• Santé - Quantité, Cible, Facteur

[Biologie Moléculaire] Comment analyser les résultats de PCR quantitative???

Comme on double la quantité d'ADN à chaque cycle, une différence d'un Ct entre 2 échantillons correspond à une différence d'un facteur 2 en quantité d'ADN cible.  [...] J'arrive à la précision du facteur 2. La PCR marche par cycle de doublement de la quantité d'ADN-cible. Au cycle c, on a n copies de la cible, au cycle c+1, on a 2n copies dans le tube. La précision de la mesure par l'appareil est de +/- 1 cycle, donc plus ou moins un facteur 2.  [...]

analyse de résultats PCR-Q

Je suppose que tu parles de la différence de Ct (cycle-seuil) Si il y a une différence de 1 Ct, ça veut dire que tu as une différence de la quantité de cible d'un facteur 2 entre tes 2 réplicats. Par exemple, 1000 copies dans un et 500 copies dans l'autre.  [...] Moi, je prends un seuil de 1 comme limite car je ne suis pas sûre que la PCR Q soit précise en-dessous. La valeur 0,5 me parait faible. elle correspond à une différence du nombre de cibles de 1,4 (par exemple 1000 et 1400 copies)... Evidemment, la précision de la mesure dépend de la précision avec laquelle on pipette.  [...]

Normalisation RT-PCR quantitative

Pendant la phase exponentielle de la PCR, la quantité d'ADN double à chaque cycle, ce qui signifie qu'une différence d'un cycle entre 2 Ct correspond à une différence d'un facteur 2 des quantités initiales d'ADN cible. C'est le 1er delta de Ct.  [...] Réaliser la PCRq avec 3 dilutions de la même RT permet de vérifier que le nombre de copies du gène cible est bien proportionnel à la quantité de RT. Si ce n'est pas le cas, on a saturé la réaction (trop d'ADN -. diluer) ou on est dans le bruit de fond (pas assez d'ADN, mettre + de RT).  [...]

[Biologie Moléculaire] RTqPCR VS mesure de l'activité du promoteur

L'équipe bosse sur un facteur de transcription ( on l'invalide et on voit ce qui se passe). l'une des expériences consiste à quantifier l'activité transcriptionnelle du gène cible (gène X) de ce facteur de transcription. Pour cela l'équipe a fait une RTqPCR ( ok classique) et en parallèle ils ont quantifié l'activité de la luciférase ( dont le gène fu cloner en aval du promoteur du gène X).  [...] La réponse que j'ai eu est que. la quantification l'activité du promoteur est une technique qui permet de valider la RTqPCR...cette réponse n'est pas suffisante (surtout pas face à un jury) car si on valide une technique par une autre c'est qu'elle a un point faible.  [...]

qPCR : Pourquoi soutraire le CT values et pas les diviser

J'ai compris par moi même finalement, en fait on divise bien la quantité du gène cible par le control (gapdh par ex), c'est juste qu'on a pas accès aux quantités mais aux CT qui sont des fonctions exponentielles de la quantité.  [...] Maintenant si on divise I0 du gène cible par I0 du gapdh, en simplifiant le tout on a le ratio R, qui est la quantité de cDNA normalisée par GAPDH.  [...]

Santé et thé.

Le taux de théine sera très faible au fur à mesure des infusions et la quantité de théine absorbée sera également faible. ##################### Ci joint un petit lien sur l'infusion du thé[/URL].  [...] En ce qui concerne la biodisponibilité de ces nutriments, celle-ci se définit comme la proportion de l'apport alimentaire qui sera effectivement présente et capable de remplir un rôle biologique dans l'organe cible, par rapport à la quantité ingérée. Elle prend en compte de nombreux facteurs comme le mode d'absorption, le métabolisme dans l'intestin et le foie, comment il sera transporté et distribué puis éliminé.  [...]

[Génétique] PCR - Calcul du nombre de cycles

Je partirais du principe qu'un microgramme représente Da. Avec un amplicon de 2001 pb qui fait Da, on peut calculer le nombre de cycles nécessaires pour arriver à 1 microgramme si on commençait avec un seul template. Après, il suffit de trouver encore combien de templates on a dans notre échantillon de départ avec le fait qu'on a 10 ng d'ADN de 1 milliard de pb.   [...] Ensuite, vu que tu sais comment se comporte la quantité d'ADN a chaque cycle d'amplification, il suffit de calculer le nombre de cycles pour arriver a 1µg.  [...]

GDNF et maladie de Parkinson : premier essai limité mais prometteur

La cible précise du facteur neurotrophique a été déterminée par imagerie radioactive. il s'agit du putamen, un des noyaux gris centraux, particulièrement déficient en dopamine.  [...] Le Dr Svendsen, biologiste à l'Université du Wisconsin et coauteur de l'étude parue dans la revue Nature Medicine, espère que les cellules souches neuronales sur lesquelles il travaille pourront, à terme, remplacer les pompes afin de produire le GDNF.   [...]

[Biologie Moléculaire] Clonage

Il est possible d'obtenir de grande quantité de protéine en le faisait produire par des bactéries ayant reçu le plasmide recombinant contenant le gène cible.  [...] Il y a aussi un souci possible avec les bactéries, certains codons eucaryotes ne sont pas très bien processés par les souches classiques, ce qui entraine un certain nombre d'erreurs et peut être à l'origine d'une efficacité de production réduite. On peut bricoler, ou se procurer des bactéries, génétiquement modifiées cette fois ci, pour corriger cela.   [...]

[Divers] Mathématiques en biologie ?

Et concernant l'étude moléculaire. comment un facteur de transcription, une polymérase trouve sa cible Comment une molécule diffuse dans le noyau Comment deux protéines arrivent à intéragir où il faut, quand il faut.  [...] S'il est peut-être de l'ambition des physiciens de trouver une formalisation réunificatrice entre différentes théories, celle des mathématiciens de se rapporter au plus faible nombre d'axiome possible, ce n'est pas dans les ambitions de la Biologie de pouvoir décrire le vivant avec un minimum d'équations possibles.   [...]