• Santé - Protéines, Bactéries, Activité, SPE

[Biochimie] Isolement des protéines du périplasme de Bactéries + Test d'activité spé d'une protéine en SDS-PAGE

Alors je pense que c'est plutôt une histoire de vocabulaire, mais pour prouver la localisation de la protéine dont ils étudient l'adressage, les auteurs parlent toujours de tester l'activité spécifique de SodA par SDS-PAGE ou autres techniques d'électrophorèse.  [...] Ce que je comprend pas c'est le lien entre activité spécifique et électrophorèse. L'électrophorèse en sds-page permet de séparer les protéines selon leur taille et donc d'identifier des protéines dans des extrait donnés, mais quel rapport avec l'activité spécifique de la protéine serait-ce simplement le fait que comme ils on des préparation périplasmique pure de contamination et qu'il test la présence de la protéine SodA dans ce compartiment qu'ils appellent ça activité spécifique du périplasme.  [...]

[Biochimie] calcul d'activité de différents marqueurs cellulaire

je dois exprimer l'activité totale dans chaque fraction en µmol de DPIP réduit /min et l'activité spé en µmol de DPIP réduit / min/mg de protéines avec un epsilon= 1,26x 10 puissance 5 cm-1.M-1.  [...] edit. D'après ce que je comprends on te demande l'activité dans la fraction de 1 mL, pas dans les 10 µL de l'échantillon, si j'ai mal compris il faut bien sûr tenir compte de la dilution de l'échantillon. Si je ne me suis pas trompé sur l'interprétation, c'est l'activité spécifique qui va tenir compte de la dilution (en ramenant l'activité à la quantité d'enzyme, et donc au volume de l'échantillon ajouté à ta fraction de 1 mL).  [...]

enzyme et fonctions???

Après peut être faut il voir le fait que kinase ou phosphatase sont des noms de groupes d'enzymes, je ne connais pas les noms de différentes enzymes. mais une kinase que tu retrouve pour la glycolyse dans un hepatocytes, peut se retrouver couplée à une ADNpolymérase par exemple, je sais pas j'invente, mais au final, la protéine n'aura qu'une seule et même activité, transférer des groupements phosphates.  [...] Et aussi, il faut voir aussi l'activité enzymatique de la protéine par rapport aux substrats, par exemple je me souviens en spé de SVT, sur la chaîne de retraitement du Rubp, une protéine intervenait en utilisant de l'O2. Du CO2 pouvait prendre la place de l'O2 mais l'efficacité de la protéine se retrouvait fortement diminuée.  [...]

activité spécifique d'une enzyme et dilution

En TP de biochimie nous avons étudié l'activité de la péroxydase de navet en fonction de différents paramètres. En faisant le compte rendu, il apparaît que l'activité spécifique de la péroxydase augmente au fur et à mesure que l'on dilue l'extrait brut...et je ne vois pas comment cela est possible.  [...] Car normalement, même en diluant ton extrait brut, l'activité spécifique des différentes dilutions resteraient les même car l'unité est des UIE/mg. Par contre, quand tu purifie la peroxydase, tu augmente la proportion de celle-ci et tu diminue la proportion des autres protéines contaminantes.  [...]

[Biologie Moléculaire] Extraction protéines pariétales

Dans le but de faire un western-blot avec un anticorps (polyclonal) je me lance dans des extractions de protéines. Seulement (pas de bol) ma protéine d'intéret est ancrée dans le peptidoglycane de ma bestiole de façon covalente (motif LPXTG). Pour info je bosse sur une bactérie G+ qui a la mauvaise idée de résister au lysozyme.  [...] J'ai une ou deux idées sous le coude. partir sur des volumes d'extraction + importants et précipiter les protéines au TCA tenter un protocole d'extraction des protéines en pH alcalin.  [...]

métagénomique, bio informatique et electrophorese DGGE

et les bactéries que l'on trouve générallement dans le sol sont du genre. pseudomonas, rhizobium, azotobacter, nitrobacter, streptomyces.  [...] ces amorces sont censé se positionner sur l'adn extrait du sol que l'on étudie lors de la pcr afin d'amplifier une partie du gène, cette partie amplifier va alors subir une dgge qui va nous permettre de séparer les differentes bactéries pésente dans chaque échantillon de sol.  [...]

[Biologie Cellulaire] "L'information" TIPE - bactéries

En fait, j'ai bien peur que les bactéries tendent de toutes manières à coloniser leur milieu, et donc, facteur chimique ou pas, elles finiront bien par se rejoindre par manque de place. A ce moment, je devrais peut être utiliser un inhibiteur de division.  [...] Cela me parait étrange étant donné qu'un bon quart des spé de l'année dernière a utilisé des bactéries dans son TIPE il me semble, je me renseignerai.  [...]

[physiologie] alimentation et protéine

Les recettes de nos grand-mères - avec aromates, épices à foison et mode de cuisson doux (mijotage) - préservent certainement mieux l'intégrité biochimique de ces acides aminés que par exemple les réchauffages brutaux à feu vif ou au four à micro-ondes. Après digestion, ces acides aminés sont en principe destinés à être précurseurs d'autres peptides, protéines ou médiateurs divers.  [...] En effet certain bactéries du tube digestif dégradent ces acides aminées notamment l'histidine, la tyrosine, ou l'arginine. Ces composés dégradés forment alors ce qui est appelé des amines biogènes (histamine, tyramine, et putrescine). Ces composés sont considérés comme néfaste car ils ont été associés à des cas d'empoisonnement (notamment pour la viande et le poisson riche en ces aa), certains sont également des facteurs de croissance et de nombreuses études ont montrées qu'ils favorisaient le développent de cancer.  [...]

[Divers] Biais d'usage du codon...

Les gènes arrivés de façon ancestrale ont d'ailleurs souvent reçu le même sort, et on ne peut plus le distinguer des gènes résidents du receveur (Attention, tous les génomes bactériens sont des chimères.).  [...] Arf, je crois que j'ai dit une connerie sur les topoisomérases. Ces protéines n'ont pas vraiment de site bien spécifiques. En revanche, les Facteur de transcription généraux (H-NS, Fis,etc.) eux en ont (plus ou moins spé selon la protéine).  [...]

[Biologie Moléculaire] Binding tests sur enzyme

J'ai aussi pensé à utiliser les tests de binding classiques mais il faut que les protéines soient membranaires. J'ai donc cherché comment amener mon enzyme à la membrane (création d'une protéine chimère), mais je ne trouve rien. Il doit pourtant exister un vecteur avec une séquence signal et une suite d'acides aminés aliphatiques permettant l'expression membranaire de mon enzyme.  [...] Un test de binding sur cellule entière ou sur membrane isolée, c'est des étapes et des étapes (lavage, fixation...), des soucis de reproductibilité avec des lots de cellules qui vont produire plus ou moins de protéines, des soucis de sensibilité avec beaucoup de non-spé lié a l'absorption des molécules aux membranes.  [...]