• Santé - Quantité, ARNm, Cellules

[Biologie Moléculaire] Calibration qRT-PCR sur cellule unique

Je me demandais dans le cas où l'on réalise une qRT-PCR sur les ARNm provenant d'une cellule unique, est ce qu'on doit partir de la même quantité d'ARNm pour tous les échantillons ou comme c'est les ARNm d'une seule cellule on peut s'affranchir de ce biais puisque l'on compare les niveaux d'expression d'un gène d'une cellule à une autre ( la variabilité des quantité d'ARNm serait inter-cellules) et bien sur en utilisant un gène de ménage comme référence pour chaque échantillon. Je ne sais pas si j'ai été claire.  [...] D'un point de vue théorique, je dirais que non. On fait cela pour partir sur une base commune et éviter tout risque lié à une inhibition du à une quantité trop importante de cibles.  [...]

[Biologie Moléculaire] Q-CPCR encore !

Au fait quand tu fais ton extraction, ce sont des ARN totaux ou des ARNm spécifiquement Si effectivement tes cellules expriment des quantités différentes d'ARN, faudrait voir la part des messagers par rapports aux autres, pour voir lors de ton dosage par spectro si des différences d'expression des ARNm influent bcp sur la quantité calculée.  [...] J'aurais tendance à dire que non, mais je ne suis pas un spécialiste des ARN. Tout ce que je sais, c'est que si j'induis la transcription de gènes cibles d'hormone dans des cellules en culture, je n'ai pas d'augmentation de la quantité totale d'ARN dosée au spectro, alors que par RTqPCR je vois une belle induction d'au moins une 10aine de gène.  [...]

[Biologie Moléculaire] Transcription ARNr/ARNm

Il est clair que les ARNm sont minoritaires dans une cellule. Vous imaginez la quantité d'ARNt, et d'ARNr qu'il faut pour fabriquer une cellule.  [...] Ceci dit, il est fort a parier que la quantité soit fluctuante et qu'une cellule en division active ait plus d'ARNm que la cellule en phase stationnaire.  [...]

[Biologie Moléculaire] couplage inverse ARNm - protéine ??

En comparant une souche de rat A a un autre B, nous obtenons des quantités protéiques (autoradiographie) augmentées. Mais, les ARNm de ces protéines sont eux diminués (qPCR)… El l'inverse pour d'autres gènes. diminution des protéines couplée à une augmentation des ARNm… Comment expliquer ce résultat.  [...] Pour confirmer des quantités d'ARNm, une seule solution. comparer avec la production d'ARNm dit de ménage, des ARNm transcrits de manière constante comme l'ARN 16S et reflétant ainsi l'activité de votre cellule. Si votre quantité d'ARNm varie différemment de celle des 16S, cette variation vient bien d'un mécanisme de régulation.  [...]

CNV: Copy Number Variation

Le nombre de copies d'un gène va influencer la quantité d'ARNm produite et donc la quantité de protéine finale (ou d'ARN si c'est un transcrit non traduit comme pour les miRNA). C'est une relation qui relie l'efficacité en fonction de la dose... Plus tu as de protéine A et plus tu auras d'activité correspondant à l'activité A dans ta cellule.  [...] Ces différences viennent du gène SMN2 qui est présent en quantité variable (0 à 4 exemplaires par locus selon les individus). SMN2 a la même fonction qu'SMN1 et quasiment la même séquence à quelques bases prêt. Seulement ces différences provoquent un exon skipping qui fait que la majorité de l'ARN transcrit sera dégradé avant traduction.  [...]

[Biochimie] cDNA - regulation des genes

''Chacun de ces cercles est un CDNA qui est fixée au fond du puits, on réalise un hybridation dont la couleur va être proportionnelle a la quantité des ARNm ds la cellule qui ns intéresse.  [...] et si ces cDNA son des bouts d'ADN, dans l'expérience ils sont identiques dans les puits et je ne comprends pas non plus le passage des ARNm et quantité d'ADN.  [...]

[Biochimie] Corrélation ARNm et protéine

Donc, en fin de compte, pour évaluer la surexpression d'une protéine, une QRT-PCR, par exemple, ne suffit pas. Même si la quantité d'ARNm est identique à celle du contrôle cela ne veut pas forcément dire que la protéine n'est pas surexprimée.  [...] oui tout as fait. mais la transcription d'une grande quantité d'ARNm augmente les chances d'une surexpression et la présence d'une faible qauntité d'ARNm implique une rapide saturation de celui ci en traduction donc en gros le rt PCR est un bon reflet masi ne suffit pas.  [...]

[Biologie Moléculaire] PCR quantitative

Par ex, si tu as un gène tres faiblement exprimé, donc peu représenté dans tes ARNm, si tu prends une quantité d'ARNm suffisante pour que ton transcrit soit présent, avec un oligo dT il sera amplifié, et en random aussi. En spécifique, de toute facon, et il n'y aura que lui.  [...] Par contre, si tu prends trop d'ARNm, en random et oligodT, ce seront principalement les autres transcrits, nettement plus abondant qui seront réverse transcrit. Donc, dans les mêmes conditions de RT (quantité d'enzyme, temps, quantité de primer, de dNTP), si tu as trop d'ARNm, et que ton transcrit s'exprime peu, il risque de ne pas être reverse transcrit, sauf si tu utilises un oligo spécifique pour la RT.  [...]

Gène de ménage (gène de référence...)

- Et ensuite... Comment J'ai compris que l'on devait choisir un gène qui ne changeait pas mais dans l'exemple vu en cours le professeur a expliqué que par exemple dans 3 échantillons (une référence, une condition 1 et une condition 2) on avait une quantité totale d'ARN égale mais une quantité d'ARNm à quantifier et d'ARN du gène standard en quantité différente.  [...] dans 3 échantillons (une référence, une condition 1 et une condition 2) on avait une quantité totale d'ARN égale mais une quantité d'ARNm à quantifier et d'ARN du gène standard en quantité différente. Ok, mais, comment on a introduit l'ARN standard dans l'expérience.  [...]

[Biologie Cellulaire] Cellules eucaryotes sans noyau

Les tubes criblés du Phloème qui assurent la conduction de sève élaborée, sont constitués de files de cellules vivantes allongées, sans noyau. Ces cellules s'associent avec d'autres cellules sSurs dites compagnes = petites cellules collées contre celles-ci et très actives qui vont assurer le métabolisme des ces cellules énuclées en produisant leurs ARNm etc.  [...] Les tubes criblés du Phloème qui assurent la conduction de sève élaborée, sont constitués de files de cellules vivantes allongées, sans noyau. Ces cellules s'associent avec d'autres cellules soeurs dites compagnes = petites cellules collées contre celles-ci et très actives qui vont assurer le métabolisme des ces cellules énuclées en produisant leurs ARNm etc.  [...]