• Santé - Puces, ADN, Hybridation

[Biologie Moléculaire] Puce DNA Illumina

Qui ici a déja utilisé les puce ADN d'Illumina J'aimerais juste savoir si la qualité de ces puces est bonne après l'hybridation, le protocole, s'ils fournissent des kits, logiciel de traitement et de quantification d'image...etc.  [...] Bref, qu'est ce qui est fournit avec les lames Illumina.   [...]

detection de germes pathogènes

En gros, est-ce que tu disposes du matériel pour pouvoir faire des PCR multiplex quantitatives en temps réel.. (ou encore mieux des puces à ADN ) ou bien alors si tu peux n'obtenir que de simples géloses (a couler toi-même bien sur ).  [...] Sinon, les puces à ADN ont un avenir certain en bactério de routine (que ce soit médical ou agroalimentaire). Il suffira simplement d'obtenir des puces sur lesquelles sont fixées des sondes spécifiques du génome de telle ou telle bactérie puis d'effectuer une hybridation à partir d'un extrait d'ADN du prélèvement à analyser.  [...]

La synthèse d'ADN en laboratoire passe à la vitesse supérieure

Les méthodes actuelles pour fabriquer ne serait-ce que des oligonucléotides standards reviennent cher (de l'ordre de 0,11 dollar par nucléotide ) et affichent des taux d'erreurs importants (1/100 pour les délétions et 1/400 pour les substitutions ou insertions).   [...] George Church, de la Harvard Medical School, et Xialian Gao, de l'Université de Houston (Texas) ont quant à eux utilisé des puces à ADN programmables pour synthétiser des oligonucléotides, les amplifier, les sélectionner par hybridation afin de réduire le taux d'erreur et enfin les assembler.  [...]

Expression de gène

Ils pourront par complémentarité des bases azotées, se lier à l'ADN qu'on a fixé au début, mais seulement si les gènes sont présents. Pour détecter ces hybridations il faudra au préalable marquer par un colorant les ADNc. On pourra donc savoir si la cellule dont on a prélevé les ARN totaux expriment ou pas les gènes qu'on a fixé et amplifié au début.  [...] Autre différence de taille. la puce à ADN est une technique a grande échelle, c'est à dire qu'lle permet de mesurer l'expression absolue ou différentielle d'une grande quantité de gènes en même temps (plusieurs milliers) alors que l'hybridation in situ est ciblée.  [...]

Quel est le principe de la SNP-array?

.. Pourtant, il me semble que toutes les expériences d'hybridation sur puces à ADN sont réalisées à saturation, alors je ne comprends pas du tout comment on peut avoir différentes valeurs d'intensité, qu'il y ai perte ou gain de matériel génétique.  [...] Concernant les BAF, c'est là que j'ai un peu de mal à comprendre la structure de la puce. En fait, elle ne présente pas seulement une zone d'hybridation pour A et une pour B, mais différentes zones associées chacune à un génotype.  [...]

[immunologie] Réaction antigène-anticorps

Chip (et non ship) est le terme anglais pour puce. Il existe des puces à ADN pour étudier les hybridations, des puces à protéines pour les interactions protéiques dont par exemple les interactions Ag/Ac. Sur une surface fonctionnalisée, l'Ag (pour cribler des Ac) ou des Ac pour indentifier des Ag sont liés chimiquement.  [...] Sur cette surface fonctionnalisée est ensuite envoyé l'échantillon à tester. Suivant le marquage (fluorescent souvent) et à l'aide d'une caméra de détection et d'un logiciel d'analyse d'image, il est possible de visualiser les spots qui réagissent...plusieurs milliers de spots peuvent être déposés sur une lame.   [...]

Des puces à ADN pour endiguer les épidémies

Les puces à ADN sont très utilisées en génétique pour accélérer la recherche de certains gènes ou repérer des agents pathogènes. Une puce à ADN est une petite plaque sur laquelle des points microscopiques, alignés en rang, portent le complément des matériels génétiques que l'on veut identifier.  [...] L' épidémie de SRAS avait motivé les recherches sur des puces à ADN car elles permettent d'identifier un agent pathogène. Plusieurs laboratoires travaillent donc sur la mise au point de telles puces. Depuis quelques mois, l'éventualité d'une arrivée massive de grippe attise l'intérêt scientifique (et économique.  [...]

[Génétique] Puce à ADN

Je voulais savoir pourquoi nous devons passer par l'ADNc pour effectuer l'hybridation Un ORF est bien supposé être un gène codant dans ce cas là pourquoi ne pas directement travailler avec des ADN au lieu d'ADNc.  [...] Parce que l'ARNm est très fragile contrairement à l'ADN qui lui résiste à toutes les étapes de l'hybridation sur puce + lecture par le scaner, etc.  [...]

[Génétique] Petite question sur la CGH

Non, l'hybridation ne se fait pas entre l'ADN du témoin et du patient mais avec les sondes fixées au fond de chaque puit qui sont synthétisées de façon à être complémentaires au fragment d'ADN en question (du témoin et du patient mais plus ou moins bien selon qu'il y a des duplications ou des délétions).  [...] Cette hybridation se fait toujours par complémentarité des bases AT et GC. D'ailleurs la complémentarité des bases d'ADN est un des principes fondamentaux dans l'utilisation de la cgh.  [...]

[Divers] Analyse statistique de données des puces ADN

Les données sont des valeurs numériques (chiffres.) issues de l'hybridation sur les lames des puce ADN et scanné par un laser.  [...] Je travaille sur des données issues de puces ADN nylon (marquage radioactif). J'ai 7 puces dont 4 controle et 3 marquées positivement à la maladie d'Epstein Barr (EBV). Et je cherche quels sont les genes différentiellement exprimés entre ces deux conditions.  [...]