• Santé - Quantité, ARNm, Produit

Expression d'un gène

Un gène qui s'exprime très fortement est un gène dont le produit final (ARN ou protéine) est présent en grande quantité. ça veut dire que le gène est fortement transcrit (et dont l'ARN qui en résulte est grandement traduit si c'est un ARNm).  [...] Concrètement, ça veut dire que tu peux avoir, sur un gène donné, de multiples ARN polymérases qui se suivent les unes derrière les autres, pour générer en un temps réduit un grand nombre d'ARN (quel que soit le type d'ARN). A un niveau très très intense, cela peut donner lieu à une structure dite en sapin de Noël (mes excuses pour cette illustration de piètre qualité).   [...]

sequence de regulation des gènes

Certaines régions régulatrices (promoteur, enhancer/silencer, liaisons à un facteur de transcription,...) jouent sur le niveau transcriptionel, i.e. sur la quantité d'ARNm produit.  [...] D'autres, les régions 3' et 5' UTR (UnTranslated Regions) jouent sur l'ARNm lui même une fois qu'il est transcrit. dégradation plus ou moins rapide, recrutement du ribosome plus ou moins fréquente.  [...]

gènes et transcription

Le promoteur correspond à une région non transcrite de l'ADN, généralement juste en amont du début de la région transcrite, dont la séquence permet le recrutement de l'ARNpol II.   [...] Au niveau de la transcription c'est surtout à ces niveaux là qu'est régulée la quantité d'ARNm produit. Mais là j'ai énormément simplifié le truc.  [...]

[Biologie Moléculaire] couplage inverse ARNm - protéine ??

une qPCR n'a jamais indiqué une quantité d'ARNm, soit c'est une RT-PCR, soit une RT-qPCR mais il manque une précision dans votre énoncé.  [...] Pour confirmer des quantités d'ARNm, une seule solution. comparer avec la production d'ARNm dit de ménage, des ARNm transcrits de manière constante comme l'ARN 16S et reflétant ainsi l'activité de votre cellule. Si votre quantité d'ARNm varie différemment de celle des 16S, cette variation vient bien d'un mécanisme de régulation.  [...]

[Biologie Moléculaire] Transcription ARNr/ARNm

Oui, sans aucun doute il y a plus d'ARNr que d'ARNm. D'autant plus que plusieurs ribosomes peuvent traduire un même ARNm (les polyribosomes). Vu l'importance (qualitative et quantitative) de l'activité protéique dans une cellule, ça ne chôme pas un ribosome.  [...] 3% contre 30%... Ca fait quand même un facteur 10 Peux-tu expliquer pourquoi une quantité si minime te paraît plus normale Il ne faut pas perdre de vue les gènes ne codant pas pour des protéines, mais qui sont quand même exprimés. donc, donnent des ARNm non traduits.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR quantitative

Par ex, si tu as un gène tres faiblement exprimé, donc peu représenté dans tes ARNm, si tu prends une quantité d'ARNm suffisante pour que ton transcrit soit présent, avec un oligo dT il sera amplifié, et en random aussi. En spécifique, de toute facon, et il n'y aura que lui.  [...] Par contre, si tu prends trop d'ARNm, en random et oligodT, ce seront principalement les autres transcrits, nettement plus abondant qui seront réverse transcrit. Donc, dans les mêmes conditions de RT (quantité d'enzyme, temps, quantité de primer, de dNTP), si tu as trop d'ARNm, et que ton transcrit s'exprime peu, il risque de ne pas être reverse transcrit, sauf si tu utilises un oligo spécifique pour la RT.  [...]

Transcription et traduction des gènes

Voilà ce que j'ai appris il y a quelques années. l'épissage se déroule dans un deuxième temps. (l'ARN transcrit s'appelle le transcrit primaire, la modification des extrémités le transforme en préARNm, puis l'épissage en ARNm). Aujourd'hui ce mécanisme est remis en cause il semblerait que la maturation débute alors que le transcrit est encore en cours de synthèse.  [...] Concernant le dernier point, j'ai pensé a la coiffe et au poly A car ils protégeaient l'ARNm des exonucléase, donc de la dégradation, forcément si on enlevait ces 2 parties l'ARNm sera dégradé, peut être que je me trompe, mais c'est ma propre déduction, si quelqu'un pouvait me confirmer, ça serait sympas.  [...]

[Biochimie] Corrélation ARNm et protéine

une question me vient à l'esprit en lisant quelques articles. la surexpression d'une protéine implique-t-elle obligatoirement une augmentation de la quantité de l'ARNm ou peut-elle résulter, par exemple, d'une augmentation de l'activité ribosomale.  [...] Donc, en fin de compte, pour évaluer la surexpression d'une protéine, une QRT-PCR, par exemple, ne suffit pas. Même si la quantité d'ARNm est identique à celle du contrôle cela ne veut pas forcément dire que la protéine n'est pas surexprimée.  [...]

[Biochimie] Comment présenter des résultats de Q-PCR dans un papier.

Je souhaite démonter que la quantité d'ARNm n'est pas modifiée dans une expérience.  [...] pour cela il suffit de présenter un histogramme avec les valeurs absolues, arbitraires, ou rapportées en % de ton témoin. Les valeurs de Ct n'ont que peu d'intérêt dans un papier.   [...]

RT PCR et après ....

Le second probleme evetuel est la quantite de ton amteriel de depart. Si tu es parti d'ARN totaux, je te conseillerais de faire d'abord une purification des ARN polyA, ca enrichira la quantite de ton ARNm dans la popluation d'ARN.  [...] J'oubliais de dire, qu'une autre facon de tester l'expression de ton gene, est de verifier la presence de la proteine par western blot. en comparant cela avec les proteine d'une cellule non transfectee. Cela necessite, cependant, d'avoir des anticorps contre ta proteine, ou d'avoir ajouter un tag a ta proteine.   [...]