• Santé - Quantité, Minimum, ARN, Puce

[Biologie Moléculaire] Microarray

je voudrais savoir quelle est la quantité minimum d'ARN qu'on peut déposer sur une puce microarray.  [...] c'est étonnant que ça ne soit pas noté sur le mode d'emplois de la puce... si tu ne l'as pas le site internet du fabricant le mettra surement à ta disposition.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction d'ARN pour puce

j'essaye d'extraire des ARN bactériens à partir d'un nombre restreint de cellules dans une solution qui contient pas mal de proteines. déjà c'est pas très simple d'avoir une quantité suffisante pour puce (10µg), et en plus je viens de les vérifier sur une puce agilent et je me rend compte que la plupart de mes arn extrait sont des 5s.  [...] tu essaies d'obtenir des mRNA je ne sais pas pourquoi tu as plutôt des 5S que des 18S ou autres (je me souviens jamais les différences entre procaryotes et eucaryotes...), mais de facon générale, dans toute extraction d'ARN, les ribosomiques sont en quantité écrasante par rapport aux autres ARN.  [...]

[Urgence] question

Voilà mon problème je microdissèque des cellules cancéreuses de prostate et je me demandais quelle était la quantité d'ARN dans une seule de ces cellules. Comme je fasi de l'extraction avec passage sur puce ensuite, cela m'aidera beaucoup.  [...] Il est vrai que ma question peut paraître un peu saugrenue mais comme je travaille sur de petits échantillons maximum 10000 cellules (et je dis bien maximum) prostatiques, j'ai quelques difficultés à extraire correctement mes ARNs je pense que je suis limite par rapport à mon kit d'extraction.   [...]

[Biologie Moléculaire] Que devient l'ARNr dans une reaction de RT

2/ une puce (c une toute petit plaque avec 16 mini puits) dans chaque puits tu dépose un gel qui contient un Dye spécifique de ton ARN (contrairement au BET) tu ajoutes ensuite un tampon et un ladder de poids moléculaire. L'appareil analyse tes échantillons 1/1 en commençant par le marqueur qui sert de PM et d'étalon.  [...] Je fais de la Q-PCR donc c'est vraiment important pour moi de vérifier la qualité de mes ARN. L'avantage c'est qu'on peut déterminer la quantité et l'intégrité de nos ARN en une seule manipe grâce au fameux RIN. Voici un lien d'une publi sur l'importance de l'intégrité de l'ARN.  [...]

[Biologie Moléculaire] Meilleure technique d'extraction ?

J'utilisais la puce GeneChip CustomID multipathogènes d'Affymetrix. Enfin, la 1re génération, pendant que j'étais là, on finissait la 2nde et on a commencé à la tester. C'est une puce de re-séquençage, pas d'expression.  [...] Je ne connais pas les détails des conditions d'hybridation sur CGH. As-tu un seuil de quantité d'ADN pour pouvoir hybrider Dans mon cas, je m'intéressais aux quelques minimes copies de génomes viraux que je pouvais chopper dans le sang total et donc, je devais avoir au minimum 10 7-8 copies de génomes viraux pour espérer détecter quoi que ce soit sur la puce.  [...]

mesure de l'expression d'un gene

En fait, je crois que la PCR quantitative est plus fine pour quantifier, mais comme le northern, cette technique va m'indiquer la quantité de proteine présente à un temps t, or je veux connaitre le taux de transcription d'un ARN et pas sa concentration.  [...] gloups en effet j'ai tapé un peu vite, pour Run ON et PCR quantitative c'est pour l'ARNm et pas la proteine sorry mais ce que je voulai dire c'est que oui la PCR est plus fine mais c'est une mesure de la quantité globale d'ARN aussi fine soit elle. Le RunON dose l'ARN transcrit pendant un temps t, et comme je veux connaitre mon taux de transcription, c'est plus adapté non.  [...]

[Biologie Moléculaire] traitement à la DNase inefficace...

la bosse étant à droite du 28S, il ne me semble pas logique qu'il s'agisse d'ARN dégradé. Une collègue qui a de l'expérience en puce agilent m'a donné cette interprétation.  [...] j'ai repris mon échantillon dans une puce, apres dénaturation (2 min, 70°C), et j'ai gagné 2 RIN pour un échantillon. par contre, la bosse reste, et ressemble plus à un pic érodé... toujours est-il que je vais faire la dénaturation en routine maintenant. Comme conseillé par agilent.  [...]

[Biologie Moléculaire] Etapes de mise au point qPCR - gène peu exprimé

Une efficacité de 92% c'est déjà pas si mal étant donné que tu est encore dans la mise au point non en effet les Ct sont élevées... surtout pour les cellules exprimant fortement le gène, peut être y a t'il dégradation de tes ARN avant la rétro-transcription.  [...] Concernant l'extraction d'ARN, je ne pense pas qu'il y ait de souci puisque j'ai fait migrer mes ARN dans une puce de bioanalyzer Agilent 2100 et ils sont nickels. J'ai utilisé de l'eau RNase free.  [...]

[Biologie Moléculaire] RT-PCR à partir d'ARNtot possible ?

Dans mon labo (où je ne suis qu'une stagiaire M2) on extrait les ARN sur colonne avec les kit quiagen. kit mini pour moins de 10 millions de cellules et kit micro en dessous de 500 000 cellules. Ca marche bien. je fais des PCR quantitatives à partir de l'ARN de 160 cellules de souris.  [...] Si tu veux tester la qualité de tes ARN il faut trouver un labo ou ils ont des machines Agilent. on dépose 9 échantillons sur une puce qui resseble à une microplaque et on lance la machine magique qui recrée un gel virtuel par ordinateur. On peut avoir des beaux résultats pour 500 cellules seulement.  [...]

Vous êtes ce que vous mangez... et ce qu'a mangé votre papa !

Ces mécanismes extrêmement importants sont régulés par des modifications réversibles de l' ADN ou par la dégradation ou l' inhibition de la traduction des ARN messagers. Ce sont ces mécanismes qui déterminent par exemple la spécialisation des cellules d'un même organisme, qui portent pourtant toutes le même génome.  [...] Plus précisément, ils ont prélevé le foie des souriceaux âgés de trois semaines pour en extraire les ARN. À l'aide d'une puce à ADN permettant la comparaison rapide et précise de l''expression d'un grand nombre de gènes, les chercheurs ont cherché d'éventuelles différences entre les souriceaux issus de pères au régime (alimentation pauvre en protéines) ou de papas nourris normalement.  [...]