• Santé - Protéines, Bases de données, Séquence

[Biochimie] sequençage de novo MS/MS

j'ai une question concernant la spectrometrie de masse pour l'identification des protéines. Lorsqu'on on a un spectre de masse d'un fragment d'une protéine (peptide) on peut de temps en temps le comparer avec une base de données pour trouver la protéine correspondante, mais de plus en plus on effectue un sequençade de novo. C'est ce concept que je n'ai pas bien compris.  [...] Cela signifie que la plupart du temps les protéines recherchées ne sont pas enregistrées dans des bases de données et qu'il est donc nécessaire de déterminer leur séquence.  [...]

[Biologie Cellulaire] (1èreS) Schéma bilan du gène a la protéine ; Bloquer au niveau de la maturation.. (épissage)

Si vous avez la séquence d'acides aminés de ocytocine, en partant du triplet d'initiation (que vous devez connaître ) vous devriez retrouver quelles sont les parties de l'ARN brut traduites (les exons formant l'ARNm) de celles qui ne le sont pas (les introns épissés).  [...] L'ocytocine est produite par hydrolyse progressive d'une protéine précurseur inactive... C'est vraiment un mauvais exemple, je ne comprends pas pourquoi on s'obstine à donner aux élèves ce genre de protéines... D'aileurs la séquence donnée ici ne correspond pas du tout à celle qu'on trouve dans les bases de données sur l'ocytocine, enfin bref ( http.  [...]

[Biologie Moléculaire] [biologie moléculaire] Swissprot

Ici c'est son numero d'accesion dans les bases de donnees. Lors de la soumission de la sequence la banque donne un numero automatique a la sequence. ce numero est unique et permet de retrouver ta sequence. Si plusieurs morceaux de proteines ont ete sequencees independament tu peux avoir plusieurs numeros (a toi de trouver celui qui correspond a la proteine entiere).  [...] SwissProt est une banque de données généralistes de protéines, très fiable si l'on croit ce qu'y disent les mecs Càd que les séquences publiées dans SwissProt sont contrôlées et passent par une annotation manuelle (regarde dans une fiche, tu verras les champs commençant par CC.  [...]

[Biologie Moléculaire] Analyse d'une séquence protéique

Je recherche des sites ou logiciels qui permettent de prédire à partir de la séquence de ma protéine d'intérêt, la présence de domaines de liaisons à des protéines régulatrices, des motifs particuliers, des sites de phosphorylation...etc.  [...] Celà va comparer ta séquence protéique a une multitude d'autres séquences contenues dans des bases de données, et donc te sortir les résultats les plus proches de ta séquence. Cet outil permet également d'annoter des séquences en déterminant des séquences d'intérêt (dont les domaines protéiques).  [...]

logiciel de bioinformatique

Cette recherche est dans le cadre d'une étude sur les différents logiciels de bioinformatique pouvant exister mais elle s'applique plus particulierement sur les rendu d'image et sur la rapidité d'excecusion des logiciel a trouver les information dans les banques de données.  [...] En gros tu cherches des logiciels de modélisation et des bases de données bioinformatiques (séquences ADN, protéines, etc...).  [...]

[Biochimie] Interactions protéine-protéine

Si tu connais la topologie générale des protéines auxquelles ta protéine se fixe, tu peux en retirer la séquence primaire générale, conservée qui défini ce domaine. Il suffit de voir quels sont les séquences conservées, les séquences consensus qu'on retrouve dans plusieurs cas.  [...] Une fois cette séquence identifiée tu pourras effectuer un BLAST (une recherche dans les bases de données de ta séquence), tous les gènes contenant cette séquence t'apparaitrons. Ils auront donc une chance de s'associer à ta protéine. (ça peut ne pas être le cas, l'analyse informatique est une étude préalable).  [...]

[Biologie Moléculaire] Logiciel pour pcr multiplexe

Blast est un programme qui te permet de comparer des séquences à celles présentes dans les bases de données. Il en existe plusieurs types selon ce que tu souhaites faire. blastN, blastP, blastX etc... Les options te permettent de spécifier le type de séquence que tu soumets au logiciel et à quelles données tu souhaites que ce soit comparé (séquences protéiques, nucléotidique.  [...] Pour l'interprétation, la E.value te renvois la probabilité que l'alignement obtenu soit du au hasard, donc plus elle est proche de zéro, plus l'alignement est significatif. En général je regarde d'abord la E-value, puis le query coverage (qui représente en fait la proportion de ta séquence qui est alignée à celle de la base de donnée) et le score qui représente la qualité de l'alignement.  [...]

Un bio-informaticien linguiste ?

Les protéines sont le résultat de l'agencement de 20 acides aminés, chacune représentée par une lettre (a = alanine, g = glycine, s = sérine, etc.) et correspondant à une séquence donnée de bases sur l'ADN.  [...] Ce bioinformaticien a eu l'idée de créer un programme afin de cataloguer tous les mots de la langue anglaise que l'on pouvait trouver dans Swiss-Prot (Swiss-Prot étant une base de données de protéines utilisée comme outil de référence). En utilisant un petit programme et en combinant la Swiss-Prot, et un dictionnaire informatisé de langue anglaise (complete english ispell library), il a pu y déceler que le mot de plus de 5 lettres qui y revenait le plus souvent est ALLELE ( ALLÈLE, type de gènes ) et que le mot le plus long est CHAPSTICK (produit en bâton que l'on met sur les lèvres gercées).  [...]

[Biologie Moléculaire] obtenir un cDNA à partir d'une protéine

Je sais que pour obtenir le cDNA, on applique une reverse transcription de l'ARNm puis on amplifie ce cDNA pour ensuite le séquencer. Mais le problème que je n'arrive pas à resoudre et de retrouver l'ARNm correspondant à la protéine.  [...] On peut faire la synthèse de la molécule d'ADNc en connaissant la séquence de la protéine...en utilisant le code génétique. Etant donné son caractère dégénéré, il restera une incertitude sur certaines bases.  [...]

sequencage du genome humain

Savoir quel est la séquence d'un gene particulier nous permet d'étudier une protéine spécifique aussi. Si on connait la séquence d'une protéine, on peut l'isoler, l'amplifier, et faire exprimer les gènes de la séquence à des cellules hôtes. On peut alors récuperer la protéine, la purifier, et étudier ses fonctions.  [...] Il existe des phénoménes de mutations interchromosomiques qui vont faire que certaines régions des chromosomes ne vont pas se retrouver sur le bon chromosome. Mais là, il y a fort à parier qu'il s'agira d'une mutation qui entrainera de graves conséquences et la personne affectée par cette mutation ne sera plus saine donc on ne la choisira pas pour nous donner un patron de séquence génotypique.  [...]