la thymine (paire A-T) en formant deux liaisons hydrogène, et la guanine ne peut s'apparier qu'avec la cytosine (paire G-C) en formant 3 liaisons hydrogène.  [...] Tu as la bonne réponse, mais pas tout à fait la justification exacte. il vaut mieux dire que l'égalité que tu proposes n'est pas vraie en général, comme tout autre rapport A/G, et que donc on ne peut rien prévoir.  [...]

[Biologie Moléculaire] Q-CPCR encore !

Mais, si tu t'intéresses au niveau d'ARN dans une cellule donnée, tu vas exprimer le niveau de transcription de ton gène par rapport à R. Comme tu ne connais pas R, tu vas utiliser un multiple de R (le même pour les 2 tissus pour que cela soit comparable), par exemple la quantité d'ARN que tu as utilisé pour faire ta RT.  [...] Au fait quand tu fais ton extraction, ce sont des ARN totaux ou des ARNm spécifiquement Si effectivement tes cellules expriment des quantités différentes d'ARN, faudrait voir la part des messagers par rapports aux autres, pour voir lors de ton dosage par spectro si des différences d'expression des ARNm influent bcp sur la quantité calculée.  [...]

[Biochimie] DO 260/280 et 260/230

Je sais que ces rapports permettent de verifier la pureté de l'ARN, mais pourquoi des rapports supérieur à 2 que cela signifient-ils.  [...] Maintenant si ta question est Pourquoi on peut pas avoir un rapport de 10'000 si on a pas du tout de contaminant, alors là, sauf erreur de ma part, et c'est pourquoi j'ai accentué le MAJORITAIREMENT, c'est que les acides nucléiques absorbent aussi un petit peu à 230 ou 280, ce qui fait que la mesure de l'absorbtion à 230 ou 280 n'est jamais de 0.  [...]

[Biochimie] rapport A+T/G+C dans l'ADN

Je ne pense pas que toute nos cellules aient les même rapports ATCG ne serait ce que pour les cellules lymphocytaire où l'ADN est remanié, les cellules germinales, les cellules ayant subies des mutations et que dire des végétaux, véritables chimères géniques.  [...] Pour la A je dirais faux car les molécules d'ADN d'une cellule sont les différents chromosomes or ces derniers ne sont pas identiques entre eux donc leur rapport de bases indiqué sera différent.  [...]

quantification des ARN

Le problème c'est que je n'ai pas de DEPC (commande en cours) et notre autoclave est en panne. je ne peux pas faire de gel RNAse free. Est-ce que mon ARN va être tout dégradé sinon je l'ai dosé en spectro, dans de l'eau DEPC, mais mes rapports 260/280 sont trés bas, vers 1,4.  [...] En fait j'utilse un kit, alors pour savoir ce qu'il y a dedans... C'est un tout nouveau, pour extraire l'ARN du sol. On l'avait pris pour essayer, sinon j'utiliserai un autre protocole après, mais je n'ai pas encore tout reçu.  [...]

[Biologie Moléculaire] Dilution d'ADN "contaminante"?

C'est vrai, mais les rapports 260/280 sont très peu affectés (variation de 0.01 entre mes 2 rapports A 260 /A 280 ) alors que les concentrations bougent de 408ng/µl à 550 ng/µl entre mes 2 mesures pour un même ADN.  [...] Je ne l'avais pas fait, mais après soustractions et redivisions, c'est un peu mieux pour les rapports (A260-A320)/(A280-A320). Mais les différences sont toujours à peu près les mêmes.  [...]

[Biologie Moléculaire] extraction d'ARN

je travaille actuellement sur l'extraction d'ARN à partir des leucocytes. j'ai pu avoir de bons rapport DO260/280 mais le probléme que j'ai conserne l'absorbance à 230 nm qui est trés élevée et donc mes rapports 260/230 sont trop faibles (0,...). Je sais que ceci peut être due à une contamination par le phénol mais j'aimrais savoir s'il existe d'autres explications à ça et est ce que l'éthanol absorbe à 230 nm.  [...] Juste pour vous dire que j'ai retenté une extraction d'ARN en faisant un lavage supplémentaire au chloroforme et mon rapport DO 260/230 est passé de 0,4 à 1 donc nette amélioration. J'ai dû cependant compenser la perte de rendement d'ARN en partant d'une quantité d'échantillon de 30% supérieure.  [...]

[Biologie Moléculaire] Question purification QIAprep

Malgré les rapports à écrire, il faut que les manips avancent un peu... J'ai envoyé mes plasmides recombinants à séquencer, mais la qualité de l'ADN n'était pas vraiment terrible. Ce que je ne comprends pas, c'est. pourquoi Je fais des précultures avec mes antibios (kana et chloramphénicol) en milieu minimum sur lesquelles je fais les QIApreps (20 ml de préculture à DO600 = 1.  [...] Edit. J'ajouterai que c'est une manip un peu ancienne, et que souvent l'ADN est de mauvaise qualite... generalement on fait ca pour economiser un peu d'argent en faisant une miniprep au lieu d'une maxi prep. Si c'est l'argent ton probleme, tu peux faire une extraction phenol/chloroforme (jusqua la precipitation), puis echainer avec une miniprep pour bien purifier ton ADN.  [...]

Expériences en génétique…

Il n'y a pas besoin de connaitre la taille du gène (d'ailleur tu fais migrer de l'ADN ou de l'ARN et pas forcément un gène) car tu fais migrer un marqueur de taille à coté. On utilise l'électrophorèse par exemple pour contrôler les manips que l'on fait. Par exemple si tu veux voir si un gène que tu as voulu insérer est bien présent dans un plasmide, tu peux faire une restriction en coupant dans le gène hypothètique et tu calcules la taille des fragments obtenus en supposant que ton gène est présent.  [...] Les gènes de résistance aux antibiotiques, que possèdent les bactéries, sont situés sur ce qu'on apelle des plasmides. Un plasmide c'est de l'ADN circulaire (en général) qui ne fait pas partie du chromosome bactérien. Ce plasmide possède des gènes qui globalement sont considérés comme annexes par rapports aux gènes du chromosome bactérien.  [...]